serie odpowiadające strukturze organizacyjnej uczelni: SERIA 1: REKTORAT (sygn. 99.1-99.10; 126.1-126.14; 218.1-218.5; 345.1-345.7; 346.1-346.11; 910.1-910.63; 993.1-993.3; 1738.1-1738.6; 2055.1-2055.69; 2056.1-2056.17; 2057.1-2057.9; 2059.1-2059.69; 2191.1-2191.51; 2193.1-2193.9; 2292.1-2292.98; 2293.1-2293.54; 2294.1-2294.3; 2308.1-2308.99; 2309.1-2309.99; 2310.1-2310.71; 2582.1-2582.3; 2602.1-2602.99; 2603.1-2603.99; 3295.1-3295.29; 3297.1-3297.4; 3316.1-3316.84; 3317.1-3317.3 ) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Kolegium Rektorskiego, protokoły posiedzeń Senatu i komisji senackich, protokoły posiedzeń Rady Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego, protokoły posiedzeń Rady Wydziału Humanistycznego, protokoły posiedzeń Rady Wydziału Pedagogicznego, protokoły posiedzeń Rady Społecznej i innych ciał kolegialnych, dokumentację przekształceń uczelni i zmian struktury organizacyjnej, wewnętrzne akty normatywne, dokumentację współpracy, w tym naukowej krajowej i zagranicznej, protokoły kontroli zewnętrznej, kroniki, plany pracy i rozwoju uczelni i komórek organizacyjnych oraz sprawozdania z ich wykonania, dokumentację uroczystości akademickich, informacje własne o uczelni, w tym informatory dla kandydatów na studia, materiały organizowanych konferencji oraz fotografie. SERIA 5: DZIAŁ NAUCZANIA I WSPÓŁPRACY Z ZAGRANICĄ (sygn. 63.1-63.48; 164.1-164.20; 286.1-286.4, 75, 76; 3600.1-3600.3) - zawiera m.in. programy i plany studiów, plany i sprawozdania z wyjazdów naukowych za granicę, informatory dla kandydatów na studia, protokoły posiedzeń Komisji Rekrutacyjnych i sprawozdania z rekrutacji, sprawozdania, w tym statystyczne z zakresu dydaktyki, księgi dyplomów, materiały działalności Studium Wojskowego, Pracowni Etyki i Religioznawstwa, Studium Religioznawczego. SERIA 6: DZIAŁ NAUCZANIA: (854.1-854.103; 1206.1-1206.24; 1783.1-1783.17; 2222.1-2222.92; 2877.1-2877.9; 3573.1-3573.14; 3666.1-3666.7) - zawiera m.in. albumy studentów i księgi dyplomów, plany i programy studiów, sprawozdania statystyczne z zakresu dydaktyki, sprawozdania z wymiany zagranicznej studentów, materiały Wydziałowych i Uczelnianej Komisji Rekrutacyjnej, materiały Senackiej Komisji Dydaktyki i Spraw Studenckich, plany rozwoju uczelni. SERIA 7: DZIAŁ NAUKI I WSPÓŁPRACY Z GOSPODARKĄ NARODOWĄ (sygn. 98.1-98.17) - zawiera m.in. plany i sprawozdania z badań naukowych, karty tematów badawczych problemów węzłowych oraz materiały z sesji naukowych i popularno - naukowych. SERIA 8: SEKCJA NAUKI I WSPÓŁPRACY Z ZAGRANICĄ (sygn. 304.1-304.12) - zawiera m. in. plany i sprawozdania z badań naukowych, w tym statystyczne oraz materiały z uroczystości jubileuszowych Roku Nauki Polskiej i Roku Jana Kochanowskiego. SERIA 9: DZIAŁ NAUKI I WSPÓŁPRACY Z ZAGRANICĄ (sygn. 926.1-926.18; 1785.1-1785.37; 3430.1-3430.45; 3560.1-3560.33; 3564.1-3564.72; 3631.1-3631.24 ) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Komisji Senackiej ds. Współpracy z Zagranicą, Senackiej Komisji Badań Naukowych, Rozwoju Kadry i Współpracy z Zagranicą, plany rozwoju uczelni, plany i sprawozdania z działalności naukowej uczelni i jednostek organizacyjnych, w tym statystyczne, wnioski o finansowanie badań, w tym granty, umowy o współpracy z uczelniami zagranicznymi, sprawozdania ze współpracy naukowej i technicznej z zagranicą, sprawozdania z wyjazdów