I. Szkoła Nowomiejska /Neustädtische Schule/, 1689, sygn. 1: lista nauczycieli, wiadomości dotyczące wewnętrznego życia szkoły. II. Szkoła Elementarna dla Dziewcząt /Elementar Mädchen Schule/, 1859-1871, sygn. 2-14: księgi ocen i dzienniki klasowe. III. Szkoła Elementarna dla Chłopców /Elementar Knaben Schule/, 1879-1880, sygn. 15: sprawy rachunkowe szkoły. IV. Szkoła Miejska dla Dziewcząt /Mädchen Mittel Bürger Schule/, 1840-1922, sygn. 16-54: sprawozdania roczne, sprawy nauczania, katalog biblioteki szkolnej, księgi ocen i dzienniki klasowe. V. Szkoła Średnia dla Chłopców /Knaben Mittelschule/, 1880-1924, sygn. 55-89: sprawozdania roczne, wykazy uczniów, dzienniki klasowe. VI. Szkoła Średnia w Toruniu /Mittelschule zu Thorn/, 1940-1941, sygn. 90-92: dzienniki lekcyjne.

Najstarszy dokument dotyczący Szkoły Nowomiejskiej pochodzi z połowy XIV w. W tym okresie szkoła znajdowała się pod zwierzchnictwem zakonu cysterek. W połowie XV stulecia szkołę poddano zwierzchnictwu rady miejskiej, szkoła nadal jednak posiadała charakter parafialny. Kolejne zmiany nastąpiły w XVI w. i wiążą się z powstaniem w 1568 r. gimnazjum toruńskiego. Wówczas Szkołę Nowomiejską włączono do sieci szkolnej miasta, parafialny jej charakter został ograniczony przez zwierzchnictwo rektora gimnazjum i scholarchatu, bedącego władzą administracyjną i dyscyplinarną. W 1677 r. szkoła otrzymała własną ordynację, normującą jej wewnętrzne życie. Ustawa określała m.in. obowiązki nauczycieli i regulowała sprawy pieniężne. XVIII wiek stanowi okres powolnego upadku szkoły. Jako szkoła przygotowawcza do gimnazjum, nie wdrażała ona uczniów do życia praktycznego. Ponieważ frekwencja uczniów szybko spadała, rada miejska wprowadziła bezpłatne nauczanie dla dzieci ubogich. Jako szkoła tradycyjna, typowo humanistyczna, Szkoła Nowomiejska nie potrafiła dostosować się do nowych wymagań i prądów Oświecenia. W końcu XVIII w. następuje jej upadek, w tym okresie była ona szkołą elementarną i stała na bardzo niskim poziomie. Została ona ostatecznie zamknięta w 1807 r. Taki stan rzeczy trwał przez cały okres Księstwa Warszawskiego. Dopiero w 1817 r. otwarto ją ponownie jako Miejską Szkołę Powszechną / Bürger Schule /. Była to szkoła elementarna z nadbudową kilku klas. Szkoła była 9 - klasowa, trzystopniowa - stopień niższy obejmował klasy 1 - 3, średni 4 - 6 i wyższy 7 - 9. Szkoła ta była płatna, uczęszczały do niej dzieci w wieku 10 - 14 lat, były to głównie córki właścicieli domów i rzemieślników. Program szkoły uwzględniał 15 przedmiotów nauczania /był poszerzony m.in. o fizykę i języki obce/. Celem szkoły było zawodowe przygotowanie młodzieży mieszczańskiej do życia praktycznego /w przeciwieństwie do gimnazjum/. Największy rozwój szkoły przypada na połowę XIX stulecia, wówczas w szkole było 307 uczniów /rok 1856/. Odtąd szkoła przechodzi stopniowo w zależność od centralnych władz szkolnych. Dalszy rozwój szkoły coraz bardziej traci charakter samodzielnego rozwoju a staje się wyrazem przeobrażeń, jakim podlega szkolnictwo pruskie. Reforma nie dopuszczała nauczycieli bez odpowiedniego wykształcenia, program obejmował w omawianym okresie liczne przedmioty nauczania /także język polski/. Rozporządzenie ministra z 1873 r. przekształciło Bürger Schule na Mittelschule /Szkołę Średnią/, która przetrwała do I wojny światowej. W związku z reorganizacją miejscowego szkolnictwa w okresie pruskim, w Toruniu w 1820 r. powstały dwie szkoły elementarne o najniższym stopniu nauczania dla dziewcząt i chłopców /Elementar Mädchen Schule i Elementar Knaben Schule/. Uczęszczanie do nich objęte było obowiązkiem szkolnym dla dzieci w wieku od 6 do 14 lat, za nie usprawiedliwioną nieobecność dziecka w szkole rodzice musieli płacić kary pieniężne. Szkoły elemenarne były bezpłatne, chodziły do nich dzieci warstw uboższych. Z zachowanych akt wynika, że ilość przedmiotów nauczania była dość duża, dzieci uczyły się m.in.. geografii, historii, ortografii niemieckiej i polskiej, rachunków, religii, robót ręcznych, rysunków i śpiewu. Niewielki procent zachowania akt Szkoły Średniej dla Chłopców /Knaben Mittelschule/ oraz jednorodny charakter archiwaliów /głównie dzienniki lekcyjne/ uniemożliwia dokładne omówienie jej organizacji i działalności. W zespole Akt miasta Torunia szkoła występuje od roku 1874, zachowane najstarsze materiały dotyczące tej szkoły /drukowane/ podają jedynie dane dotyczące programu nauczania, ukazują grono pedagogiczne szkoły oraz tabelaryczne zestawienia statystyczne ilości uczniów w poszczególnych klasach.