Inwentarz posiada następujący układ działów (zgodnie z „Hasłami rejestratury” z 1933 r.): I – Państwa obce, sygn. 1-3; II – Stosunki Rzeczypospolitej Polskiej z państwami obcymi, sygn. 4-43; III – Organizacje i instytucje międzynarodowe, sygn. 44-82; IV – Zagadnienia specjalne, sygn. 83-95; V – Emigracja, sygn. 96-117; VI – Prasa i propaganda, sygn. 118-168; VIII - Ministerstwo Spraw Zagranicznych, sygn. 169-228; IX – Sprawy konsularne, sygn. 229-231.

Międzynarodowo-prawne uznanie Polski i nawiązanie z nią stosunków dyplomatycznych przez Watykan nastąpiło 30 marca 1919 roku. Akredytacja pierwszego przedstawiciela Poselstwa Polskiego przy Stolicy Apostolskiej nastąpiła 1 lipca 1919 roku. Został nim profesor Józef Wierusz-Kowalski, fizyk, organizator Wydziału Przyrodniczego w Uniwersytecie we Fryburgu i jego rektor, działacz Komitetu Pomocy Ofiarom Wojny w Polsce. Poselstwo podlegało Ministerstwu Spraw Zagranicznych w Polsce. Początkowo sprawami Watykanu kierował Wydział I MSZ, a następnie Wydział Ogólny. 31 VIII 1921 roku placówkę dyplomatyczną przy Stolicy Apostolskiej objął Władysław Skrzyński jako poseł nadzwyczajny i minister pełnomocny [wcześniej m. in. wiceminister spraw zagranicznych w rządzie Paderewskiego, poseł w Madrycie]. Podstawową sprawą dla nowego posła było przygotowanie konkordatu ze Stolicą Apostolską. Wł. Skrzyński cieszył się osobistym zaufaniem papieża Piusa XI, którego znał jako kardynała A. Rattiego, nuncjusza w Warszawie. Kontakty te przyczyniły się do bezpośredniego zaangażowania papieża w negocjacje konkordatowe w 1924 roku. 26 listopada 1924 r. Rada Ministrów podjęła uchwałę o podniesieniu Poselstwa Polskiego przy Stolicy Apostolskiej do rangi Ambasady. 27 listopada ambasadorem RP przy Watykanie został Władysław Skrzyński. Ostatecznie konkordat Skrzyński podpisał jako ambasador RP przy Stolicy Apostolskiej 10 lutego 1925 r. Po śmierci Skrzyńskiego w 1937 r. placówką kierował Stanisław Janikowski. Od 1939 roku stanowisko ambasadora objął dr Kazimierz Papee. Wcześniej m. in. w latach 1923 – 1928 pracował w MSZ, później był konsulem generalnym w Królewcu, a w latach 1936 – 1939 pełnił funkcję posła RP w Pradze. Po wybuch II wojny światowej sytuacja ambasady nie uległa zmianie. Dopiero przystąpienie Włoch do wojny po stronie Niemiec zmusiło kierownictwo placówki do podjęcia negocjacji w sprawie warunków przeniesienia ambasady na terytorium Watykanu. W ich wyniku od 18 czerwca 1940 roku do 12 sierpnia 1944 roku Ambasada RP mieściła się (dzięki gościnności papieża Piusa XII) w jednym ze skrzydeł pałacu watykańskiego San Carlo w Ospizio Santa Marta II.. W tym czasie ambasada zajmowała się głównie informowaniem Watykanu o sytuacji w Polsce oraz wspieraniem jego akcji charytatywnej na rzecz społeczeństwa polskiego. Utrzymywała również przez cały czas łączność z rządem polskim w Londynie. Po zakończeniu działań wojennych i cofnięciu przez mocarstwa zachodnie uznania dla rządu RP na uchodźstwie jedynym liczącym się w ówczesnym świecie państwem, które nadal uznawało przedstawicielstwo władz polskich w Londynie, była Stolica Apostolska. Zerwanie konkordatu przez komunistyczne władze polskie ze Stolicą Apostolską w 1945 roku nie spowodowało cofnięcia uznania Ambasady RP przy Stolicy Apostolskiej przez Watykan. Przed placówką kierowaną w dalszym ciągu przez K. Papée stanęło nowe zadanie. Tak jak w czasie II wojny światowej, również w okresie stalinowskim informowała ona Stolicę Apostolską o nastrojach panujących w kraju, faktach związanych z represjami politycznymi i sytuacją Kościoła w Polsce. Mimo trudnej sytuacji finansowej (ambasada była finansowana głównie przez rząd w Londynie, później szukano także wsparcia finansowego poza strukturami rządowo-opozycyjnymi) wydawała ona regularnie w latach 1951-1970 „Serwis Informacyjny” z którego korzystało MSZ w Londynie oraz prasa emigracyjna. Po ratyfikowaniu w Bonn w czerwcu 1972 roku układu granicznego między RFN i Polską w sprawie uznania zachodnich granic papież Paweł VI mógł mianować nowych biskupów rezydencjalnych dla ziem zachodnich i północnych, co też uczynił już 28 czerwca tr. Tym samym nastąpiła znaczna poprawa stosunków między komunistycznymi władzami polskimi a Stolicą Apostolską oskarżaną do tej pory przez nie o wrogi stosunek do spraw polskich. Fakt ten między innymi był powodem, iż 19 października 1972 roku kardynał Jean Villot, ówczesny Sekretarz Stanu Stolicy Apostolskiej, zawiadomił oficjalnie ambasadora K. Papée o zakończeniu jego misji. 24 maja 1976 roku prezydent RP w Londynie, przychylając się do prośby K. Papée, zwolnił go ze stanowiska Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej przy Stolicy Apostolskiej. Tym samym ambasada zakończyła swoją działalność.