Gabinet Ministra: protokoły z posiedzeń, materiały na posiedzenia, regulaminy organizacyjne, wycinki prasowe, odpowiedzi na krytykę prasową, informacje, opracowania, 1990-2001, sygn. 1/1-82; Departament Współpracy z Zagranicą: materiały na posiedzenia kierownictwa, protokoły z posiedzeń , sprawozdania z sesji, , umowy międzynarodowe, porozumienia, opinie, analizy, opracowania, sprawozdania i instrukcje z wyjazdów służbowych, korespondencja merytoryczna dotycząca negocjacji akcesyjnych, protokoły, notatki ze współpracy międzynarodowej, 1989-2001, sygn. 2/1-180; Biuro Kadr, Szkolenia i Organizacji: protokoły Komisji BHP, regulaminy, protokoły przekazania, sprawozdania, skargi, wnioski, dokumentacja z kontroli, analizy, opracowania, normy międzynarodowego prawa pracy, odznaczenia resortowe, wnioski o mianowanie na stanowisko profesora zwyczajnego, 1985-2001, sygn. 3/1-112; Departament Rybołówstwa Morskiego: umowy międzynarodowe, protokoły z rozmów międzynarodowych, sprawozdania, analizy, opinie, notatki, zezwolenia na rejsy naukowo-badawcze, 1973-1998, sygn. 4/1-52; Departament Nadzoru Technicznego Transportu: decyzje, rozporządzenia, analizy, opracowania, 1993-2001, sygn. 5/1-18; Departament Techniki: Komisje własne - sprawozdania, referaty z konferencji, zjazdów, uchwały, protokoły, opinie, wyceny, opracowania, 1990-1995, sygn. 6/1-11, 35/1-97; Departament Lotnictwa Cywilnego: umowy, instrukcje, sprawozdania z wyjazdów służbowych, plany lotnisk, korespondencja merytoryczna, 1988-2001, sygn. 7/1-62; Sekretariat Krajowej Rady BRD: współpraca z ministerstwami, urzędami centralnymi, zagraniczna - programy rządowe, korespondencja merytoryczna, skargi, wnioski, 1992-2001, sygn. 8/1-24; Departament Transportu Morskiego: protokoły, decyzje, opracowania, umowy, raporty, uwagi, opinie, porozumienia, sprawozdania, dokumenty z posiedzeń Komitetu OECD ds. Transportu Morskiego, odwołania, nadzór nad działalnością spółek z udziałem Skarbu Państwa, korespondencja, 1985-2001, sygn. 9/1-2/306, 31/1-7; Główna Komisja Badania Wypadków Lotniczych: protokoły, 1989-2001, sygn. 10/1-202; Departament Ekonomiki i Finansów: sprawozdania z działalności, sprawozdania z wykonania planów finansowych, projekty budżetów, skargi i wnioski, analizy, opracowania, protokoły z kontroli, zarządzenia Ministra, wnioski, opinie, korespondencja merytoryczna, 1990-2001, sygn. 11/1-87; Departament Polityki Transportowej: sprawozdania z wizyty Papieża w Polsce, sprawozdania z kontroli, sprawozdania, notatki z realizacji inwestycji, międzynarodowe umowy wielostronne, współpraca z ministerstwami i urzędami centralnymi, opracowania, 1990-2001, sygn. 12/1-71, 30/1-48; Departament Organizacji i Nadzoru: protokoły z kontroli, skargi i wnioski, związki zawodowe, korespondencja merytoryczna, przekształcenia własnościowe, prywatyzacja przedsiębiorstw drogą likwidacji, 1987-1990, sygn. 13/1-9, 36/1-2; Departament Kolejnictwa: interpelacje i zapytania poselskie, odpowiedzi, decyzje Ministra, opracowania, podstawy prawne działania jednostek podległych i nadzorowanych, 1997-2001, sygn. 14/1-148; Departament Transportu Samochodowego: decyzje, umowy międzynarodowe, projekty przepisów, korespondencja merytoryczna, 1994-2000, sygn. 15/1-14; Departament Transportu Drogowego: decyzje Ministra, umowy międzynarodowe, projekt "PHARE", sprawozdania z posiedzeń stałych komisji, zezwolenia, korespondencja