Biuro Dyrektora generalnego: protokoły posiedzeń Kolegium, organizacja - zarządzenia; skargi i wnioski, odpowiedzi na interwencje, zapytania i interpelacje posłów i senatorów, współpraca z administracją centralną, 2005-2006, sygn. 1-20; Biuro Informacji i Promocji: wniosek o wyrażenie zgody na zrealizowanie filmu, 2005-2006, sygn. 21; Biuro Kontroli i Audytu: sprawozdania kontroli, 2005-2006, sygn. 22-25; Departament Kształcenia Ogólnego i Specjalnego: procedury dotyczące kształcenia i wychowania, opracowania, współpraca, 2005-2006, sygn. 26-29; Departament Kształcenia Zawodowego i Ustawicznego: programy zajęć, referaty, sprawozdania, wnioski o dopuszczenie do użytku szkolnego podręczników [2004] 2005-2006, sygn. 30-152; Departament Szkolnictwa Wyższego: utworzenie nowych uczelni, zmiana statutu, nazw uczelni [1999-2004] 2005-2006, sygn. 153-158; Departament Współpracy Międzynarodowej: sprawozdania z wyjazdów służbowych, udział w programach Unii Europejskiej, [2003] 2005-2006, sygn. 159-160

Ministerstwo Edukacji i Nauki powstało na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 31 października 2005 r. (Dz.U. z 2005 r. Nr 220, poz. 1879). W 2006 r. na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 5 maja 2006 r. (Dz.U. z 2006 r., Nr 76, poz. 532) Ministerstwo Edukacji i Nauki zostało zniesione i utworzono Ministerstwo Edukacji Narodowej