Akta do 1918 r.: sprawy wynagrodzeń i zaopatrzenia nauczycieli w dodatki mieszkaniowe, stypendia uczniowskie i zapomogi, wydalanie uczniów ze szkół (sygn. 1–6), akta osobowe nauczycieli z lat 1876–1918 (sygn. 7–23), akta osobowe uczniów z lat 1902–1918 (sygn. 24–385), plany i kosztorysy związane z adaptacją klasztoru benedyktyńskiego na potrzeby szkoły, protokoły posiedzeń Rady Pedagogicznej z lat 1914–1916, dziennik posiedzeń Komitetu Gospodarczego Szkoły. Akta z okresu II Rzeczypospolitej: protokoły egzaminów dojrzałości i świadectwa dojrzałości (1922–1939), arkusze ocen (1915–1946).

Od 1559 r. szlachta mazowiecka rozpoczęła starania o stworzenie w Pułtusku szkoły wyższej. Projekt ten nie został zrealizowany, w wyniku czego biskup płocki Andrzej Noskowski osadził w Pułtusku jezuitów, powierzając im zorganizowanie szkoły mazowieckiej. Do rozwiązania zakonu jezuitów w 1773 roku kolegium pułtuskie wykształciło około 26.000 uczniów. Likwidacja zakonu jezuitów spowodowała zmiany organizacyjne szkolnictwa. W miejscowym kolegium utworzono świecką szkołę podwydziałową. Rozbiory - drugi i trzeci, powstanie kościuszkowskie, pożar w 1797 roku, a także działania wojenne w latach 1806-1807 oraz 1812-1813 spowodowały, iż normalna praca dydaktyczna benedyktynów, sprawdzała się faktycznie do 15 lat okresu Królestwa Polskiego /1815-1831/. Po 1832 r. następuje kolejno szereg zmian organizacyjnych. Szkoła zmienia nazwę i staje się szkołą obwodową; powiatową; wreszcie rosyjskim rządowym progimnazjum i gimnazjum. Rusyfikacja była wprowadzona w mury szkoły pułtuskiej już w 1872 roku, kiedy to za rozmowę po polsku groziło wydalenie ze szkoły. Na początku XX wieku progimnazjum rządowe w Pułtusku stopniowo zaczęło przekształcać się w gimnazjum klasyczne. Wśród powszechnych w całym Królestwie żądań uczniowskich pierwsze miejsce zajmowało - domaganie się nauczania w języku polskim. Napięta atmosfera w gimnazjum nieraz dawała znać o sobie. 9 października 1906 roku w gmachu szkolnym wybuchła bomba. Po strajku szkolnym liczba uczniów czterokrotnie zmalała. Wybuch I wojny światowej spowodował przerwę w działalności szkoły. Po ustąpieniu wojsk carskich w 1915 r. jednym z pierwszych czynów społeczeństwa pułtuskiego było przemianowanie dotychczasowego rosyjskiego gimnazjum na siedmioklasowe filologiczne gimnazjum polskie, które przyjęło imię Piotra Skargi. W dniu 12 października 1918 r. ośmioklasowe gimnazjum w Pułtusku zastało upaństwowione.