Archiwum toruńskie należy do najstarszych w kraju: jego początki sięgają średniowiecza i związane są z lokacją miasta Torunia w 1233 roku. Mieściło się ono w ratuszu staromiejskim, a powstawało stopniowo, w miarę napływu do niego ważnych dla miasta dokumentów i ksiąg. Pierwsze wzmianki o zorganizowanym archiwum miejskim pochodzą dopiero z 1570 i 1587 roku. Część dokumentów i ksiąg miejskich przechowywana była w wieży ratuszowej, reszta zaś rozproszona po innych pomieszczeniach ratusza. Oprócz właściwego archiwum miejskiego, w ratuszu znajdowały się również: Archiwum Ziem Pruskich oraz księgi chełmińskiego sądu ziemskiego. Stopniowo, w nieznanych bliżej okolicznościach, do ratusza trafiły także, jako depozyty, akta okolicznych miast: Brodnicy, Chełmna, Chełmży, Golubia, Kowalewa, Wąbrzeźna i in.

Pierwsze poważne straty poniosło Archiwum w 1703 roku, kiedy to podczas oblężenia szwedzkiego w wyniku bombardowania ratusza spłonęła część toruńskich akt miejskich, w tym m.in. acta consularia, księgi rachunkowe kamlarii miejskiej, missiva oraz depozyty, a wśród nich część Archiwum Ziem Pruskich oraz wszystkie akta chełmińskiego sądu ziemskiego.

Zabór pruski w 1793 r. i wprowadzenie przez Prusy nowego ustroju administracyjnego spowodowały, że archiwum toruńskie nabrało charakteru już tylko historycznego. W 1812 roku podczas ewakuacji ratusza, zamienionego na rozkaz Napoleona na lazaret dla żołnierzy francuskich, Archiwum zostało w bezładzie przeniesione do jednej z kamienic przy ulicy Szczytnej. Po kilku latach akta ponownie przemieszczono do ratusza i przez następne dziesiątki lat wielokrotnie podejmowano próby ich uporządkowania. Udało się to uczynić dopiero pod koniec XIX wieku. Zasadnicze prace porządkowe wykonali wówczas: Ernest Kestner i Józef Tietzen pod kierownictwem syndyka Jerzego Bendera. Dokonali oni podziału całego zasobu Archiwum, łącznie z depozytami, na 4 katalogi: I-Dokumenty i listy, II-Księgi i akta, III-Listy cechowe, IV-Akta cechów. W 1899 roku magistrat toruński utworzył stanowisko archiwisty miejskiego, które przez wiele lat piastował Artur Semrau, profesor gimnazjum toruńskiego.

Od 1927 roku, już w niepodległej Polsce, Archiwum kierowała nauczycielka gimnazjum toruńskiego, Helena Piskorska. Do momentu wybuchu II wojny światowej Archiwum było samodzielną instytucją publiczną z otwartą dla użytkowników pracownią naukową, z aspiracjami przejęcia funkcji centralnego ośrodka archiwalnego północnej Polski. Przechowywano w nim, oprócz akt wymienionych wyżej, akta miast do 1920 r., akta polskich organizacji i stowarzyszeń oraz tłoki pieczęci miejskich i cechowych i in. W okresie międzywojennym w Archiwum nastąpiło znaczne ożywienie w zakresie prowadzonych prac naukowych. Podjęto również intensywne prace inwentaryzacyjne, w wyniku których uporządkowano m.in. zbiory kartograficzne miasta Torunia.

Po wybuchu II wojny światowej kierownictwo Archiwum, przy którym utworzono Urząd do Spraw Genealogicznych (Sippenamt), objął H. Strehlau z Norymbergi. W tym okresie zasób Archiwum był przez Niemców wielokrotnie przemieszczany, a najcenniejsze akta trafiły ostatecznie do kopalni soli w Grasleben. Wywieziono również część zgromadzonych w Archiwum dla potrzeb wspomnianego Urzędu do Spraw Genealogicznych ksiąg metrykalnych z terenu miasta i powiatu toruńskiego. Większość wywiezionych dokumentów i akt udało się odzyskać po 1947 roku.

W 1951 roku Archiwum zostało upaństwowione i włączone do państwowej sieci archiwalnej, początkowo jako Oddział Terenowy Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Bydgoszczy. Dopiero po reformie administracyjnej Archiwum w 1976 roku uzyskało status samodzielnej placówki i nosiło nazwę: Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Toruniu. Upaństwowienie Archiwum w zasadniczy sposób zmieniło zakres i profil jego działania. Do zadań placówki należało odtąd: gromadzenie, przechowywanie, opracowanie i udostępnianie materiałów archiwalnych o wartości historycznej, w tym nadzór nad narastającym zasobem archiwalnym (archiwa zakładowe). Archiwum stało się również ważną bazą źródłową dla powołanego w Toruniu Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Zasób wzbogacił się o nowe typy zespołów akt: akta administracji ogólnej i specjalnej, przedsiębiorstw i instytucji gospodarczych, instytucji wymiaru sprawiedliwości, szkół oraz innych instytucji państwowych. Terenem działania Archiwum były miasto i powiat Toruń, powiaty: chełmiński, wąbrzeski i golubsko-dobrzyński (od 1956 r.), a także do 1954 r. miasto i powiat Inowrocław oraz powiat mogileński. Archiwum posiadało ekspozyturę w Wąbrzeźnie i oddział w Grudziądzu, zlikwidowane kolejno w roku 1990 i 1999.

Od 1960 roku Archiwum mieści się przy Pl. Rapackiego 4. W 1996 roku po otrzymaniu nowego budynku po byłym kinie „Flisak” zmianie uległa struktura organizacyjna Archiwum. 

Obecnie w każdym z budynków Archiwum Państwowego w Toruniu mieści się czytelnia, gdzie nasi goście mogą korzystać z zasobu Archiwum oraz zbiorów bibliotecznych.

• Czytelnia (Pl. Rapackiego 4) - Materiały archiwalne wytworzone do końca XVIII wieku oraz zbiór fotografii
• Czytelnia (ul. Idzikowskiego 6c) - Materiałów archiwalne od XIX do XXI wieku