naukowych za granicę. SERIA 10: SEKCJA BYTOWA STUDENTÓW (sygn. 97.1-97.4) - zawiera m.in plany i sprawozdania, w tym statystyczne z działalności socjalnej i pomocy materialnej na rzecz studentów. SERIA 12: DZIAŁ ORGANIZACYJNO - PRAWNY (sygn. 911.1-911.61; 1784.1-1784.115) - zawiera m. in. protokoły z posiedzeń Senatu i komisji senackich oraz Kolegium Rektorskiego, uchwały Senatu, zarządzenia rektora i dyrektora administracyjnego, materiały z wyborów władz uczelni, plany i programy rozwoju uczelni, sprawozdania rektora z działalności uczelni, wewnętrzne akty normatywne, dokumentację zmian struktury organizacyjnej, dokumentację współpracy krajowej i zagranicznej, informatory dla kandydatów na studia, materiały z kontroli zewnętrznych uczelni. SERIA 13: BIURO ORGANIZACYJNO - PRAWNE (sygn. 3155.1-3155.54; 3158.1-3158.3 ) - zawiera m.in. in.protokoły z posiedzeń Senatu i komisji senackich, uchwały Senatu, zarządzenia rektora i dyrektora administracyjnego, materiały z wyborów władz uczelni, wniosek o utworzenie Wydziału Nauk o Zdrowiu, sprawy własnościowe uczelni oraz umowy o współpracy. SERIA 14: DYREKTOR ADMINISTRACYJNY (sygn. 1081.1-1081.29) - zawiera m. in. informacje dot. stanu organizacyjnego administracji, funkcjonowania przepisów kancelaryjno-archiwalnych, bazy lokalowej i inwestycji uczelni, spraw gospodarczych, przygotowań do rozpoczęcia kolejnych lat akademickich, materiały z kontroli NIK i resortu nauki, wycinki prasowe oraz skargi. SERIA 15: DZIAŁ SŁUŻB PRACOWNICZYCH (sygn. 123/1-123/9) - zawiera m. in. informacje dot. organizacji uczelni w początkach jej funkcjonowania, plany, sprawozdania, w tym statystyczne dot. rozwoju kadry naukowej, limity etatów. SERIA 16: DZIAŁ KADR (sygn. 367.1-367.3; 1945.1-1945.35; 2050.1-2050.39; 2195.1-2195.11; 3118.1-3118.20) - zawiera m.in. sprawozdania, w tym statystyczne dot. zatrudnienia, rejestry i wykazy różnych grup pracowników, dokumentację związaną z przyznawaniem nagród rektora, ministra, orderów i odznaczeń. SERIA 18: KWESTURA (sygn.62.1; 124.1; 368.1-368.19; 3059.1-3059.22) - zawiera m.in. plany finansowe i sprawozdania z ich wykonania, bilanse, sprawozdania z realizacji inwestycji oraz wykonania funduszu socjalnego. SERIA 20: SAMODZIELNE STANOWISKO DS. SOCJALNYCH (sygn. 2196.1-2196.14; 3732.1) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Komisji Socjalnej, przydziały mieszkań i działek pracowniczych. SERIA 27: BIBLIOTEKA GŁÓWNA (sygn.1072.1-1072.33; 1604.1-1604.534; 2391.1-2391.15) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Bibliotecznej, Senackiej Komisji ds. Biblioteki, akty normatywne, w tym regulaminy oraz zarządzenia dyrektora Biblioteki, plany i sprawozdania, w tym statystyczne, z działalności, sprawy kadrowe, ogólne informacje o działalności Biblioteki, w tym informatory dla korzystających oraz fotografie. SERIA 28: BIBLIOTEKA UNIWERSYTECKA (sygn. 2391.1-2391.15) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Biblioteki i Rady Bibliotecznej, umowy o współpracy, wewnętrzne akty normatywne, w tym regulaminy, plany i sprawozdania z działalności, w tym naukowej, informacje o komputeryzacji Biblioteki, materiały dot. spraw lokalowych i inwestycji. SERIA 30: WYDAWNICTWO (sygn. 969.1-969.66; 986.1-986.57; 1080.1-1080.142; 1573.1-1573.41; 1574.1-1574.44; 1575.1-58; 1631.1-1631.20; 1632.1-1632.36; 1775.1-1775.30; 1776.1-1776.8; 