Wydział Prawny: ustawy, rozporządzenia, zarządzenia; Wydział Hydrograficzny: sprawozdania miesięczne, operaty kolaudacyjne, pisma personalne, sprawozdania, wraki, prace pomiarowe, okólniki i zarządzenia, zamówienia zagraniczne, znaki nawigacyjne, awarie i bezpieczeństwo, wiadomości żeglarskie; Wydział Oznakowania Nawigacyjnego: korespondencja ogólna, zlecenia inwestycyjne, protokóły; Wydział Inwestycyjny: projekty i rysunki łodzi i kutrów, kosztorysy, dot. inwestycji, obliczenia statyczne, protokoły odbudowy osad rybackich, mieszkania rybackie, odwodnienie portu Hel, oświetlenie przystani rybackich, linie napowietrzne i stacje transformatorowe, umocnienia brzegowe; Wydział Techniczny: akta kolaudacyjne budynków, sprawozdania roczne, projekty techniczne; Wydział Handlowy: korespondencja ogólna; Wydział Ochrony i Administracji Wybrzeża: sprawozdania roczne, stan posiadania gruntów; Wydział Małych Portów i Wybrzeża: operaty wykonawcze i kolaudacyjne, dokumentacja robót czerpalnych, umowy, dokumentacja techniczna, wyniki badań, plany i sprawozdania z remontów; Wydział Nadzoru Techniczno-Budowlanego: projekty techniczne budynków i instalacji; Wydział Organizacyjno-Prawny: współpraca z radami narodowymi i KW PZPR, regulaminy działania, normatywy, materiały do zarządzeń, okólników i instrukcji, organizacja wydziałów i komórek; Wydział Finansowo-Księgowy: preliminarze budżetowe, bilanse i sprawozdania; Sekretariat Dyrektora: protokoły z narad naczelników wydziałów, sprawy organizacji GUM, zarządzenia, zniszczenia portu w Gdyni (fotografie), działalność i rozbudowa portu w Gdyni; Oddział Ekonomiczny: zestawienia ruchu statków, akademie, rocznice, obchody; Oddział Księgowości Materiałowej: arkusze spisowe i ich ewidencja, zestawienia majątku; Oddział Morski: korespondencja; Komisja Wrakowa: protokóły komisji, przydział wraków; Kapitanat Portu Gdynia: dzienniki portowe, księgi ruchu statków, książki prac pilotowych; Biuro Portowe Gdańsk: orzeczenia szacunkowe i cenniki, sprawozdania miesięczne; Biuro Odbudowy Portów: zlecenia, szkice badań podwodnych, rada techniczna, projekty robót; Rada Zakładowa: sprawozdania statystyczne, protokoły prezydium i konferencji sprawozdawczo-wyborczych, plenum, dokumenty z wyborów, komisje, sprawy socjalne, budżety, plany pracy (1926-1975, sygn. 1-1112); Dopływy (1945-1976, sygn. 1113-2241): wypadki przy pracy, sprawozdania z inwestycji, plany inwestycyjne, sprawy organizacyjne, nacjonalizacja przedsiębiorstw, księgi ruchu statków, dzienniki portowe, plany wydatków, sprawozdania, sprawozdania z remontów, współzawodnictwo, oceny współpracy, plany wieloletnie, narady i odprawy robocze, wypadki przy pracy, sprawozdania i plany inwestycyjne, sprawy organizacyjne, nacjonalizacja firm.

Rozporządzeniem Rady Ministrów z dn. 1 grudnia 1921 r. powołany został Wydział Marynarki Handlowej Departamentu Marynarki Handlowej w Ministerstwie Przemysłu i Handlu, z siedzibą w Wejherowie. Miał on kierować wszelkimi sprawami dotyczącymi marynarki handlowej w portach polskich. Następnie, rozporządzeniem Prezydenta RP z dn. 22 marca 1928 r. o organizacji i zakresie działania władz marynarki handlowej utworzony został Urząd Morski w Gdyni. Jego działanie przerwał wybuch II wojny światowej. Wiosną 1945 r. władze polskie przystąpiły do pracy nad utworzeniem na Pomorzu administracji morskiej. 14 kwietnia 1945 r. na konferencji w Bydgoszczy podjęto decyzję o powołaniu Głównego Urzędu Morskiego, działającego nadal w oparciu o przedwojenne rozporządzenie Prezydenta RP. Rozporządzeniem Ministra Żeglugi z dn. 9 grudnia 1947 r. o ustanowieniu urzędów morskich z dniem 1 stycznia 1948 r. w miejsce tego urzędu i Biura Odbudowy Portów powołano dwa urzędy morskie – Gdański Urząd Morski w Gdyni i Urząd Morski w Szczecinie. Ich cele i zakres działań sprecyzował dekret z dn. 2 lutego 1955 r. o terenowych organach administracji morskiej oraz zarządzenie Ministra Żeglugi z dn. 21 marca 1955 r. w sprawie utworzenia, organizacji i właściwości miejscowej urzędów morskich.