1. Sekretariat Naczelnego Dyrektora 1949-1952 1-17 akta organizacyjne 2. Dział Planowania 1950-1952 18-112 statystyka i sprawozdawczość 3. Dział Personalny 1950-1953 113-114 charakterystyka rybaków indywidualnych 4. Dział Księgowości 1949-1953 115-187 plany finansowe i bilansowe 5. Dział Organizacji Pracy i Płacy 1951 188 zatrudnienie i wydajność pracy 6. Dział Inwestycji 1949-1952 189-228 odbudowa urządzeń portowych 7. Dział Eksploatacji Portów 1950-1952 229-242 działalność przeładunkowa 8. Dział Techniczny 1948-1953 243-362 dokumentacja techniczna, kapitalne remonty 9. Dział Ruchu 1948-1952 363-389 organizacja i administracja 10.Rejon Portowy Ustka 1950-1952 390-398 praca portu w Ustce 11. Rejon Portowy Darłowo 1950-1952 399-409 praca portu w Darłowie 12.Rejon Portowy Kołobrzeg 1948-1952 410-425 praca portu w Kołobrzegu 13.Dział Finansowy 1949-1952 426-430 plany finansowe 14.Dział Administracyjno-Gospodarczy 1950-1952 431-456 akcja socjalna,szkolenia,instrukcje 15.Dział Zaopatrzenia 1951-1952 457-470 plany zaopatrzenia materiałowego 16.Ewidencja pracowników, akta osobowe 471-572

Zarząd Małych Portów utworzono dnia 01 stycznia 1951 roku na mocy zarządzenia Ministra Zeglugi z dnia 25 sierpnia 1950r. Oraz uzupełnienia tegoż zarządzenia z dnia 30.01.1951 roku. Przedmiotem działania przedsiębiorstwa było: wykonywanie czynności załadowania i wyładowania towarów w portach, administracja i eksploatacja terenów i urządzeń oraz wszelkich magazynów portowych, pilotaż, holowanie i cumowanie statków, konserwacja i rozbudowa portów. Terenem działania były porty w Ustce, Darłowie, Kołobrzegu poprzez podległe kapitanaty portów. Bezpośrednią władzą było Ministerstwo Żeglugi. Z dniem 31 grudnia zlikwidowano przedsiębiorstwo Zarząd Małych Portów, a jego agendy przejął Morski Urząd Rybacki w Słupsku.