2066.1-2066.65; 2300.1-2300.102; 2948.1-2948.12; 2952.1-2952.11; 3123.1; 3299.1-3299.54; 3300.1-3300.49; 3301.1-3301.77; 3302.1-3302.49; 3315.1-3315.70; 3319.1-3319.7; 3320.1-3320.2; 3321.1; 3598.1-3598.72; 3599.1-3599.53; 3630.1-3630.70; 3722.1-3722.54; 3784.1-3784.30) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Senackiej Komisji Wydawnictw i Bibliotek i Kolegium Redakcyjnego, plany i sprawozdania z działalności wydawniczej, instrukcje wydawnicze oraz teki wydawnicze publikacji. SERIA 32: STANOWISKO DS. PRAKTYK STUDENCKICH (sygn. 1831.1) - zawiera plany i sprawozdania z organizacji i przebiegu praktyk studenckich. SERIA 40: DZIEKANAT WYDZIAŁU MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZEGO (sygn. 44.1-44.4; 76.1-76.3; 148.1-148.3; 682.1-682.46; 1217.1-1217.60; 2590.91; 3131.1-3131.56) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Wydziału i Kolegium Dziekańskiego, materiały wyborów władz wydziału, strukturę organizacyjną, plany i sprawozdania rozwoju wydziału, naukowo-badawcze i wydawnicze, plany i programy studiów, Raporty Państwowej Komisji Rekrutacyjnej, protokoły Wydziałowej i Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, programy wychowawcze, informatory dla kandydatów na studia, informacje dot. funkcjonowania wydziału w stanie wojennym, materiały współpracy krajowej i międzynarodowej, materiały z konferencji naukowych. SERIA 43: DZIEKANAT WYDZIAŁU PEDAGOGICZNEGO (sygn. 96.1-96.6; 684.1-684.14; 3726.1-3726.4) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Wydziału i Kolegium Dziekańskiego. SERIA 44: DZIEKANAT WYDZIAŁU PEDAGOGICZNEGO I ARTYSTYCZNEGO (sygn. 2046.1-2046.10; 2048.1-2048.10; 2299.1-22299.8; 2302.1.- 2302.6; 2639.1-2639.3; 3623.1-3623.5; 3627.1-3627.6; 3761.1-3761.9) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Wydziału Pedagogicznego, Pedagogicznego i Nauk o Zdrowiu oraz Pedagogicznego i Artystycznego, protokoły Posiedzeń Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, wnioski o uruchamianie nowych kierunków studiów i studiów podyplomowych, programy i plany studiów, księgi dyplomów. SERIA 46: DZIEKANAT WYDZIAŁU PRAWA, ADMINISTRACJI I ZARZĄDZANIA (sygn. 3738.1-3738.27 ) - zawiera m.in teczki przewodów doktorskich w dyscyplinie naukowej nauki o polityce. SERIA 50: INSTYTUT HISTORII (sygn. 305.1-305.6; 1082.1-1082.7; 1083.1; 2301.1-2301.8; 30601.-3060.45; 3769.1-3769.25) - zawiera m.in. protokoły z posiedzeń Rady Zakładu i Instytutu Historii i Bibliotekoznawstwa, sprawy organizacji Instytutu, materiały dot. działalności naukowej, wnioski o uruchamianie kierunków studiów, studiów podyplomowych i kursów dokształcających, plany i programy studiów, dokumentację praktyk studenckich i studenckich kół naukowych, SERIA 51: INSTYTUT BIOLOGII (sygn. 3149.1-3149.70; 3150.1-3150.9; 3303.1-3303.20) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu, materiały dot. organizacji instytutu i wykazy kadry, plany i programy studiów, sprawozdania z działalności naukowej, w tym indywidualne pracowników, materiały z konferencji, dokumentację działalności Studenckiego Koła Naukowego Biofizjografów i Przyrodników, w tym fotografie. SERIA 52: INSTYTUT CHEMII (sygn. 3104.1-3104.23; 3721.1) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu, raporty samooceny, plany i sprawozdania z działalności naukowej, prac badawczych i rozwojowych, plany i programy