1. Prezydium (Sekretariat Generalny, Biuro Prezydialne - organizacja, skład osobowy, Wiedeńskie Koło Polskie, archiwum i biblioteka, materiały prasowe, akcja polityczna za granicą, stosunki polityczne i gospodarcze w kraju, stosunek do państw ościennych, prasa: „Polnische Nachrichten”, „Polen”) 1914-1921 (sygn. 1-215, 613-618, 620-626, 626a, 627-655, 835, 946). 2. Departament Wojskowy (organizacja, sprawozdania, rozkazy, obchody i uroczystości, przesilenie wewnętrzne w 1916 r., sprawa Sieroszewski-Sikorski, zjazdy delegatów Galicji i Śląska, okupacja rosyjska w Galicji, komisariaty i delegatury departamentu wojskowego w Galicji, w Bernie Morawskim, w Opawie, w Wiedniu; koła „Pracy Narodowej”, wywiad wojskowy, werbunek, warsztaty i zakłady wojskowe, szpital wojskowy, poczta polowa, biuro prasowe, redakcja „Wiadomości Polskich” i „Dziennika Narodowego”; Legiony Polskie, Polski Korpus Posiłkowy; proces w Marmaros-Sziget) 1914-1918 (sygn. 216-485, 656-721). 3. Departament Organizacyjny (organizacja, sprawozdania, protokoły posiedzeń, korespondencja, Główna Składnica Wydawnictw, rocznice narodowe, powiatowe komitety narodowe w Galicji, Komitet Bezpartyjny w Budapeszcie, tarcze legionowe, Kolumna Legionów, Liga Kobiet NKN) 1914-1918 (sygn. 486-530, 722-732). 4. Departament Skarbowy (organizacja, korespondencja, odznaki NKN, księgowość, budżet, składki i dary społeczne, opieka nad rodzinami legionistów, Skarb Wojenny Polskich Legionów, Centralne Biuro Wydawnictw NKN, komisja rewizyjna) 1914-1919 (sygn. 531-558, 560-564, 733-777, 949). 5. Departament Opieki (organizacja, statuty, regulaminy, preliminarze i zamknięcia rachunkowe, Biuro Pośrednictwa Pracy, tydzień opieki legionowej, oddziały Departamentu w Zakopanem i we Wiedniu, oddział zasiłkowy) 1916-1918 (sygn. 565-577, 778-798). 6. Komitety: - Centralny Komitet Gwiazdkowy (organizacja, sprawozdania, korespondencja, księgowość) 1914-1917 (sygn. 578, 799-801). - Naczelny Komitet Opieki we Wiedniu (schroniska, sanatorium w Zakopanem, pośrednictwo pracy, sprawozdania z działalności) 1915-1916 (sygn. 579-583, 802-804). - Komitet Opieki nad Jeńcami Wojennymi (organizacja, raporty sytuacyjne o obozach jenieckich, wykazy obozów, spisy jeńców, polscy jeńcy w Turcji, podania o zwolnienia z obozów, obóz internowanych, tygodnik obozowy „Jeniec”) 1915-1919 (sygn. 584-600, 805-814). - Gospoda Legionistów we Wiedniu (sekcja informacyjne, sekcja Porady Prawnej, księgi kasowe, księga pamiątkowa) 1915-1916 (sygn. 601-602, 815-822). - Komitet Opieki nad Dziećmi Ewakuowanymi (protokoły posiedzeń) 1916-1917 (sygn. 603). - Dom Opieki nad byłymi legionistami we Wiedniu (księga kasowa) 1915-1917 (sygn. 823). - Komitet Opieki nad Internowanymi i zwolnionymi legionistami (protokoły posiedzeń, sprawozdania, księgi kasowe) 1917-1918 (sygn. 604, 824-826). - Towarzystwo Wzajemnej Pomocy Byłych Członków Legionów Polskich (pośrednictwo pracy, biuro informacyjne, księgowość) 1918 (sygn. 605, 827-833). - Towarzystwo Opieki Legionowej (organizacja, księgowość) 1917-1920 (sygn. 606, 834). 7. Zbiory (fotografie legionowe, album fotograficzny, wydawnictwa, druki propagandowe, patenty oficerskie, wzory pieczęci) (sygn. 607-609, 609a, 610-612, 837, 945, 948, 950).

Niepowodzenia akcji wojskowo-politycznej J. Piłsudskiego doprowadziły do utworzenia Naczelnego Komitetu Narodowego, który skupiał wszystkie galicyjskie stronnictwa polityczne (socjalistów, ludowców, demokratów, konserwatystów, a początkowo też endeków), akceptujące orientację austro-polską. Formalnie nastąpiło to na mocy uchwały podjętej 16.08.1914 r. w Krakowie na rozszerzonym posiedzeniu parlamentu Koła Polskiego. NKN wydał Odezwę do Narodu Polskiego oraz uchwałę o tworzeniu Legionów Polskich. Naczelny Komitet był najwyższą instancją w zakresie wojskowej, skarbowej i politycznej organizacji zbrojnych sił polskich. Powstały 2 legiony: Zachodni i Wschodni oraz początkowo dwie oddzielne sekcje NKN: wschodnia z siedzibą we Lwowie i zachodnia z siedzibą w Krakowie. Każda sekcja składała się z Prezydium i 3 departamentów: Wojskowego, Organizacyjnego, Skarbowego. Całością kierował Komitet Wykonawczy z prezesem na czele, przy czym stanowisko to miał zajmować prezes Koła Polskiego. W październiku 1914 r. pod wpływem sytuacji na froncie wschodnio-galicyjskim i sukcesów wojsk rosyjskich wystąpili z Komitetu endecy i podolacy, co doprowadziło do likwidacji sekcji wschodniej, Sekcja Zachodnia staje się właściwym NKN, z siedzibą w Krakowie. W nowej sytuacji politycznej, pod koniec 1916 r., dalsze istnienie NKN nie wydawało się konieczne i dlatego rozpoczęto jego stopniową likwidację. Formalnie 15.10.1917 r. zapadła decyzja o rozwiązaniu NKN, funkcjonowało nadal Biuro Likwidacyjne, mające za zadanie zająć się techniczną stroną likwidacji. Formalnie zamknięto działalność NKN 19.08.1920 r. przekazaniem jego akt do Archiwum Aktów Dawnych m. Krakowa. W 2014 r. zespół został wpisany na Polską Listę Krajową Programu UNESCO Pamięć Świata