Spisy osób straconych przez powstańców za współdziałanie z rządem carskim oraz rodzin, którym wyznaczono z powyższego tytułu coroczne zasiłki, XII.1864- IX.1865, sygn. 1; Spisy imienne osób, korespondencja i zarządzenia w sprawie poboru do wojska, spisy poborowych, spisy osób zesłanych do Rosji oraz znajdujących się pod nadzorem policyjnym, akta dotyczące emigrantów politycznych po 1861 i 1863r., 1864-1866, sygn. 2-5; Treściwe wskazanie obowiązków wojennych cząstkowych naczelników w czynnościach dotyczących spisu wojskowego i poboru rekrutów w Królestwie Polskim, 12/24.VI.1865, sygn. 6; Akta dotyczące m.in. propagandy rewolucyjnej prowadzonej przez emisariuszy, o werbowaniu młodzieży do oddziałów ochotniczych w Galicji, rozkazy (wykaz szkół podlegających Dyrekcji Szkolnej w Suwałkach), 1865-1866, sygn. 7-8; O składach z gruntu na rzecz urzędów gminnych- zarządzenia, korespondencja, VI-IX. 1866, sygn. 9.

Naczelnicy wojenni, jako główne organa zarządu wojenno-policyjnego powołani zostali w 1831r. Reaktywowano ich ponownie w 1861r. w momencie ogłoszenia stanu wojennego w Królestwie. Celem szybszego stłumienia powstania, kraj dzielono na coraz drobniejsze części osadzając w nich naczelników wojennych. Obok naczelników w powiatach, tworzono drugorzędne oddziały, które składały się z części jednego lub kilku powiatów. Jednostką niższą były rejony, na które podzielono powiaty, na czele rejonów stali rejonowi naczelnicy wojenni. Zwierzchnią władzą naczelników wojennych była w okresie powstania początkowo Kancelaria Specjalna do Spraw Stanu Wojennego przy Namiestniku, a po jej zniesieniu Zarząd Gen-Policmajstra. Do zadań naczelników należała likwidacja powstania poprzez znoszenie oddziałów powstańczych, niedopuszczanie do tworzenia się nowych, wykrywanie organizacji powstańczej, utrzymywanie kraju w posłuszeństwie wobec władzy rosyjskiej. Naczelnicy wojenni sprawowali swa władzę nie tylko poprzez wojsko, policję i żandarmerię, podlegały im także miejscowe władze cywilne, zobowiązane do składania okresowych raportów o sytuacji w terenie. Naczelnicy posiadali też duże kompetencje w zakresie wymiaru sprawiedliwości. Do prowadzenia śledztwa przy naczelnikach wojennych tworzone były komisje wojenno-śledcze, a do sądzenia komisje wojenno-sądowe(zwane sądem wojennym lub sądem polowym). Wyroki sądów polowych były zatwierdzane przez naczelników, włącznie z wyrokami śmierci. Z chwilą wygaśnięcia powstania stopniowo poczęto likwidować zarządy naczelników. Ostatecznie dokonano tego w 1866r.