Kroniki, opisy, opracowania historyczne dotyczące dziejów Elbląga od najdawniejszych czasów, Zakonu Krzyżackiego, Prus Królewskich, Polski, Włoch, Francji, Russica. Wypisy dotyczące dziejów Elbląga z archiwów w Berlinie-Dahlem, Dreznie, Gdańsku, Królewcu, Palermo (wojny krzyżowe). Katalog dokumentów archiwum. Inwentarze. Regesty. Katalogi rękopisów, obejmujące dokumenty od XII w.Przywileje książąt pomorskich, krzyżackie, królewskie. Konstytucje. Traktaty. Mandaty. Pisma publiczne. Prawo pruskie, lubeckie. Wilkierze. Prawo miejskie. Edykty, rozporządzenia władz. Diariusze podróży. Recesy Rady. Wykazy burmistrzów, rajców, ławników. Wybory do władz miejskich w XIX i XX w. Tablice genealogiczne rodzin elbląskich. Herbarze miast krzyżackich. Zestawienia urodzin, ślubów i zgonów. Wykazy obywateli. Wojny, oblężenia: szwedzkie, napoleońskie. Okupacje miasta. Kwaterunki. Fortyfikacje miejskie. Mundury wojskowe. Handel morski i śródlądowy. Handel zbożem. Zestawienia obrotu towarowego. Kompania angielska w Elblągu. Anglicy w Królewcu. Cło sundzkie. Cło funtowe w Królewcu i Elblągu. Opłaty portowe. Ceny. Miary i wagi. Rachunki miejskie. Loterie. Wartość pieniądza. Żegluga w Elblągu. Żegluga na Wiśle. Regulacja Wisły i Nogatu. Szpica montawska. Rozliczenia finansowe Kamlarii. Rzemiosło. Statuty cechowe. Spory. Procesy. Kościoły. Historia kościołów. Klasztory. Spory religijne. Luteranie. Kalwini. Katolicy. Menonici. Bractwa. Szkoły. Gimnazjum Elbląskie. Metryka Gimnazjum. Szkoły przykościelne. Szpitale. Opieka nad ubogimi. Życie muzyczne. Teatr. Mowy i wiersze okolicznościowe. Kalendarze. Materiały do dziejów sztuki. Budowle publiczne. Dwór Artusa. Posiadłości wiejskie. Żuławy. Rybołówstwo. Gmerki własnościowe wsi elbląskich i malborskich. Czynsze wsi elbląskich. Testamenty. Minerały. Rośliny lecznicze. Stowarzyszenia (Resursa Humanitas – masońska). Propaganda antyżydowska: broszury agitacyjne (XX w. ). Monety. Pieczęcie. Medale (wizerunki, opisy). Zjawiska meteorologiczne. Klęski elementarne. Balon powietrzny (XVIII w.). Sztychy. Starodruki.

Zbiory rękopisów pochodzenia nieurzędowego gromadzonych w archiwum Rady miasta Elbląga sięga swymi początkami XVI stulecia. Składa się z kilku grup. Jedną z nich stanowią kroniki, zapiski oraz opracowania syntetyczne dotyczące dziejów miasta jako całości, a także niektórych specjalnych dziedzin (politycznych, ustrojowych, prawnych, gospodarczych, religijnych, genealogicznych). Na drugą składają się odpisy dokumentów własnych (niekiedy taż dokumenty oryginalne), gromadzone na użytek władz miejskich (kancelarii miejskiej) i osób prywatnych. Wreszcie trzecia grupa to odpisy dokumentów z innych archiwów, a dotyczących z reguły dziejów Elbląga. W skład zbioru rękopisów weszły z czasem, głównie na zasadzie zakupów i darowizn, spuścizny znanych elbląskich kolekcjonerów: J. Amelunga, W. Behringa, J.J. Conventa, D. Fuchsa, G. Gotscha, A. Grűbnaua, Ramseyów i inne.