Zespół archiwalny dzieli się na: akta Prezydium, Podkomisji, Zespołów I, II, III, IV oraz Biura Komisji Organizacyjnej. W materiałach Prezydium, Podkomisji i Zespołów znajdują się protokoły z posiedzeń i korespondencja w sprawach organizacyjnych przyszłych Wydziałów Akademii. Materiały Biura Komisji Organizacyjnej dzielą się na: a) akta Biura Prezydialnego zawierające rezolucje, projekty ustawy o powołaniu Polskiej Akademii Nauk, projektowane schematy organizacyjne Polskiej Akademii Nauk, wykaz placówek naukowo-badawczych podległych Polskiej Akademii Nauk, sprawozdania z prac Komisji Organizacyjnej; b) materiały Referatu Prasowego składające się z korespondencji i komunikatów prasowych oraz wycinków prasowych; c) akta Biura Finansowo-Gospodarczego: preliminarze budżetowe, korespondencja w sprawach budżetowych, inwestycyjnych, etatowych, gospodarczych, tabele stanowisk i uposażeń; d) akta Komitetu Redakcyjnego Wydawnictw Pokongresowych zawierające sprawozdania poszczególnych Sekcji I Kongresu Nauki Polskiej, autoryzowane stenogramy przemówień kongresowych, korespondencję w sprawach uzupełnienia brakujących materiałów kongresowych.

Komisja Organizacyjna Polskiej Akademii Nauk powołana została uchwałą plenum I Kongresu Nauki Polskiej w dniu 2 lipca 1951 roku. Na pierwszym posiedzeniu Komisji, które odbyło się 3 lipca 1951 roku, wybrano Prezydium i pięć podkomisji: Budżetową, Prawno-Regulaminową, Administracyjno-Organizacyjną, Lokalowo-Majątkową, Wydawniczą oraz cztery Zespoły Wydziałowe: I - Nauk Społecznych, II - Nauk Biologicznych, III - Nauk o Przyrodzie Nieożywionej, IV - Nauk Technicznych. W skład Prezydium weszli: profesor Jan Dembowski jako przewodniczący, profesor Kazimierz Kuratowski - wiceprzewodniczący, oraz profesor Włodzimierz Michajłow - sekretarz. Zespoły miały przygotować materiały związane z organizacją przyszłych wydziałów Akademii. Na podstawie tych materiałów podkomisje opracowały statut i schemat organizacyjny Polskiej Akademii Nauk oraz budżet i plan wydawnictw na 1952 rok. Podkomisja Lokalowo-Majątkowa zajmowała się potrzebami lokalowymi i wyposażeniem przyszłej Akademii. Prezydium powołało Komitet Redakcyjny Wydawnictw Pokongresowych (I Kongresu Nauki Polskiej) w składzie: profesor Włodzimierz Michajłow i profesor Bogusław Leśnodorski. Jako organ pracy Komisji Organizacyjnej utworzono w dniu 16 lipca 1951 roku Biuro Komisji, króre przeprowadziło likwidację Biura I Kongresu Nauki Polskiej. W pierwszym etapie działalności Biuro posiadało: Sekretariat Ogólny, Sekretariat Naukowy, Wydział Koordynacji, Wydział Administracyjno-Gospodarczy, Wydział Finansowy, Samodzielny Referat Kadr i Samodzielny Referat Prasowy. W listpoadzie 1951 roku przeprowadzono reorganizację Biura, przystosowując je do zadań przewidzianych dla Polskiej Akademii Nauk. Odtąd struktura Biura obejmowała Biuro Prezydialne, przy którym organizowany był Referat Prasowy, Biuro Finansowo-Gospodarcze, Biuro Kadr, Inspektorat Kontroli, Dział Planowania i Koordynacji Badań Naukowych, Dział Wydawnictw Naukowych, Dział Popularyzacji Wiedzy, Sekretariat czterech Wydziałów Komisji Organizacyjnej - przyszłych wydziałów Akademii. Komisja Organizacyjna przestała działać z chwilą powołania pierwszego składu Akademii 9 kwietnia 1952 roku i zatwierdzenia budżetu Akademii w kwietniu tegoż roku. Działalność poszczególnych komórek Biura Komisji przejęły komórki powstałej Akademii.