Zachowane akta zawierają materiały dotyczące dziejów Towarzystwa od początku jego istnienia, czyli od roku 1875. Szczegółowe informacje pojawiające się w zarządzeniach, regulaminach, uchwałach pozwalają odtworzyć jego strukturę. Licznie występują protokoły z posiedzeń Wydziałów TNT, dzięki którym dowiadujemy się kim byli jego członkowie oraz jakie podejmowali inicjatywy. Wkład wybitnych Torunian, profesorów, naukowców, społeczników w działalność Towarzystwa ukazują także listy członkowskie pochodzące jeszcze z XIX w. Cennymi materiałami dotyczącymi członków TNT są fotografie ze zjazdów i walnych zgromadzeń z lat 1972-1988. Dużą część akt zarządu TNT stanowi korespondencja w sprawach naukowych, redakcyjnych i projektów badawczych, co wskazuje na liczne i żywe kontakty, jakie Towarzystwo miało z innymi instytucjami, także zagranicznymi, naukowcami i wydawcami. Działalność wydawnicza to istotna część statutowej pracy wykonywanej przez Towarzystwo, co potwierdza bardzo duża ilość prowadzonych w aktach spraw. Serię spraw wydawniczych tworzą przede wszystkie teki wydawnicze zawierające makiety publikacji, recenzje, umowy wydawnicze, korekty autorskie i korespondencję. W wielu przypadkach przy tekach wydawniczych zachowano materiały o charakterze warsztatowym lub załącznikowym, wśród których można wymienić takie rodzaje dokumentacji, jak zdjęcia, plany, mapy, rysunki i dokumentacja techniczna. Mnogość form i rodzajów tych dokumentów wynika z szerokiego zakresu wydawanych przez Towarzystwo monografii, serii wydawniczych i czasopism. Za interesujące można z pewnością uznać materiały, które powstały w trakcie przygotowań do obchodów 500. rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika. Są to programy zebrań naukowych, plakaty wystaw i korespondencja, także z podmiotami zagranicznymi. Zakrojone na szeroką skalę działania popularyzatorskie dokumentują programy wydarzeń, projekty publikacji popularno-naukowych i liczne wycinki prasowe. W serii spraw popularyzatorskich znalazła się także ciekawa dokumentacja związana z inicjatywą organizacji w różnych miastach w Polsce (głównie byłe woj. bydgoskie) odczytów popularno-naukowych, które przygotowywano od końca lat 50. pod hasłem "Akcja popularyzacji wiedzy". Ponadto wartościowymi materiałami są te dotyczące Pracowni Mikrofilmowej i wykonywanych przez nią usług. Obrazują bowiem kolejną ważną dziedzinę statutowej działalności Towarzystwa. Zachowana korespondencja, zamówienia, rachunki wskazują na liczne kontakty z archiwami, bibliotekami i instytucjami naukowymi, z których pozyskiwano kopie dokumentów, lub dla których wykonywano mikrofilmy. Wielokrotnie materiał te były wykorzystywane w badaniach naukowych badaczy Towarzystwa. Równie istotnymi materiałami są te związane z działaniem biblioteki i sprawami archiwalnymi. Zachowały się katalogi kartkowe, liczne pisma w sprawach wymiany wydawnictw z instytucjami naukowymi z całej Polski i zagranicznymi, inwentarze zbiorów muzealnych i archiwalnych TNT. Szczególnie cenna jest dokumentacja dotyczą najstarszych zbiorów bibliotecznych i muzealnych Towarzystwa. Kolejną grupę tematyczną reprezentują akta dotyczące spraw gospodarczych, a w szczególności remontowych, technicznych, budowlanych. Kilku remontów kapitalnych wymagała siedziba TNT przy ul. Wysokiej. W teczkach oprócz akt znajdują rysunki techniczne, plany pomieszczeń i projekty ich modernizacji. Ponadto akta te zawierają zamówienia na meble lub urządzenia, kosztorysy, rozliczenia, zlecenia na prace remontowe lub naprawy, protokoły techniczne. Zebrany materiał wzbogacają fotografie budynku wykonywane podczas prac. Na końcu zespołu znajduje się również zbiór tłoków pieczętnych Towarzystwa, jego niektórych komórek organizacyjnych i biblioteki Konrada Górskiego.

