I. Sprawy ogólno-administracyjne 1. Organizacja szkoły, sygn. 1-12 2. Zarządzenia wewnętrzne dyrektora, sygn. 13-17 3. Statystyka, sygn. 18-20 4. Rewizje i sprawozdania, sygn. 21-24 5. Korespondencja z władzami, instytucjami i osobami prywatnymi, sygn. 25-43 6. Sprawy wojskowe, sygn. 44-53 7. Sprawy religijne, sygn. 54-58 8. Druk programów, sygn. 59-64 9. Spisy archiwalne, sygn. 65-66 II. Sprawy finansowe 1. Fundusz szkolny, sygn. 67-74 2. Majątek szkolny a) zabudowania i ogród botaniczny, sygn. 75-105 b) biblioteki i pomoce szkolne, sygn. 106-118 3. Stypendia i legaty, sygn. 119-133 4. Gimnazjalna Kasa Chorych, sygn. 134-135 III. Personel szkoły, sygn. 136-276 IV. Sprawy dydaktyczno-wychowawcze 1. Konferencje dyrektorów i nauczycieli, sygn. 277-287 2. Protokoły Rady Pedagogicznej, sygn. 288-296 3. Programy nauczania, sygn. 297-331 4. Regulaminy uczniowskie i nadzór nad wychowankami, sygn. 332-376 5. Ewidencja uczniów a) spisy uczniów, sygn. 377-445 b) frekwencja uczniów, sygn. 446-453 6. Katalogi klasyfikacyjne i świdectwa szkolne, sygn. 454-627 7. Egzaminy maturalne a) sprawy ogólne, sygn. 628-643 b) protokoły egzaminacyjne, prace pisemne i świdectwa dojrzałości, sygn. 644-804 8. Egzaminy promocyjne do wyższej sekundy, sygn. 805-813 9. Organizacje uczniowskie i orkiestra szkolna, sygn. 814-830 10. Uroczystości państwowe, jubileuszowe i szkolne, sygn. 831-851 V. Sprawy szkół chełmińskich, sygn. 852-858 VI. Egzaminy kandydatek na nauczycielki przy Instytucie Sióstr Miłosierdzia w Chełmnie, sygn. 859-862.

Po upadku Akademii, Chełmno pozbawione było szkoły średniej, kształcącej młodzież na odpowiednio wysokim poziomie. Od 1821 r. istniało jedynie progimnazjum, przekształcone następnie (w 1827 r. ) w Wyższą Szkołę Miejską i Obywatelską (Höhere Stadt- und Bürgerschule). Nie odpowiadało to tradycjom i ambicjom Chełmna. Podjęło ono staranie o utworzenie gimnazjum, zyskując poparcie biskupa chełmińskiego I.Math' ego zainteresowanego powstaniem katolickiej szkoły średniej przygotowującej kandydatów do stanu duchownego. Zezwolenie na utworzenie gimnazjum nadeszło w lutym 1832 r., ale jego lokalizacja w Chełmnie nie była sprawą pewną. Dla przyspieszenia decyzji, do miasta przybył administrator biskupstwa chełmińskiego, który zajął się głównie sprawą lokalu dla szkoły. Po uzgodnieniu z Magistratem postanowiono przeznaczyć dla gimnazjum budynek Wyższej Szkoły Miejskiej i Obywatelskiej. W tym samym roku Ministerstwo d/s Wyznań i Oświaty przyznało na cele gimnazjum 4000-5000 talarów z funduszu po skasowanych klasztorach. Mieszkańcy Chełmna złożyli na ten cel sumę 1045 talarów. Ostatecznie w kwietniu 1837 r. powołano dyrektora gimnazjum i ustalono skład grona nauczycielskiego. Termin otwarcia przesunięto jednak na sierpień ponieważ dyrektor Karol Richter (poprzednio nauczyciel gimnazjalny w Paderborn) nie mógł wcześniej przybyć do Chełmna. Uroczyste otwarcie szkoły nastąpiło 3 VIII 1837 r. w obecności biskupa Sedlaga a nauke rozpoczęto 7 października. Zadaniem gimnazjum było przede wszystkim przygotowanie młodzieży do studiów uniwersyteckich. Podlegało ono bezpośrednio Prowincjonalnemu Kolegium Szkolnemu (Prowinzial Schul-Kolegium) w Królewcu a od 1878 r. w Gdańsku. Na czele szkoły stał dyrektor, którego prawa i obowiązki regulowały