Zachowany fragmentarycznie, zawiera po kilka teczek z każdego z wydziałów. Wydział ogólny: sprawy osobowe, dziennik korespondencyjne, 1910-1917 r., 6 j.a. Wydział administracyjno-gospodarczy: teczki dotyczące cen na materiały budowlane i robociznę, utrzymanie dróg, podatki w mieście Sejnach, sprawy sanitarne - epidemii, dzienniki korespondencyjne, 1888-1914 r., 7 j.a. Wydział wojskowo-policyjny: nadzór policyjny, korespondencja dotycząca działalności straży ziemskiej, sprawy kancelaryjne, 1867-1917 r., 8 j.a.

Zarządy powiatowe, w tym Zarząd Powiatowy Sejneński, zostały powołane przez przepisy ustawy o zarządzie gubernialnym i powiatowym z dn. 31.12.1866 r., na bazie działających dotąd urzędów naczelników powiatów. Zarządem powiatowym kierował naczelnik powiatu, odpowiadający przed gubernatorem i rządem gubernialnym. Miał on do swej dyspozycji dwóch pomocników. Biuro zarządu powiatowego składało się z 3 wydziałów: ogólnego - kierowanego przez sekretarza, administracyjno-gospodarczego - kierowanego przez pomocnika naczelnika powiatu, wojskowo-policyjnego - kierowanego przez drugiego pomocnika naczelnika powiatu, pełniącego zarazem funkcję naczelnika straży ziemskiej. Poza ogólnym, wydziały dzieliły się jeszcze na referaty. Wydział administracyjno-gospodarczy dzielił się na referaty: miejski, finansowy i ubezpieczeniowy. Wydział wojskowo-policyjny dzielił się na referaty: policyjny, lekarski, paszportowy, wojskowy. Ten ostatni w 1874 r. przekształcono w samodzielny powiatowy urząd wojskowy. Naczelnik powiatu miał dużą samodzielność w swych decyzjach, jednak część spraw załatwiano na kolegialnie. W skład Zarządu powiatowego wchodzili: naczelnik, dwaj pomocnicy, lekarz, inżynier powiatowy. Dwaj ostatni mieli prawo głosu jedynie w sprawach leżących w ich kompetencjach. W posiedzeniach zarządu powiatowego mogli uczestniczyć także inni specjaliści mający umocowanie formalne (weterynarz powiatowy, radcy ubezpieczeniowi, członkowie komitetów drogowych itp.). Zarząd Powiatowy Sejneński został w czasie I wojny ewakuowany i funkcjonował w głębi Rosji do 1918 r.