studiów, materiały z sesji naukowych. SERIA 53: INSTYTUT FIZYKI (sygn. 3153.1-3153.39; 3720.1) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu i Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, raporty samooceny, wnioski o uruchamiane studiów podyplomowych, plany i programy studiów, plany prac naukowych, badawczych i rozwojowych. SERIA 57: INSTYTUT FIZJOTERAPII (sygn. 2928.1-2928.15; 3227.1-3227.15) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu i Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, wnioski o uruchamiane studiów podyplomowych, plany i programy studiów, sprawozdania z działalności naukowej, strukturę organizacyjną i wykazy pracowników, materiały z sesji naukowych. SERIA 62: INSTYTUT EDUKACJI SZKOLNEJ (sygn. 3259.1-3259.50; 3265.1-3265.2; 3590.1.-3590.4) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu i Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, regulaminy, materiały dot. organizacji instytutu, wnioski o uruchamianie studiów podyplomowych, plany i programy studiów, sprawozdania z działalności naukowej, w tym indywidualne pracowników, materiały z konferencji i fotografie. SERIA 64: INSTYTUT SZTUK PIĘKNYCH (sygn. 3069.1-3069.34) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu i Instytutowej Komisji Rekrutacyjnej, plany i programy studiów, sprawozdania z działalności naukowej, w tym indywidualne pracowników, wnioski o finansowanie badań, strukturę organizacyjną i wykazy pracowników. SERIA 68: INSTYTUT ZARZĄDZANIA (sygn. 2388.1-2388.66; 3061.1-3061.18; 3200.1-3200.24; 3695.1-3695.2) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Instytutu, materiały z wyborów władz instytutu, raporty samooceny, plany i programy studiów, wnioski o uruchomienie nowych kierunków i specjalności, sprawozdania z działalności naukowej, w tym indywidualne pracowników. SERIA 69: DZIAŁ FUNDUSZY EUROPEJSKICH (sygn. 3696.1) - zawiera m.in. wniosek, umowę o dofinansowanie projektu "Ścieżka Zdrowia dla Kariery" oraz informację pokontrolną. SERIA 71: INSPEKTOR OCHRONY DANYCH (sygn. 3803.1-3803.3) - zawiera m. in. protokoły ze spotkań Zespołu ds. Bezpieczeństwa Informacji UJK, plany sprawdzeń dot. przetwarzania danych osobowych i sprawozdania Administratora Bezpieczeństwa Informacji dot. ochrony danych. SERIA 72: DZIEKANAT WYDZIAŁU PRAWA I NAUK SPOŁECZNYCH (sygn. 3789.1-3789.30) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Wydziału Zarządzania i Administracji, Rady Wydziału Prawa, Administracji i Zarządzania. SERIA 73: INSTYTUT NAUK PRAWNYCH (sygn. 3800.1-3800.2; 3801.1-3801.16) - zawiera m.in. materiały Wydziałowej Komisji Wyborczej w kadencji 2012-2016 i 2016-2020, protokoły z posiedzeń Rady Instytutu Ekonomii i Administracji, Instytutu Prawa, Ekonomii i Administracji oraz zebrań i odpraw pracowników, sprawozdania z działalności naukowej, w tym indywidualne pracowników, ewidencję pieczęci, dokumentację Kierunkowych Zespołów ds. Programów Kształcenia oraz sprawozdania studenckich kół naukowych. SERIA 74: KATEDRA EKONOMII I FINANSÓW (sygn. 3799.1-3799.39) - zawiera m.in. materiały z akredytacji, wnioski o tworzenie nowych specjalności, pakiety informacyjne ECTS i sylabusy, programy i plany studiów. SERIA 75: COLLEGIUM MEDICUM (sygn. 3930.1-3930.28) - zawiera m.in. protokoły posiedzeń Rady Wydziału Nauk o Zdrowiu, Rady Wydziału Lekarskiego i Nauk i Zdrowiu, komisji instytutowych i wydziałowych do spraw dydaktyki i jakości kształcenia oraz oceny nauczycieli akademickich. SERIA 76: DZIAŁ ADMINISTROWANIA NIERUCHOMOŚCIAMI (sygn. 4007.1-4007.9) - zawiera m.in. rejestry pieczątek. SERIA 77: DZIEKANAT WYDZIAŁU NAUK ŚCISŁYCH I PRZYRODNICZYCH (SYGN. 4055.1-4055.36) - zawiera m.in. przewody doktorskie.

