Referat I 1867- 1918, sygn. 1-698; Referat II 1868- 1917, sygn. 699- 1610; Referat III- Straż Ziemska 1867- 1917, sygn. 1611- 1845; Referat IV- Mobilizacyjny 1893- 1917, sygn. 1846- 1922; Urzędnik do Szczególnych Poruczeń 1913, sygn. 1923; Księgi 1874- 1917, sygn. 1924- 1964

Na mocy ukazu z grudnia 1866r. podporządkowano zarząd guberni Gubernatorowi oraz Rządowi Gubernialnemu. Kancelaria Gubernatora był to urząd powołany do załatwiania spraw znajdujących się w jego wyłącznej kompetencji. Rozpatrywano tam sprawy powierzone gubernatorowi do osobistego rozpatrzenia bez współudziału Rządu Gubernialnego, a także sprawy oddane do osobistego rozporządzenia w Rządzie Gubernialnym. Kancelaria w momencie powstania składała się z: naczelnika, jego pomocnika, urzędnika do szczególnych poruczeń i pewnej ilości kancelistów. W momencie podporządkowania gubernatorowi straży ziemskiej-Kancelaria Gubernatora, do której należały sprawy dyscyplinarne i inspekcyjne straży powiększyła się. Z biegiem czasu zwiększono liczbę etatów w Kancelarii. W jej strukturze organizacyjnej wyodrębniono cztery referaty. Kancelaria Gubernatora wraz z Rządem Gubernialnym skupiały faktycznie całokształt władzy w guberni. W 1915r. Kancelaria Gubernatora Łomżyńskiego ewakuowana została do Riazania gdzie istniała do 1918r.