1. Wydział Administracyjny a) Sekcja Administracyjna [1708-1765], 1817-1866, sygn. 1-51; b) Sekcja Wyznań [1795], 1817-1867, sygn. 52-112; c) Sekcja Drogowa 1828-1866, sygn. 113-116; d) Sekcja Włościan (głównie tabele dodatkowe do tabel prestacyjnych) 1846-1862, sygn. 117-145; 2. Wydział Wojskowo-Policyjny [1809-1828], [1857-1861], 1816-1866, [1879], sygn. 146-160; 3. Wydział Skarbowy [1564-1804], [1778-1830], [1796-1808], 1819-1866, sygn. 161-255; a) Sekcja Dóbr i Lasów- sprawy osobowe urzędników i oficjalistów oraz akta dotyczące głównie gruntów włościańskich w następujących Ekonomiach: Ekonomii Łomży, Ekonomii Mały Płock, Ekonomii Nowogród, Ekonomii Rajgród, Ekonomii Suraż, Ekonomii Wizna. W ramach scalania zasobu archiwalnego dopływ przekazany przez Archiwum Państwowe w Warszawie -nab.3645/2017r. 1 j.a-0,01 mb. Dopływ z dn.17.05.22r-w ramach scalania zasobu archiwalnego 1 ja. przekazana przez AGAD.

Zgodnie z Konstytucją królestwa Polskiego z 1815r. wprowadzono podział kraju na województwa. Zmniejszono ilość okręgów administracyjnych niższego rzędu nazwanych obwodami dla okręgów wyborczych pozostała nazwa powiaty. W miejsce dawnego departamentu łomżyńskiego utworzono województwo augustowskie z siedzibą w Suwałkach, które podzielono na 5 obwodów i 7 powiatów. W skład Komisji Wojewódzkich wchodzili: prezes, komisarze tzw. zasiadający w liczbie pięciu, komisarze tzw. delegowani po jednym na każdy obwód, sekretarz generalny prowadzący kancelarię, asesor prawny oraz kilku innych asesorów wprawiających się do służby. Wszystkie sprawy komisje załatwiały kolegialnie. Instytucja podzielona była na następujące wydziały: Wyznań religijnych i oświecenia publicznego, Administracyjny, Wojskowy, Skarbowy, Policyjny. Później powstał jeszcze Wydział Dóbr i Lasów Rządowych. Poszczególnym wydziałom przewodniczyli komisarze zasiadający, komisarze delegowani pośredniczyli między mieszkańcami obwodu a komisją oraz nadzorowali administrację lokalną. Z czasem struktura organizacyjna Komisji Województwa Augustowskiego stopniowo ulegała zmianom. W 1837r. przemianowano nazwy województw na gubernie a tytuły prezesów- na gubernatorów cywilnych. Komisja Województwa Augustowskiego przemianowana została na Rząd Gubernialny Augustowski, poza zmianą nazwy nie zaszły zasadnicze zmiany w organizacji i kompetencjach urzędu. W 1842r. zmieniono obwody na powiaty, a powiaty na okręgi. Komisarzy delegowanych nazwano naczelnikami powiatu. W 1867r. ustrój administracyjny Królestwa Polskiego zunifikowany został z Cesarstwem Rosyjskim. Na mocy ukazu z grudnia 1866r. zmieniono organizację administracji terenowej. Gubernia augustowska podzielona została na gubernię łomżyńską i gubernię suwalską, dwie równorzędne administracyjnie jednostki. W związku z tym dokonano podziału agend Rządu Gubernialnego Augustowskiego. Fakt ten oraz niezależna organizacja Rządów Gubernialnych po 1867r. i wprowadzenie języka rosyjskiego do kancelarii urzędu spowodowały zupełną odrębność jakościową urzędów.