1. Dyplomy pergaminowe (uposażenia, dyplom Uniwersytetu „Sapienza” w Rzymie, odpusty, prepozytura w Trzcianie, spór z Wielowiejskimi) 1400-1757 (sygn. Perg. EM 1-11) 2. Akta klasztoru kanoników regularnych „De Poenitentia” przy kościele św. Marka w Krakowie(wybory władz klasztornych, uposażenia na dobrach ziemskich i kamienicach, zapisy kapitałów, testamenty, legaty, akta procesowe, akta personalne, Bractwo św. Zofii) 1400-1817 (sygn. EM 1-5) 3.Akta klasztoru św. Ducha w Krakowie (uposażenia, akta gospodarcze, kopie przywilejów, księgi dochodów i wydatków, rachunki szpitalne, klasztor Duchaczek w Krakowie) 1252-1820 (sygn. EM 6-8) 4. Dom Księży Emerytów w Krakowie (interesa wewnętrzne Domu, prebendy, akta osobiste, korespondencja poszczególnych księży, fundusze, kwity rachunkowe, parafia św. Krzyża w Krakowie, dobra Prądnik Biały, kapituła krakowska, księgi metrykalne parafii Płoki) 1530-1885 (sygn. EM 9-14) 5. Rękopisy z biblioteki Księży Emerytów (kalendarze, traktaty teologiczne, pisma liturgiczne i dewocyjne, kazania, fragmenty druków z w. XV-XVII) XVII-XIX w. (sygn. EM 15-23)

Dom Księży Emerytów położony pierwotnie przy ul. Grodzkiej naprzeciw kościoła św. Marcina, przeniesiony został w 1787 r. do zniesionego klasztoru św. Ducha Kanoników Regularnych De Saxia (Duchaków). Każdorazowy rektor Domu musiał być odtąd zarazem proboszczem kościoła św. Krzyża. Poza uposażeniem tego probostwa wszystkie fundusze klasztoru objęli księża Emeryci, którzy rezydowali w klasztorze św. Ducha do 1801 r., potem umieszczono ich chwilowo w klasztorze Duchaczek obok kościoła św. Krzyża, następnie w 1807 r. przeniesiono ich do istniejącego jeszcze klasztoru Kanoników Regularnych „de Poenitentia” przy kościele św. Marka przy ul. Sławkowskiej. Gdy klasztor ten uległ kasacie w 1816 r., księża Emeryci objęli po nim fundusze i obowiązki. Od ok. 1824 r. funkcja rektora Domu była rozdzielona od stanowiska proboszcza kościoła św. Krzyża aż do 1858 r., kiedy to wrócono do ustaleń z 1787 r.