1. ADMINISTRACJA OGÓLNA 1619-1935; 105 j.a. - statuty, zarządzenia księcia Bogusława XIV, królów szwedzkich i pruskich wobec gimnazjum, protokoły wizytacji kuratorów i innych władz, dzienniki, połączenie Ratschule z Gimnazjum Akademickim. 2. REKTOR, DYREKTOR 1668-1923; 39 j.a. - powoływanie dyrektorów, rektoraty, protokoły zebrań dyrektorów, instrukcje dla dyrektorów gimnazjów. 3. NAUCZYCIELE 1607-1935; 129 j.a. - Kolegium profesorów - powoływanie profesorów i kuratorów do kolegium, sprawozdania kolegium; - Prawa i obowiązki nauczycieli - instrukcje dla nauczycieli przy powoływaniu na urząd, pense nauczycieli, awanse, przyjęcia i zwolnienia, skargi profesorów na uczniów, kursy dokształcające, udział nauczycieli w I wojnie światowej; - Poszczególni nauczyciele - korespondencja, notatki. 4. PERSONEL POMOCNICZY 1856-1924; 2 j.a. - zatrudnienie woźnego i strażnika. 5. UCZNIOWIE 1722-1942; 787 j.a. - Nabór, zwolnienia, dyscyplina, zdrowie uczniów - przyjęcia uczniów, regulamin szkolny, dyscyplina, skargi na uczniów, zdrowie uczniów, szczepienia obowiązkowe, służba wojskowa dla uczniów, praca fizyczna uczniów; - Rejestry uczniów i abiturientów - spisy uczniów zbiorcze i w poszczególnych klasach; - Wypracowania, oceny, świadectwa -wypracowania z języka francuskiego, greki, hebrajskiego, łaciny, niemieckiego, matematyki, protokoły i świadectwa maturalne. 6. NAUCZANIE 1745-1942; 66 j.a. - zarządzenia dotyczące programu nauczania, plany lekcji, zalecane lektury, wytyczne do nauczania greki, łaciny, literatury niemieckiej, propedeutyki filozofii, fizyki, chemii, historii, geografii, rysunku, kaligrafii, stenografii, śpiewu, gimnastyki. 7. EGZAMINY 1825-1926; 11 j.a. - regulamin komisji egzaminacyjnych, egzaminy publiczne, maturalne, nauczanie uczestników I wojny światowej. 8. FERIE, UROCZYSTOŚCI SZKOLNE 1804–1925; 7 j.a. - uroczystości z okazji 400-tnej rocznicy założenia Szkoły Miejskiej (1804) i 300-tenj rocznicy założenia Gimnazjum Mariackiego (1844), uroczystości z okazji rocznicy zjednoczenia Pomorza z Prusami (1821), organizacja wakacji. 9. ADMINISTRACJA MAJĄTKU 1668-1933; 146 j.a. - Stypendia - podania o stypendia, powołanie kasy uczniowskiej, rachunki towarzystwa wspomożenia uczniów z biednych rodzin; - Kasa zapomogowa dla rodzin zmarłych nauczycieli - statut kasy dla dzieci i wdów po zmarłych nauczycielach, wspomaganie finansowe, rachunki; - Legaty i fundacje - stypendia ufundowane przez profesorów: Giesebrechta, Heringa, Calo, Kocha, Grassmanna, Hasselbacha, Oelrichsa, stypendium uniwersyteckie Bohlendorffa, legat Waltera, stypendium Stachela, . 10. BUDYNKI 1818-1937; 15 j.a. - wzniesienie nowego budynku gimnazjum, remonty i przebudowy, wyposażenie, sala gimnastyczna, centralne ogrzewanie. 11. BIBLIOTEKA I ZBIORY 1688-1942; 62 j.a. - katalog zbiorów bibliotecznych, zestawienia kasowe biblioteki, zbiór książek historycznych, przejęcie biblioteki Loepera, kartoteka wypożyczeń, kolekcja Hasselbacha, Calo i inne zbiory, nabytki, książki polecane dla uczniów, sprawozdanie profesora Schmidta o działalności biblioteki, inwentarz muzeum gimnazjalnego, zbiory ptaków i ryb, gabinet fizyczny i map. 12. SZKOŁA PRZYGOTOWAWCZA 1842-1923; 9 j.a. - powołanie i administracja szkoły. 13. SEMINARIUM NAUCZYCIELSKIE 1812-19338; 94 j.a. - posiedzenia, sprawozdania z działalności, spisy członków, korespondencja, prace seminarzystów, biblioteka seminarium w Słupsku, sprawozdania z działalności seminarium w Słupsku. 14. DZIAŁALNOŚĆ NAUKOWA, SPOŁECZNA I SPORTOWA 1800-1933; 12 j.a. - Kolegium Jageteuflów, Towarzystwa Entomologiczne, Naukowe, Czytelnicze, Wioślarskie. 15. FINANSE 1774-1936; 57 j.a. - rachunki kasowe i załączniki do nich, czesne pobierane od uczniów, dochody i przychody gabinetów naukowych, budżety gimnazjum. 16. TOWARZYSTWO CZYTELNICZE 1930-1931; 1 j.a. - materiały dotyczące organizacji i działalności Towarzystwa - zaproszenia, widokówki, protokoły posiedzeń zarządu.

