1. Administracja ogólna 1876-1945; sygn. 1-47; 47 j.a. -geneza powstania muzeum, zarządzenia, posiedzenia administracji, korespondencja z innymi muzeami. 2. Gromadzenie i opracowywanie zbiorów 1910-1944; sygn. 48-120; 73 j.a. - dział entomologiczny, numizmatyczny, etnograficzny, malarstwo i plastyka, zbiór antyczny, fundacje: Hermanna Hakena, Keddiga, Scharlana, Dohrnów, Diederichsa, zakupy, wypożyczenia, katalogi. 3. Szczecińskie Towarzystwo Muzealne 1910-1944; sygn. 121-183; 63 j.a. - sprawozdania roczne, organizacja wystaw: m.in. “Daumier– Gavarni”, “Schweizer Graphik”, “Kunst der Goethezeit”, “Gustav Wimmer”, “Danziger Maler”, “Emil Nolde”, “Die Stettiner Landschaft”, korespondencja. 4. Akcesja 1684/2001; 1902-1945 [1947]; 48 j.a. - budowa budynku i administracja muzeum, darowizny Dohrna i Pehlke, podróże służbowe, kontakty z innymi muzeami, sprawozdania, wystawy: “Gruppa der 6”, “Pommersche Kunstler”, “Unter blauen Himmel”, budżet, korespondencja, ewakuacja zbiorów, wykazy ewakuowanych zbiorów, miejsca rozśrodkowania; na początku pismo z 1947 roku o odnalezieniu spisu i części zbiorów. 5. AKCESJA nr 3348/2013; 1909-1943; 6 j.a. - materiały dotyczące działalności Muzeum Naturalnego będącego częścią Muzeum Miasta Szczecina, przepisy dotyczące zatrudnienia, dotacji, przekazywania książek i czasopism do placówek naukowych, referat o poszukiwaniu w latach 1863-1912 środków finansowych na budowę Muzeum w Szczecinie, umowy i protokoły przekaywania eksponatów do Muzeum, wykaz zwierzat Muzeum Naturalnego.

Muzeum Miasta Szczecina otwarte zostało 23 VI 1913 r. w nowo wybudowanym gmachu przy obecnych Wałach Chrobrego (Hakenterrasse). Na podstawie umowy zawartej w dniu 11 VII 1911 r. między magistratem szczecińskim a zarządem Pomorskiego Towarzystwa Historyczno-Archeologicznego, miasto przyjęło do pomieszczeń na Wałach Chrobrego zbiory towarzystwa przechowywane od lat trzydziestych XIX w. na zamku szczecińskim i udostępniane dla publiczności od 1879 r. (Antiquarisches Museum). W umowie władze miejskie zobowiązały się ponieść koszty transportu zbiorów z zamku do nowego budynku, jak też koszty urządzenia wystaw, ogrzewania, oświetlenia i remontów gmachu. Natomiast towarzystwo historyczne miało opłacać ubezpieczenie eksponatów przed pożarem i innymi szkodami. Magistrat przyjął na swój etat kustosza zbiorów towarzystwa. Zarząd zobowiązał się do zapewnienia merytorycznej opieki nad zbiorami oraz do wydania katalogu. Wraz z podpisaniem umowy powstał organ wspomagający administrację muzeum, zwłaszcza przy organizacji wystaw: Szczecińskie Towarzystwo Muzealne (Stettiner Museumsverein). Dyrektorem placówki został Walter Riezler (1878–1965), archeolog. Riezler, propagator sztuki nowoczesnej, był zwalczany przez konserwatywne środowiska Szczecina, popierające sztukę ludowo-narodową. W konsekwencji został on w okresie nazizmu w 1934 r. przeniesiony na przedwczesną emeryturę. Po nim dyrektorem do 1944 r. był Otto Holtze. W budynku przy Wałach Chrobrego znalazły swe miejsce nie tylko zbiory archeologiczne, numizmatyczne, sztuki kościelnej i obrazy należące do Pomorskiego Towarzystwa Historyczno-Archeologicznego, lecz również zbiory Towarzystwa Entomologicznego oraz kolekcja obrazów pani Woldermann (m.in. dzieła Franza Halsa), która w 1857 r. założyła w Szczecinie miejską galerię obrazów. Oprócz kolekcji Woldermann w Muzeum Miasta Szczecina eksponowano 88 obrazów francuskich i niemieckich, które w 1876 r. przekazał miastu konsul generalny z Berlina Mauser. Dużo miejsca w nowo otwartym muzeum zajął zbiór antyczny fundacji Dohrna. Powstał on dzięki inicjatywie Heinricha Dohrna przedsiębiorcy, naukowca i długoletniego przewodniczącego Towarzystwa Entomologicznego. Pragnął on, aby w planowanym muzeum powstał, w zgodzie z ówczesnymi tendencjami, zbiór sztuki antycznej. Dohrn postanowił wykonać kopie rzeźb greckich i to nie gipsowych, jak to wówczas czyniono, lecz w brązie i marmurze, nawiązując do tradycji rzymskich. Dzięki pomocy swego brata Antona i jego żony Polki Marii z domu Baranowskiej, Heinrichowi udało się przeprowadzić wykonanie około 100 kopii rzeźb z okresu klasycznego i hellenistycznego. Galeria sztuki antycznej w latach 1913–1945 zajmowała 2/3 powierzchni pierwszego piętra budynku muzeum. W 1928 r. dział archeologiczny i inne zbiory, należące do towarzystwa historycznego, zostały przeniesione do nowo powołanego muzeum regionalnego (Pommersches Landesmuseum). Muzeum Miasta Szczecina funkcjonowało do marca 1945 r., kiedy w obawie przed zbliżającym się frontem ewakuowano w głąb Niemiec najwartościowsze eksponaty, m.in. kolekcję malarstwa. Nigdy już nie wróciły one do Szczecina i obecnie znajdują się w Muzeum Pomorskim w Greifswaldzie. Współcześnie część budynku i pozostałe zbiory dawnego Muzeum Miasta należą do Muzeum Narodowego w Szczecinie.