Wyższa Szkoła Nauczycielska w Kielcach została powołana 19 czerwca 1969 r. na mocy Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 19 czerwca 1969 r. w sprawie utworzenia Wyższych Szkół Nauczycielskich w Bydgoszczy, Kielcach, Olsztynie i Słupsku (Dz.U. 1969 nr 18 poz. 134). Do jej kompetencji należało kształcenie nauczycieli dla szkół podstawowych i zasadniczych zawodowych. Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 29 września 1973 r. w sprawie przekształcenia Wyższych Szkół Nauczycielskich w Kielcach i w Zielonej Górze w Wyższe Szkoły Pedagogiczne (Dz.U. 1973 nr 39 poz. 232), z dniem 1 października 1973 r. powstała WSP w Kielcach z uprawnieniami do kształcenia nauczycieli na potrzeby szkół: podstawowych, średnich ogólnokształcących oraz zasadniczych i średnich zawodowych. Od 1 października 1979 r. patronem uczelni jest Jan Kochanowski, na podstawie Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 7 września 1979 r. w sprawie nadania Wyższej Szkole Pedagogicznej w Kielcach imienia Jana Kochanowskiego (Dz.U. 1979 nr 21 poz. 127). Do kolejnej zmiany nazwy doszło z dniem 1 września 2000 r. na mocy Ustawy z dnia 7 czerwca 2000 r. o nadaniu Wyższej Szkole Pedagogicznej im. Jana Kochanowskiego w Kielcach nazwy "Akademia Świętokrzyska im. Jana Kochanowskiego w Kielcach" (Dz.U. 2000 nr 60 poz. 696). Przekształcenie AŚ w Uniwersytet Humanistyczno - Przyrodniczy im. Jana Kochanowskiego w Kielcach miało miejsce z dniem 6 lutego 2008 r. na mocy Ustawy z dnia 23 stycznia 2008 r. o nadaniu nowej nazwy Akademii Świętokrzyskiej im. Jana Kochanowskiego w Kielcach (Dz.U. 2008 nr 39 poz. 227). 1 października 2011 r. na mocy Ustawy z dnia 29 lipca 2011 r. o nadaniu nowej nazwy Uniwersytetowi Humanistyczno-Przyrodniczemu Jana Kochanowskiego w Kielcach (Dz.U. 2011 nr 185 poz. 1096) zaczął funkcjonować Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach. W 1981 roku na bazie Oddziału Instytutu Kształcenia Nauczycieli w Piotrkowie Trybunalskim powstał Wydział Zamiejscowy Wyższej Szkoły Pedagogicznej im. Jana Kochanowskiego w Kielcach, który decyzją Ministra Edukacji Narodowej z dnia 8 marca 2000 r. został przekształcony w Filię w której utworzono dwa wydziały: Filologiczno–Historyczny oraz Nauk Społecznych. Rozporządzeniem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie połączenia Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach oraz Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Sandomierzu (D.U. poz. 2096), PWSzZ w Sandomierzu została zniesiona z dniem 17 grudnia 2016, a Zarządzeniem nr 108 Rektora UJK z dnia 30 grudnia 2016 r. w sprawie powołania Wydziału Zamiejscowego w Sandomierzu utworzono go z dniem 31 grudnia 2016. Na mocy Regulaminu Organizacyjnego Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach wprowadzonego Zarządzeniem Nr 76/2019 Rektora Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach z dnia 27 września 2019 r. z dniem 01.11.2019 r. jednostki zamiejscowe UJK przekształcono w Filię w Piotrkowie Trybunalskim i Filię w Sandomierzu.