I. Sprawy ogólno-administracyjne urzędu: organizacja i funkcjonowanie urzędu, l. 1939-1941, sygn. 1, listy płac, l. 1941-1944, sygn. od 2 do 6 II. Sprawy urzędu stanu cywilnego i ewidencji ludności (korespondencja, regulacje, dowody usc, meldunki), l. 1940-1945, sygn. od 7 do 12 III. Sprawy opieki społecznej i zdrowia: zarządzenia i korespondencja, obwieszczenia l. 1939-1943, sygn. od 13 do 14, wnioski personalne o przyznanie świadczeń, l. 1943-1944, sygn. od 15 do 18, pomoc rzeczowa, l. 1941-1944, sygn. od 19 do 25 IV. Sprawy wychowania i nauczania (wykazy dzieci narodowości niemieckiej, zaopatrzenie i kadra szkół), l. 1941-1944, sygn. od 26 do 27 V. Sprawy osadników (kwestie narodowości niemieckiej, wykazy volkdeutschów i niemieckich żołnierzy, legitymacja z fotografią), l. 1939-1944, sygn. od 28 do 33 VI. Sprawy dotyczące zatrudnienia, obwieszczenie, l. 1943-1944, sygn. 34 VII. Sprawy gospodarki rolnej (wykazy rolników, hodowców, statystyka rolna, obwieszczenia), l. 1939-1944, sygn. od 35 do 37 VIII. Sprawy działalności gospodarczej (wykazy placówek handlowych i rzemieślniczych, zarządzenia, regulacje), l. 1939-1944, sygn. od 38 do 40 IX. Sprawy dotyczące kościołów i cmentarzy (zarządzenia, wykazy majątków kościelnych, poległych), l. 1940-1944, sygn. od 41 do 43 X. Sprawy budownictwa (odbudowa zniszczeń, rozliczenia), l. 1942-1944, sygn. od 44 do 45 XI. Sprawy bezpieczeństwa gminy (obrona przeciwpożarowa i przeciwlotnicza, obwieszczenie), l. 1942-1945, sygn. od 46 do 47

Na mocy dekretu Hitlera z 8 i 10 X 1939 r. ziemie polskie zagarnięte we wrześniu przez Niemcy, zostały włączone do Rzeszy i znajdowały się pod zarządem wojskowym. Z dniem 26 X przeszły pod zarząd cywilny. Gmina Sójki wraz z całym powiatem kutnowskim znalazła się na terenie nowej jednostki administracyjnej - okręgu (Reichsgauau), na czele, której stał namiestnik (Reichsstadtthalter). Był to tzw. Kraj Warty (Reichsgau Wartheland z namiestnikiem Arturem Greiserem), podzielony na rejencje (Regierung). Powiat kutnowski znalazł się w rejencji inowrocławskiej. Zgodnie z rozporządzeniem wykonawczym z 2 XI 1939 r. do dekretu Hitlera, na terenach wcielonych obowiązywał niemiecki system administracyjny. Na mocy art. III rozporządzenia z 21 XII 1939 r. gminy tworzyły jednostki administracji państwowej, tzw. obwody urzędowe (Amtsbezirke), zarządzane przez komisarzy urzędowych (Amtskommissar), powoływanych przez namiestnika lub upoważnione przez niego władze. Obwody te mogły odpowiadać pojedynczej gminie (Gemeinde) lub mogły stanowić związek kilku gmin. Komisarze podporządkowani byli wyższym urzędom administacji państwowej, spełniając faktycznie funkcje kierowników administracji samorządowej. Stanowili również lokalną władzę policyjną podporządkowaną landratowi. W urzędach niemieckich obowiązywał system kancelaryjny bezdziennikowy oparty o wprowadzony wiosną 1940 r. wykaz akt z dziesiętnym systemem znakowania, obejmujący 8 grup rzeczowych spraw, zgodnie z organizacją urzędu. Struktura wewnętrzna urzędów niższych, w tym urzędów komisarzy gminnych, miała podobną konstrukcję, jednak w znacznie mniejszym wymiarze. Niemiecki urząd w Sójkach z siedzibą w Strzelcach rozpoczął funkcjonowanie prawdopodobnie pod koniec października 1939 r. (brak dokładnych danych). Urzędem kierował do 1942 r. Niemiec Pelzer, następnie do końca funkcjonowania urzędu, dr. Artur Rieger, ponadto urzędnikami pomocniczymi byli Adolf Funk i Reinhold Netzel. W latach 1943-1944 w urzędzie pracowało 7 pracowników niemieckich i 8 polskich. Komisarz wykonywał zadania wynikające z ogólnego planu zgermanizowania terenów wcielonych do Rzeszy (Generalplan Ost opracowany pod koniec 1941 r.) w swoim okręgu urzędowym. Do kompetencji komisarza należały sprawy dotyczące m. in.: ewidencji ludności i stanu cywilnego, sprawy budowlane, opieki społecznej i zdrowia, gospodarki, przemysłu i rolnictwa na terenie gminy oraz bezpieczeństwa gminy. W stosunku do ludności polskiej komisarz zobowiązany był do prowadzenia obserwacji, sporządzania meldunków, przeprowadzania akcji represyjnych i przygotowania akcji wysiedlania. Urząd Komisarza Gminy Sójki działał prawdopodobnie do pierwszych dni stycznia 1945 r.