Zbiór obejmuje m.in.archiwum rodu Zamoyskich z XVI-XX w. Składają się na niego następujące materiały: akta osobowo-rodzinne Zamoyskich, linii ordynackiej, oraz akta ich działalności publicznej, bogata korespondencja, zwłaszcza Jana Zamoyskiego - kanclerza i hetmana wielkiego koronnego i jego syna Tomasza - kanclerza wielkiego koronnego. Fragment kancelarii hetmańskiej tegoż Jana Zamoyskiego, papiery podskarbiego wielkiego koronnego Marcina Zamoyskiego i kanclerza wielkiego koronnego Andrzeja Zamoyskiego. Akta majątkowe i gospodarcze dworu Zamoyskich oraz ich dóbr, głównie alodialnych (Szarogrodu, Beresteczka, Włodawy, Gruszczyna i in.). Z akt ordynacji zamojskiej tylko niektóre dokumenty pergaminowe miasta Zamościa i Akademii Zamojskiej oraz niektóre papiery Biblioteki Ordynacji Zamoyskiej w Pałacu Błękitnym przy ulicy Senatorskiej w Warszawie. Ponadto trochę akt twierdzy w Zamościu i wojsk nadwornych Zamoyskich w latach 1809-1812 i 1831. Wśród akt różnych rodzajów (przeważnie spokrewnionych) spuścizna Jana Gnińskiego - podkanclerzego koronnego i archiwum dóbr małopolskich (Wiewiórka, Zassów, Szczekarzewice i in.) Konstancji z Denhoffów Sanguszkowej, 2 voto Rogalińskiej z okresu ich przynależności do Zawiszy Czarnego z Garbow (XV w.) i jego spadkobierców, a potem do Oleśnickich i Tarłów. W utworzonej w XIX w. i kontynuowanej w XX w. kolekcji rękopisów, fragment archiwów kościelnych i klasztornych, zwłaszcza kanoników regularnych z Czerwińska (z dokumentów pergaminowych od 1155 r.), biskupów warmińskich (XVI w.), bożogrobców z Miechowa i in., akta małopolskich synodów ewangelickich z XVI-XVII w., materiały do spraw kościoła unickiego na Litwie (XVII-XIX w.). Wśród akt dotyczących życia publicznego i wojskowości niektóre materiały o charakterze dyplomatycznym (do stosunków z Turcją, Rosją i in.), diariusze sejmikowe i skarbowe, akta wojskowe z wojny w 1792 r. i udziału w niej Tadeusza Kościuszki, niektóre akta z okresu Powstania Kościuszkowskiego na Litwie, wykazy uczniów korpusu kadetów w Warszawie i w Kaliszu.

Zbiory rękopiśmienne Biblioteki Ordynacji Zamojskiej w Warszawie poniosły w czasie II wojny światowej duże straty. Ocalałe rękopisy podzielono w ten sposób, że AGAD otrzymało zbiory dokumentów pergaminowych i akta pochodzące z Archiwum Zamoyskich i innych rodzin, a w Bibliotece Narodowej w Warszawie zostały złożone rękopisy z dawnej serii cymeliów i inne rękopisy o charakterze literackim, zbiory typu silva rerum itp. Całość rękopisów pochodzących z dawnej Biblioteki Ordynacji Zamoyskiej, które teraz znajdują się w AGAD nosi nazwę Archiwum Zamoyskich. Omawiane archiwum jest spuścizną linii ordynackiej (starszej i młodszej) rodziny Zamoyskich. Za początek istnienia tej rodziny uważa się moment jej osiedlenia się na Rusi Czerwonej w pobliżu obecnego Zamościa. W połowie XVI w. Zamoyscy uzyskują pierwsze nadania królewszczyzna i pierwszy urząd senatorski.Dokumenty stweirdzające ich stan posiadania stanowią zaczyn niewielkiego początkowo archiwum Jan Zamoyski (1542-1605), kanclerz i hetman wielki koronny ukształtuje wielkość rodu i fortuny.

stan zachowania zespołu nie do ustalenia, dokumenty pergaminowe w Zbiorze dokumentów pergaminowych AGAD sygn. 5418-7131, 8898, zespół częściowo zmikrofilmowany; poprzednią kartę w 1962 r. sporządziła T. Zielińska