Sprawy religijne i świeckie klasztoru: 19 dyplomów pergaminowych: 2 indulty z 1435 i 1486 roku, dyplom odnawiajacy klasztor z 1580 roku, dyplomy nadawcze, dyplomy fundacyjne dla bractw z 1604 i 1605 roku, 11 indultów papieskich z lat 1673-1753, w tym jeden z 1734 roku dla bernardynów kościańskich i jeden dla kościoła parafialnego w ,,Gurzje" w diecezji poznańskiej. (.Przy kilku dyplomach wielkie pieczęcie lakowe biskupa i kapituły chełmińskiej oraz pieczęcie opłatkowe) ; księga klasztoru franciszkanów reformowanych w Łąkach koło Nowego Miasta Lubawskiego, zawierająca wykaz zmarłych zakonników z prowincji pruskiej i wielkopolskiej Zakonu z lat 1624-1868, 1940.

W 1502 r. przy kościele św. Michała i św. Jana w Lubawie biskup Mikołaj Krapicki ufundował klasztor franciszkanów. Po 1525 r. część zakonników opuściła klasztor i przeszła na luteranizm. Reszta pozostała tam do śmierci w 1566 r. W latach 1566-1580 klasztor stał pusty. Dopiero w 1580 r. biskup Piotr Kostka sprowadził tu franciszkanów obserwantów – bernardynów z Warszawy. Uzyskał od papieża wyłączenie ich z prowincji saskiej i wcielenie do prowincji polskiej. Wzniósł dla nich nowy kościół pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela oraz skromnie uposażył. Przy klasztorze powstało kilka bractw (św. Michała, św. Anny, Bractwo Szkaplerzowe, i in.). W 1772 r. w wyniku I rozbioru Polski Prusy zagarnęły także ziemie chełmińską i lubawską. Rząd pruski zarządził kasatę klasztoru bernardynów, a w klasztorze ulokowano sąd powiatowy i szkołę miejską (później luterańskie seminarium nauczycielskie).