Wydział Organizacyjno-Prawny (protokoły sesji i posiedzeń Prezydium PRN, protokoły posiedzeń komisji, sprawy organizacyjne, podział administracyjny, kontrole), Powiatowa Komisja Planowania Gospodarczego (sprawy kolegium, PKPG, plany gospodarcze i plany pracy, Powiatowy Zespół Koordynacji Inwestycji), Wydział Finansowy (jednostkowe i zbiorcze sprawozdania, dyscyplina budżetowa, budżety terenowe, planowanie dochodów), Wydział Oświaty i Wychowania oraz Kultury (organizacja i sieć szkół, wizytacje i kontrole), Wydział Kultury Fizycznej (regulaminy i zarządzenia, akcje masowe, sekcje sportowe), Wydział Spraw Wewnętrznych (plany i sprawozdania, zmiana imion i nazwisk, nadzór nad stowarzyszeniami, sprawy mniejszości narodowych, poświadczenie obywatelstwa, sprawy uwłaszczeniowe), Wydział Skupu (organizacja Wydziału, Powiatowy Zespół Koordynacyjny, Powiatowa Komisja Nadzoru Spędów, plany i sprawozdania, analizy ekonomiczne), Wydział Rolnictwa i Leśnictwa (protokoły posiedzeń zespołów kierowniczych, plany i sprawozdania, spółdzielnie produkcyjne i rolnicze zespoły spółdzielcze, rejestracja i klasyfikacja gruntów, sprawy lasów państwowych), Wydział Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej (plany i sprawozdania, analiza skarg i wniosków, kontrole, grobownictwo wojenne, gospodarka zasobami mieszkaniowymi), Wydział Handlu i Przemysłu (plany wieloletnie i roczne, opracowania statystyczne), Wydział Zdrowia i Opieki Społecznej (plany i sprawozdania, kontrola jednostek podległych, sprawy lecznictwa), Wydział Zatrudnienia i Spraw Socjalnych (plany i sprawozdania, kontrole). Pozwolenia na budowę, Przekazywanie gruntów w użytkowanie wieczyste oraz sprzedaż

Zgodnie z ustawą z dnia 20 marca 1950 r., która wprowadziła jednolity model administracji opartej na radach narodowych i ich organach, organem wykonawczym i zarządzającym rady, działającym kolegialnie, było wybierane przez radę jej prezydium. Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Gołdapi przejęło wszystkie funkcje Starostwa Powiatowego i Wydziału Powiatowego w Gołdapi. Do kompetencji rad narodowych szczebla powiatowego włączono zakres działania urzędów niezespolonych oraz samorządu terytorialnego, zlikwidowanych ustawą z 1950 r., tym samym zniesiono dwa piony administracyjne: rządowy i samorządowy. Do ważniejszych zadań prezydium należało wykonywanie uchwał rady oraz zarządzeń władz zwierzchnich, realizacja kierownictwa nad działalnością gospodarczą, społeczną i kulturalną, przygotowywanie i zwoływanie sesji rady, opracowywanie projektów terenowego budżetu i planu gospodarczego, ustalanie wytycznych pracy wydziałów prezydium. W oparciu o instrukcję Rady Ministrów z 17 kwietnia 1950 r. PPRN w Gołdapi na swoim pierwszym posiedzeniu w dniu 15 czerwca 1950 r. wprowadziło podział na wydziały i referaty: ogólny, finansowy, oświaty, rolnictwa i leśnictwa, zdrowia, komunikacji, gospodarki komunalnej i mieszkaniowej, Powiatową Komisję Planowania Gospodarczego oraz 12 referatów (kadr, wyznań, kultury, kontroli, społeczno-administracyjny, pracy i pomocy społecznej, wojskowy, budownictwa, przemysłu i handlu, osiedleńczy, pomiarów i weterynarii). W latach 1950-1958 wydziały Prezydium były tylko jego aparatem wykonawczym. Ustawa z 28 stycznia 1958 r. o radach narodowych rozszerzyła kompetencje prezydiów powiatowych rad narodowych, a wydziały stały się samodzielnymi, odpowiadającymi za swoje decyzje organami administracji państwowej. Wykonywały uchwały rady i kierowały poszczególnymi dziedzinami, należącymi do kompetencji rady. Przy Powiatowej Radzie Narodowej w Gołdapi działały stałe komisje, w miarę potrzeby tworzono także komisje niestałe. Wprowadzono trzy piony nadzoru: Powiatowa Rada Nardowa w Gołdapi podlegała nadzorowi rady wyższego stopnia, tj. Wojewódzkiej Radzie Narodowej w Białymstoku, PPRN w Gołdapi podlegało nadzorowi WRN w Białymstoku, a wydział podlegał wydziałowi nadrzędnemu. Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Gołdapi działało do 1973 r. Ustawa z 22 listopada 1972 r. o radach narodowych powierzała funkcje terenowego organu administracji państwowej oraz organu wykonawczego i zarządzającego rady na szczeblu powiatu naczelnikowi powiatu, powoływanemu przez Prezesa Rady Ministrów po zaopiniowaniu go przez właściwą radę narodową. W miejsce Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Gołdapi powołano Urząd Powiatowy w Gołdapi. Naczelnik powiatu wykonywał swe zadania przy pomocy urzędu powiatowego. Urząd Powiatowy w Gołdapi zakończył działalność 1 czerwca 1975 roku na podstawie ustawy z 28 maja 1975 r. o wprowadzeniu dwustopniowego podziału administracyjnego państwa i zmianie ustawy o radach narodowych.