Towarzystwo Naukowe w Toruniu będące najstarszą polską instytucją tego rodzaju powstałą pod zaborem pruskim, na Pomorzu, zostało założone w 1875 roku. Powstanie Towarzystwa wiązało się z rozwojem polskiego ruchu narodowego na Pomorzu Gdańskim pod koniec XIX w. Jego utworzenie zainicjowało kilku działaczy wywodzących się z różnych środowisk narodowych, ziemiaństwa i inteligencji, jak choćby Zygmunt Działowski, Antoni Donimirski, czy Adam Sierakowski. Założenia i cele powołania nowej instytucji polskiej przedstawiono w kilku artykułach publikowanych m.in. w „Gazecie Toruńskiej” wskazując na konieczność gromadzenia wszelkich zbiorów odnoszących się do historii Pomorza Gdańskiego, opracowywania tych zbiorów, rozwijania nauki, wzbudzania zainteresowania literaturą i sztuką. Postulowano także utworzenie muzeum archeologiczno-historycznego. Początkowo siedziba towarzystwa mieściła się w Hotelu pod Trzema Koronami przy Rynku Staromiejskim, gdzie 16 grudnia 1875 r. odbyło się zebranie założycielskie TNT. Na zebraniu omówiono projekty Statutu Towarzystwa określonego jako "Ustawy Towarzystwa" oraz wybrano władze z pierwszym prezesem TNT Ignacym Łyskowskim. Zgodnie z regulacjami, na czele Towarzystwa miał stać wybierany na walnym zgromadzeniu zarząd składający się z prezesa, skarbnika i sekretarza. Do ich zadań należało zwoływanie zgromadzeń walnych i zwyczajnych, organizowanie wydziałów oraz koordynowanie działań wydawniczych i naukowych. W związku z gromadzeniem zbiorów bibliotecznych powołano z czasem także bibliotekarza. Do Towarzystwa Naukowego w Toruniu zapisywali się przedstawiciele inteligencji i ziemiaństwa, jak np. Michał Sczaniecki z Nawry. Dominującą grupą wśród zapisujących się członków Towarzystwa stanowili ziemianie, duchowni, lekarze oraz pracownicy administracji. Od początku istnienia TNT, zaczęły krystalizować się poszczególne jego struktury, jak Wydział Archeologiczno-Historyczny, na czele którego stał na początku Zygmunt Działowski, później zaś Adam Sierakowski. Wydział ten był zarazem najbardziej aktywną komórka organizacyjna TNT, co uwidoczniało się choćby w licznych publikach. Poza nim, na walnym zebraniu 21 lutego 1876 r. powołano także Wydziały Teologiczny (skupiający księży w Pelplina) i Lekarsko-Przyrodniczy (z Ludwikiem Rydygierem jako prezesem na czele). Już w 1880 r. wydział lekarsko-przyrodniczy z powodu małej aktywności przestał się zbierać. Zgodnie z założeniami statutowymi, podstawą finansową TNT były składki jego członków. Poprawę kondycji finansowej Towarzystwa w związku ze spadkiem liczby członków po 1881 r. dały dywidendy Spółki Akcyjnej „Muzeum”, której celem była budowa nowego gmachu TNT, pod który już 18 maja 1881 r. położono kamień węgielny. Siedzibę Towarzystwa przeniesiono do nowego gmachu przy ulicy Wysokiej 16 w 1882 r. Otwarcie nowej siedziby nie przyczyniło się do rozwinięcia działalności Towarzystwa. Po 1883 r. widoczny jest spadek aktywności, regres dotyka Wydział Historyczno – Archeologiczny. Kończy w tym okresie swoją działalność Wydział Teologiczny. Regres dotyka także Wydziału Historyczno-Archeologicznego, a w 1884 r. wychodzi ostatni tom Roczników TNT przed wieloletnią przerwą. Dopiero w latach 1897-1918 doszło do pewnej mobilizacji członków Towarzystwa, w czym zasługi miał przede wszystkim prezes ks. Stanisław Kujot. Zarysowano wówczas nową koncepcję działalności TNT, w której nacisk położono na popularyzację nauki poprzez