Biblioteka Główna Wyższej Szkoły Rolniczej w Krakowie była miejscem, w którym od samego początku jej istnienia zbierano materiały archiwalne dot. historii nauk i studiów rolniczych na terenie ośrodka krakowskiego. Stanowiły je: świadectwa, dyplomy, życiorysy profesorów, ludzi związanych z rolnictwem i dziedzinami pokrewnymi, pamiątki po studentach, fotografie. Dodatkowo zbierano także materiały z bieżącego życia Wyższej Szkoły Rolniczej (pamiątki po pierwszych rektorach i okresach ich urzędowania, protokoły posiedzeń organów kolegialnych Uczelni, akta pracowników i studentów). Potrzeba utworzenia jednostki, której celem byłoby zbieranie, ewidencjonowanie i opieka nad zbiorami archiwalnymi zaistniała już w latach 60. Dwukrotnie podczas obrad Senatu (1960, 1962) debatowano nad powołaniem Archiwum, jednak braki lokalowe w rozwijającej się Uczelni spowodowały przesunięcie się terminu otwarcia jednostki.

Archiwum przy Bibliotece Głównej Wyższej Szkoły Rolniczej im. Hugona Kołłątaja w Krakowie zostało powołane zarządzeniem rektora prof. Tadeusza Reubenbauera z dn. 23 VII 1970 r. w oparciu o uchwałę Senatu z dn. 16 IV 1970 r. Inauguracja jego działalności nastąpiła w dniu 1 IX 1970 r. Dużą rolę w jego powstaniu odegrał ówczesny dyrektor Biblioteki Głównej dr Zdzisław Kosiek, dzięki któremu powstało także w 1973 roku Muzeum Akademii Rolniczej. Kilka następnych lat było okresem formowania się jednostki, która ostatecznie w dniu 8 V 1973 r. weszła w skład Sekcji Dokumentacji w Oddziale Informacji Biblioteki Głównej AR. Obecnie Archiwum jest częścią Biblioteki Głównej Uniwersytetu Rolniczego, a jego kierownikiem jest dyrektor w/w biblioteki dr Bożena Pietrzyk.

Działalność Archiwum była i jest ukierunkowana na gromadzenie i przechowywanie materiałów archiwalnych o charakterze historycznym oraz dokumentacji bieżącego życia Uczelni. Dotyczą one działalności Studium Rolniczego oraz Wydziału Rolniczego UJ, Wyższej Szkoły Rolniczej, Akademii Rolniczej i Uniwersytetu Rolniczego im H. Kołłątaja w Krakowie. W Archiwum znajduje się także liczna grupa archiwaliów związana z innymi ośrodkami rolniczymi oraz towarzystwami, organizacjami i postaciami, z których wywodziły się późniejsze środowiska Wyższej Szkoły Rolniczej i jej spadkobierców.