I. Administracja więzienia (1939–1945): przepisy i zarządzenia, wykazy urzędników, wykazy posiadaczy broni i odzieży ochronnej, wnioski o przyjęcie do pracy we więzieniu toruńskim, sprawy finansowo–rachunkowe, sygn. 1-17. Ia. Akta personalne pracowników więzienia (1939-1945): w układzie alfabetycznym, sygn. 18-45. II. Ewidencja i wyżywienie więźniów (1940-1945): księgi - przyjęć więźniów, listy imienne więźniów, rejestry depozytów więźniów, księgi żywnościowe, receptury i spisy posiłków, sygn. 46-63. III. Zatrudnienie więźniów (1940-1945): taryfy zarobków, wykazy zarobków, sygn. 64-81. IV. Akta osobowe więźniów (1939-1945): w układzie alfabetycznym wg. nazwisk; akta dotyczące następujących przestępstw: oszustwo, opór władzy, podpalanie, wrogie wystąpienie wobec Niemców, potajemne słuchanie radia, nielegalne przekraczanie granicy, wykroczenia przeciw wojennym zarządzeniom gospodarczym, sabotaż, samowolne okaleczenie się, kontakty z jeńcami wojennymi, gwałt, fałszowanie dokumentów, dezercja, przestępstwa drogowe, sygn. 82-211.

W okresie okupacji hitlerowskiej w zasięgu działania Oberlan desgerichtsbezirk Danzig /Nadkrajowy Sąd w Gdańsku/ istniał m.in. Haftanstalt Thorn - Areszt-więzienie w Toruniu. W okresie okupacji więzienie toruńskie należało do niewielkich tego typu zakładów. Polacy-mężczyźni, którzy otrzymywali karę do 6 miesięcy obozu karnego na mocy wyroku Sądu Obwodowego /Amtsgericht Thorn/ osadzani byli w więzieniu w Toruniu, a ci których wyroki opiewały już na obóz karny powyżej 6 miesięcy do 3 lat, przekazywani byli do więzienia Brodnicy. Kobiety-Polki z wyrokami Sądu Obwodowego w Toruniu /Amtsgericht Thorn/ do 4 miesięcy obozu karnego kierowane były do więzienia toruńskiego, a od 4 miesięcy do 3 lat już do Domu Karnego w Fordonie. W więzieniu toruńskim siedzieli również młodociani /mężczyźni/ o wyrokach poniżej 3 miesięcy więzienia, wydanymi przez sądy z zasięgu działania Landesgericht Thorn /Sądu Okręgowego w Toruniu/. W więzieniu toruńskim więźniów klasyfikowano wg trzech grup: 1. Więźniowie odbywający karę w więzieniu /Gefangnis Gefangene/; 2. Więźniowie przejściowi / Durchgang-Gefangene/; 3. Więźniowie policji /Polizei-Gefangene/. Przy czym w każdej grupie byli mężczyźni i kobiety. Jak wynika z zachowanych akt w czasie 1 I 43 - 31 XII 1943 - przebywało w więzieniu toruńskim 886 więźniów a od 4 I 1944 - 29 VI 1944 - 383 więźniów. Każdy więzień musiał pracować. W obrębie każdego zakładu karnego działała specjalna komórka -Administracja dla spraw zatrudnienia /Verwaltungszweig/ ściśle z nim związana. Więźniowie byli kierowani do następujących prac: a/ porządkowych w więzieniu; b/ w przedsiębiorstwach więziennych; c/ na zewnątrz więzienia w różnych zakładach przemysłowych i rolniczych stanowiących własność osób prywatnych lub państwową. Kierownictwo w zakresie dysponowania więźniów przy zatrudnieniu sprawował naczelnik więzienia. Bezpośrednio za ten wycinek pracy odpowiadał inspektor /Arbeitsinspektor/ mając do pomocy Werkbeamte i służbę nadzorczą /Aufsichtsbehörde/. W obrębie więzienia toruńskiego działały następujące przedsiębiorstwa: 1/ warsztat szewski; 2/ warsztat krawiecki; 3/ warsztat stolarski; 4/ ślusarnia; 5/ stajnia z 3 końmi. W warsztatach tych więźniowie wykonywali usługi dla administracji więzienia oraz dla Heeresbekleidungsamt Thorn /Wojskowego Zakładu Odzieżowego w Toruniu. Na czele każdego zakładu karnego stał naczelnik, którego najwyższą władzą przełożoną była generalna prokuratura działająca w obrębie Oberlandesgerichtsbezirk, w którym dane więzienie się znajdowało. Z akt więzienia wynika, ze naczelnikiem tego więzienia był nadinspektor Eberhard Kunz w latach 1942-45. Bezpośrednią władzą nadzorczą więzienia toruńskiego była Generalna Prokuratura przy Oberlandesgericht Gdańsk. Naczelnik więzienia reprezentował kierowany zakład na zewnątrz. Był kuratorem kasy więziennej. Codziennie musiał wiedzieć gdzie i jak są zatrudniani więźniowie. Wszelkie ważniejsze wydarzenia jakie miały miejsce w więzieniu jak np. ucieczki, zachorowania, nieszczęśliwe wypadki, wypadki śmierci, pobicie urzędnika i inne, musiały być mu meldowane. Naczelnikowi więzienia podporządkowane były siły kancelaryjne oraz tzw. pracownicy nadzoru, tj. dozorcy więzienni.