działania wydawnicze, przede wszystkim wydawanie periodyków i serii wydawniczych („Roczniki TNT”, „Fontes” i od 1908 r. Zapiski TNT”). W latach 1906 – 1912 ukazują się liczne publikacje dot. historii Pomorza Gdańskiego. W 1906 r. przyjęto także projekt zmian w statucie TNT i zdecydowano się wpisać Towarzystwo do sądowego rejestru stowarzyszeń. W 1919 r. pod wpływem kruszejących struktur władzy pruskiej i wydarzeń w Polsce, opublikowano nowe regulaminy funkcjonowania Towarzystwa Naukowego w Toruniu, które porządkowały sprawy statutowe i przygotowywały TNT na nowe kierunki rozwoju. Rok 1920, to tak dla Torunia, jak i dla Towarzystwa Naukowego początek nowego etapu funkcjonowania. Dokonano głębokiej reorganizacji struktur i zarządu. Działania te wymusiła rosnąca rola Torunia wśród największych ośrodków naukowych na terenie Pomorza w dwudziestoleciu międzywojennym oraz aktywizacja działalności naukowej i wydawniczej. Zmian dokonano w składzie zarządu powołując także wiceprezesa i redaktora wydawnictw. Ustanowiono także zastępcę sekretarza. Wkrótce poruszono także sprawę uregulowania działalności biblioteki, którą planowano połączyć z biblioteką miejską i księgozbiorami gimnazjum toruńskiego. Zaczęto także nawiązywać nowe kontakty naukowe krajowe i zagraniczne. W 1923 r. powołano nowy Wydział Matematyczno-Przyrodniczy. Ważną datą w tym okresie funkcjonowania Towarzystwa był rok 1925, który wyznaczał jubileusz pięćdziesięciolecia istnienia TNT. Jubileusz stał się okazją do reaktywowania wygaszonych komórek organizacyjnych Towarzystwa, jak Wydziału Historyczno-Archeologicznego, dla którego wybrano nowy zarząd z ks. Alfonsem Mańkowskim na czele. Niebawem wznowiono także prace Wydziału Teologicznego. Jubileusz 50-lecia TNT uwieńczono także publikacjami, szczególnie Dziejami Prus Królewskich wydanymi przez ks. Kujota. Momentem przełomowym w działalności Towarzystwa było przygotowanie nowego statutu, który zatwierdzono na walnym zebraniu w 1933 r. Równocześnie TNT zgłoszono do rejestru stowarzyszeń i związków Urzędu Wojewódzkiego Pomorskiego. W myśl nowego statutu w 1934 r. utworzona została komisja redakcyjna, mająca za zadanie usprawnienie szeroko prowadzonych wówczas działań wydawniczych. Dynamiczny rozwój życia naukowo-kulturalnego, w które żywo włączyło się TNT przerwał wybuch II wojny światowej w 1939 r. Okres okupacji i działania okupantów niemieckich spowodowały niepowetowane straty wśród wybitnych członków Towarzystwa. Przerwane zostały także wieloletnie badania naukowe, a wiele wydawnictw będących jeszcze w druku przepadło. Utracono także cześć archiwum Towarzystwa. Towarzystwo po latach okupacji zostało odtworzone 12 czerwca 1945 r. w wyniku uroczystego, pierwszego po wojnie walnego zebrania. Charakterystycznym zjawiskiem w pierwszych latach powojennych dla TNT było przyjmowanie licznego grona profesorów i pracowników byłego Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, którzy przybywając do Torunia organizowali nowy uniwersytet. Pojawili się wówczas w strukturach Towarzystwa tacy badacze, jak Władysław Dziewulski, Jan Prüffer, Wojciech Hejnosz, czy Władysław Namysłowski, którzy reaktywowali Wydział Matematyczno-Przyrodniczy. Wkrótce dołączyli historycy ze Lwowa i Wilna: Kazimierz Hartleb, Leonid Żytkowicz, czy Adam Dygdała. W strukturach Towarzystwa, szczególnie w Komisji Archiwalnej i na stanowisku sekretarza odznaczyła się Helena Piskorska. W okresie powojennych rozbudowano znacznie strukturę organizacyjną TNT powołując m.in. nowy wydział Prawny, który jednak w 1947 roku przestał funkcjonował i został włączony do Wydziału I