Archiwum Nauki działa w oparciu o statut podpisany przez prezesów obu Akademii, nadany decyzją Prezesa PAN z 12 lutego 2004 roku. Nadzór nad działalnością Archiwum sprawuje z upoważnienia Prezesa PAN Prezes Oddziału PAN w Krakowie. Archiwum posiada Radę Naukową złożoną z 10 członków, desygnowanych w połowie przez Prezydium Oddziału PAN w Krakowie oraz przez Zarząd PAU. 

Do zadań statutowych Archiwum Nauki należy:

-  gromadzenie, przechowywanie i zabezpieczanie, ewidencjonowanie i opracowywanie, udostępnianie materiałów archiwalnych jednostek organizacyjnych PAN działających na obszarze Oddziału PAN w Krakowie, materiałów archiwalnych Polskiej Akademii Umiejętności, stowarzyszeń i instytucji naukowych oraz archiwów osobistych (spuścizn) ludzi nauki i kultury;

-  prowadzenie działalności naukowej, wydawniczej oraz informacyjnej i popularyzacyjnej o Archiwum Nauki i jego zasobie;

-  kształtowanie narastającego zasobu PAN i PAU.

Zasób Archiwum Nauki stanowią materiały archiwalne: należące do państwowego zasobu archiwalnego, zgodnie z dokumentem powierzenia z dnia 6 marca 2002 r. wydanego Polskiej Akademii Nauk przez Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych oraz należące do niepaństwowego zasobu archiwalnego, stanowiące własność Polskiej Akademii Umiejętności. Prowadzona jest odrębna ewidencja dla państwowego i niepaństwowego zasobu archiwalnego. W skład zasobu Archiwum wchodzą akta stowarzyszeń i instytucji naukowych (w tym Towarzystwa Naukowego Krakowskiego oraz PAU), krakowskich jednostek PAN, archiwa osobiste ludzi nauki i kultury. 

Zasób Archiwum Nauki na dzień 31 grudnia 2011 roku wynosi 1406,19 mb. akt oraz dokumentację pozaaktową (gromadzoną w poszczególnych zespołach akt): fotografie, medale i odznaczenia, mapy. Zbiory przechowywane są w klimatyzowanych magazynach archiwalnych. Odpowiednie warunki przechowywania zostały stworzone dzięki funduszom uzyskanym z Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej i PAU.