W 1544 r. w Szczecinie rozpoczęło działalność Pedagogium powołane rok wcześniej przez księcia szczecińskiego Barnima XI i wołogoskiego Filipa I. W myśl dokumentu fundacyjnego w nowej szkole przez osiem lat naukę miało pobierać 24 chłopców w wieku powyżej 12 lat. Wydatki uczelni pokrywane były z dochodów fundacji mariackiej. Szkoła szybko zyskała uznanie ze względu na akademicki poziom. Od początku jej istnienia do ostatecznego przejęcia miasta przez Szwedów przez mury uczelni przewinęło się około 5500 uczniów. Najwięcej pochodziło z Pomorza. Przybywali też z Brandenburgii, Meklemburgii, Szwecji, Węgier i Polski. W pierwszym okresie, uczelnię ukończyło wielu, później wybitnych polityków, duchownych oraz uczonych, m.in. Paul Friedeborn, Daniel Cramer, Johann Micraelius. W czasie wojny trzydziestoletniej pedagogium podupadło, a kryzys uczelni wyrażał się w drastycznym spadku liczby uczniów, rozkładzie dyscypliny i złej sytuacji finansowej. Władze szwedzkie, którym ostatecznie przypadł Szczecin, postanowiły w 1667 r. rozwiązać pedagogium i na jego miejsce powołać nową szkołę – gimnazjum – nazwane od imienia Karola XI – karolińskim (Regnum Gymnasium Carolinum). W okresie oblężenia Szczecina w latach 1676–1677 przez Wielkiego Elektora, budynek gimnazjum spłonął. Szkoła została odbudowana w 1687 r., a do gimnazjum uczęszczało wówczas tylko 27 uczniów. Po przejęciu Szczecina przez wojska pruskie już w 1715 r. Fryderyk Wilhelm I wyznaczył dla fundacji mariackiej i gimnazjum, zwanego odtąd akademickim, czterech kuratorów (dwóch członków rejencji i dwóch wybranych przez stany pomorskie). Nad nimi ustanowił wyższe kuratorium, którym kierował prezes rejencji. Mimo opieki władz i przeprowadzanych reform, frekwencja w szczecińskiej szkole nie była duża: w 1768 r. zapisało się 6, a 1777 r. 17 uczniów. W szkole nauczało wielu znanych historyków, jak Johann Karl Ölrichs, Johann Samuel Hering czy Johann Jacob Sell. W celu zwiększenia frekwencji Fryderyk Wilhelm III w 1805 r. rozkazem gabinetowym połączył Akademickie Gimnazjum (Akademisches Gymnasium) z Liceum Miejskim (Ratslyceum). Powstało wtedy Połączone Królewskie i Miejskie Gimnazjum (Vereinigtes Königliches und Stadt-Gymnasium) z liczbą 178 uczniów. W XIX w. szkoła ta stała się wiodącą w prowincji pomorskiej. Pod wpływem reform, zainicjowanych przez Wilhelma von Humboldta, gimnazjum szczecińskie, podobnie jak wiele innych tego typu szkół w Prusach, stało się placówką realizującą program neohumanizmu.Stąd w gimnazjum szczecińskim przywiązywano duże znaczenie do nauki języków starożytnych (greki, hebrajskiego i łaciny), języków nowożytnych (angielskiego i francuskiego), historii i geografii, rysunku i kaligrafii. Szkoła ta była wysoko ceniona przez warstwy mieszczańskie, które chętnie posyłały do niej swoich synów. W latach 1830–1840 liczba uczniów wynosiła ok. 450, a w 1863 r. 750 osób, W 1869 r. nastąpił podział szkoły na dwa gimnazja, tym samym przywrócono stan sprzed 1805 r.: Gimnazjum Fundacji Mariackiej (Marienstiftsgymnasium) i Gimnazjum Miejskie (Stadtgymnasium). W gimnazjum mariackim liczba uczniów w 1879 r. wynosiła 655, a 1905 r. – 725. W XIX w. w różnym czasie w gimnazjum uczyło wiele osób zasłużonych dla kultury Pomorza, jak np.: Heinrich Böhmer, Ludwig Giesebrecht, Hermann Hering, Ferdinand Calo, Hugo Lemcke, Carl Loewe, Adolf i Wilhelm Stahr, Martin Wehrmann, Friedrich Wellmann. Celem kształcenia kadr dla szkół podstawowych przy gimnazjum od 1804 r. istniało seminarium nauczycielskie. Wysoki poziom nauczania zachowało Gimnazjum Fundacji Mariackiej aż do końca swej działalności. Jesienią 1943 r. w obawie przed skutkami bombardowań uczniowie, wspomnianej szkoły jak również gimnazjum miejskiego, zostali ewakuowani do Stargardu, gdzie zostali zakwaterowani w pomieszczeniach Gimnazjum Groeninga. Tam przebywali do połowy 1944 r., a następnie zostali przeniesieni w głąb Niemiec. Tym samym zakończyła się 400–letnia historia szkoły. Archiwum szczecińskie po 1874 r. przejęło część akt szkoły razem z archiwaliami Fundacji Najświętszej Marii Panny. W okresie II wojny światowej prawdopodobnie uzupełnione je akcesem akt pochodzących z XX w. Akta ewakuowano najpewniej do Niepoględzia, skąd wróciły po 1945 r. do Szczecina.