Nauk Historycznych, Prawnych i Społecznych. W 1948 r. powołano także Wydział II Filologiczno-filozoficzny. Wydział III Matematyczno-Przyrodniczy rozpoczął z kolei pracę w grudniu 1947 r. Od 1948 r. wprowadzano regulaminy poszczególnych wydziałów, stopniowo tworzono także wyspecjalizowane komisje w ich obrębie odpowiadające charakterowi ich działalności. W celu utrzymania sprawnej organizacji pracy utworzono również stałe biuro TNT (z Józefem Mossakowskim jako kierownikiem), które odpowiadało za biurokratyczną stronę działalności Towarzystwa. Charakteryzując przebieg zmian organizacyjnych TNT w omawianym okresie, należy stwierdzić, że przyjęto akademicki model funkcjonowania. Towarzystwo rozwinęło także na dużą skalę współpracę naukową z zagranicznymi instytucjami, głównie w Wydziale III za sprawą prof. Wilhelminy Iwanowskiej. W okresie powojennym, szczególnie w latach 40., Towarzystwo napotykało na trudności związane z zaopatrzeniem w papier, co ograniczało możliwości wydawnicze. Liczne ograniczenia związane były także z koniecznością uzyskiwania zezwoleń na druk. Rok 1956 i moment odwilży w Polsce Ludowej otworzył szereg nowych możliwości dla Towarzystwa, choć właściwą granicą chronologiczną kończącą poprzedni trudny okres historii TNT to rok 1957 i Zebranie Walne z 19 lutego, na którym wybrano nowy zarząd z prezesem Konradem Górskim, na czele. Nowe władze, jak i sprzyjająca atmosfera zmian w kraju spowodowały rozwój nowych dziedzin badań naukowych w Towarzystwie oraz otwarcie na nowe możliwości w zakresie popularyzacji nauki i działalności wydawniczej. W okresie tym pojawia się szereg nowych serii wydawniczych jak Prace Popularno-Naukowe TNT, Prace Wydziału Filologiczno-Filozoficznego, czy Studia Societatis Scientirarum Torunensis, wydawane przez Wydział III. W 1964 r. powołany został Wydział IV Prawniczy, który wydaje serię „Studia Iuridica”. W ramach działalności popularyzatorskiej TNT organizuje szereg wykładów, prelekcji popularnonaukowych jak zainicjowane w 1967 r. „Studia wiedzy o regionie”. Dynamicznie rozwinięto możliwości pracowni mikrofilmowej, która staje się wyjątkowo przydatnym narzędziem w działalności naukowej i wydawniczej. Dzięki rozwiniętej współpracy naukowej, Towarzystwu udaje się zmikrofilmować liczne zbiory archiwalne pozostające poza granicami kraju, które następnie służyły wielu polskim historykom. Ważnym wydarzeniem w historii TNT był rok kopernikański 1973 związany z 500-rocznicą urodzin Mikołaja Kopernika. Wówczas to Towarzystwo włączyło się w liczne akcje popularyzatorskie, badania, działania wystawiennicze i wydawnicze, co zaowocowało także wydaniem kilku publikacji. Pewne ograniczenia w funkcjonowaniu TNT nastąpiły w wyniku ogłoszenia stanu wojennego w Polsce w grudniu 1981 r. Zachowane z tego okresu rozporządzenia i dokumentacja ukazują problemy związane z organizowaniem zebrań naukowych, a także dystrybucją wydawnictw. W drugiej połowie lat 80 nastąpiła pewna normalizacja w realizacji planów wydawniczych, choć często napotykająca na trudności z powodu kryzysu gospodarczego. Po 1989 r. Towarzystwo Naukowe w Toruniu kontynuowało swoje statutowe cele już w nowej rzeczywistości realizując szereg projektów naukowych, kontynuując serie wydawnicze m.in. „Fontes”. Dużą rolę w działalności naukowo-badawczej zaczęły odgrywać granty naukowe finansowane i koordynowane przez powołany w 1991 r. Komitet Badań Naukowych. Równocześnie lata 90. XX wieku przyniosły w funkcjonowaniu biura TNT zmiany w postaci wprowadzania technologii komputerowych w pracy biurowej, co znalazło odzwierciedlenie w zachowanej dokumentacji.