merytoryczna dotycząca przewozu materiałów niebezpiecznych, 1992-2001, sygn. 16/1-65, 27/1-2; Biuro Drogownictwa: odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, korespondencja merytoryczna dotycząca nadzoru nad GDDP, 2000-2001, sygn. 17/1-3; Biuro Kontroli, Skarg i Wniosków: analizy skarg i wniosków, protokoły z kontroli, 1996-2001, sygn. 18/1-81; Departament Administracji Morskiej i Śródlądowej: dokumentacja dotycząca zatonięcia promu "Jan Heweliusz", zezwolenia, odwołania, sprawozdania, współpraca z urzędami i instytucjami, organizacjami międzynarodowymi, informacje o ochronie brzegów Półwyspu Helskiego, 1989-2001, sygn. 19/1-43, 23/1-23, 32/1; Departament Prawny: upoważnienia, organizacja: regulaminy organizacyjne, propozycje zmian, przepisy kancelaryjne i archiwalne; zarządzenia, decyzje, rozporządzenia Ministra, protokoły z posiedzeń Rady Ministrów, orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, 1990-2001, sygn. 20/1-226, 24/1-14; Departament Przekształceń Własnościowych i Nadzoru: likwidacja Przedsiębiorstw Państwowych - bilanse, wnioski do sądu, decyzje, wycena majątków, analizy finansowo-ekonomiczne, sprawozdania; podstawy prawne działania jednostek podległych i nadzorowanych przez Ministerstwo, organizacja jednostek podległych; prywatyzacja - sprawozdania, decyzje, zarządzenia, protokoły, analizy, wyceny; wnioski o zwrot mienia, informacje o stanie prawnym nieruchomości, 1982-1998, sygn. 21/1-200; Departament Nadzoru Założycielskiego: organizacja jednostek podległych, [1951-1989]1990-1991, sygn. 22/1-7; Biuro Kadr: skargi i wnioski, odznaczenia państwowe - wnioski, decyzje, programy nauczania, korespondencja; metody ustalania norm pracy, analizy, dokumentacja prawna i techniczna obiektów własnych, 1997-2001, sygn. 25/1-8, 37/1-8; Biuro Administracyjne: księgi inwentarzowe, książki ewidencji z wzorami odciskowymi, 1990-2001, sygn. 26/1-9; Resortowa Komisja Orzekająca: rejestry wniosków o ukaranie w sprawie naruszenia dyscypliny finansów publicznych, 1999-2000, sygn. 28/1-2; Biuro Dyrektora Generalnego; decyzje Dyrektora Generalnego, 1997-2001, sygn. 29/1-5; Departament Integracji Europejskiej i Współpracy z Zagranicą: umowy wielostronne, sprawozdania, notatki ze spotkań, korespondencja, [1987-1988] 1989-2001 [2002], sygn. 33/1-48; Departament Prawno-Legislacyjny: akty normatywne władz nadrzędnych, rozporządzenia Ministra, 1989-2001, sygn. 34/1-38;a Biuro Administracyjno-Budżetowe: bilanse i sprawozdania, 1999-2001 [2002], sygn. 38/1; Sekretariat Krajowej Rady Bezpieczeństwa Drogowego: Uchwała Konstytucyjna o wzajemnych stosunkach miedzy władzą ustawodawczą i wykonawczą RP oraz o samorządzie terytorialny; zarządzenia, 1992-1994, sygn. 39/1; Państwowa Komisja Badania Wypadków Lotniczych: zgłoszenia zdarzeń lotniczych, 1990-2001, sygn. 40/1-6.

Ministerstwo Transportu i Gospodarki Morskiej zostało utworzone w oparciu o przepisy ustawy z dn. 1 grudnia 1989 r. oraz Uchwały Rady Ministrów z dn. 29 stycznia 1990 r. w sprawie nadania statutu. Do zakresu działania MTiGM należało tworzenie warunków do budowy, utrzymania i eksploatacji dróg publicznych, kolei, portów lotniczych, morskich oraz ruchu drogowego i lotniczego, żeglugi morskiej i śródlądowej, przewozu osób i rzeczy środkami transportu kolejowego, samochodowego, morskiego, lotniczego i żeglugi śródlądowej oraz rybołówstwo morskie. Funkcjonowało do dnia 20.10.2001 r.