Archiwum jest jednostką pozawydziałową Uniwersytetu Jagiellońskiego. Do jego głównych zadań należy gromadzenie, przechowywanie, opracowywanie i udostępnianie dokumentacji aktowej, elektronicznej, fotograficznej oraz innych materiałów wytworzonych na Uniwersytecie Jagiellońskim lub związanych z jego historią a szerzej także z działalnością krakowskiego ośrodka naukowego. Sprawuje nadzór metodyczny nad narastającym zasobem dokumentacji kancelaryjnej uniwersytetu. Uczestniczy w kształceniu archiwistów i instruktażu pracowników administracyjnych uczelni. Prowadzi kancelarię wydając stosowne zaświadczenia dla absolwentów i byłych pracowników uczelni. Spełnia również funkcje naukowe prowadząc badania nad dziejami uniwersytetu.

Struktura organizacyjna