szczegółowe instrukcje. Nauczyciele musieli posiadać przygotowanie uniwersyteckie oraz zdany egzamin z przygotowania merytorycznego i pedagogicznego przed specjalną komisją powołaną przy uniwersytetach. Poza tym kandydaci na nauczycieli musieli zaliczyć tzw. rok próbny. Nauczyciele gimnazjalni awansowali drogą przejścia kilku stopni, z reguły po odejściu kogoś z grona nauczycielskiego lub w przypadku przeniesienia służbowego. Przyjęty w 1837 r. tzw."plan normalny" dotyczący organizacji nauki ustanowił 6 klas: trzy niższe (seksta, kwinta, kwarta) - jednoroczne i trzy wyższe (tercja, sekunda, pryma) - dwuletnie. Pełne 6 klas z podziałem trzech wyższych na dwa oddziały zorganizowano jednak w gimnazjum chełmińskim dopiro w roku szkolnym 1844/45. Rok szkolny podzielony był na dwa okresy: letni - rozpoczynający się po Wielkanocy lub 1 IV oraz zimowy - od 1 IX. Nauka w gimnazjum była płatna, ale pewni ucznowie mogli korzystać z ulg lub zwolnienia z opłaty. Zdolniejsi wychowankowie otrzymywali stypendia ufundowane przez kurię biskupią, osoby prywatne ( np. sufragana Kutowskiego, ziemianina Radzieckiego) oraz Towarzystwa Pomocy Naukowej. Wzrost liczby uczniów, który w roku szkolnym 1864/65 osiągnął 543 osoby spowodował podjęcie starań o rozbudowę gmachu. Budowę nowych pomieszczeń rozpoczęto w 1862 r. a uroczyste przekaznie budynku nastąpiło 9 VII 1866 r. Dwa lata później szkoła otrzymała jako kościół gimnazjalny dawny kościół franciszkański. Odrębnym zagadnieniem w dziejach gimnazjum chełmińskiego była nauka języka polskiego. Wprowadzono go do programu już w roku szkolnym 1840/41, początkowo jednak jedynie w klasach wyższych. Na skutek starań ludności polskiej oraz dydaktycznych interesów szkoły bazującej na uczniach polskich, w 1849 roku Ministerstwo d/s. Wyznań i Oświaty wyraziło zgodę na naukę języka polskiego we wszystkich klasach w wymiarze 2 godzin tygodniowo. Radykalna zmina nastąpiła w latach 70-tych i 80-tych, kiedy wprowdzono stopniowe ograniczanie nauki j. polskiego . Całkowite wyłączenie tego przedmiotu z programu nastąpiło z końcem roku szkolnego 1900/1901. Przekazanie gimnazjum władzom polskim reprezentowanym przez Komisję d/s. Wyznaniowych i Szkolnych przy Urzędzie Wojewódzkim w Toruniu nastąpiło 21 stycznia 1920 r. Uroczystości szkolne związane z odzyskaniem przez szkołę polskiego charakteru odbyły się 20 kwietnia tego roku.Początkowo gimnazjum borykało się z dużymi trudnościami spowodowanymi nowym doborem grona nauczycielskiego, brakiem polskich podręczników i nienajlepszą znajomością języka polskiego wśród wychowanków. W roku szkolnym 1920/21 wprowadzono pewne zmiany w systemie nauki mające na celu unifikację ze szkołami na terenie całej Polski. Odtąd rok szkolny rozpoczynał się 1 września a kończył 30 czerwca. Zmieniono również nazwy klas, w miejsce seksty powołano klasę I, kwinty - II, itd. aż do VIII. Zlikwidowano całkowicie klasę odpowiadającą wyższej prymie. W 1932 r. (10 IV) odbyła się uroczystość nadania szkole imienia króla Kazimierza Jagiellończyka. W okresie międzywojennym gimnazjum podlegało Kuratorium Okręgu Szkolnego Pomorskiego a następnie Okręgu Szkolnego Poznańskiego. Szkoła istniała do 1939 r., obecnie w jej gmachu mieści się Liceum Ogólnokształcące nawiązujące do tradycji dawnego gimnazjum chełmińskiego.