Zasób archiwum klasztoru św. Marcina w Krakowie tworzą 184 jednostki archiwalne, stanowiące 12,5 metra bieżącego akt. Najliczniejsze są księgi wpisów, na które składają się: posiedzenia kapituły i wybory władz konwentu, profesje zakonne, kroniki, żywoty zmarłych zakonnic, zwyczaje zakonne, porządek dnia dla nowicjuszek, przychody i wydatki, przywileje i zobowiązania konwentu, czynsze klasztoru św. Marcina, konferencje, rozważania, pouczenia i kazania wygłaszane w trakcie wizytacji klasztoru oraz w czasie rekolekcji, instrukcje urzędów zakonnych, ceremoniarze, reguła i konstytucje zakonne, zbiory modlitw, wypisy z literatury ascetyczno-mistycznej etc. (98 j.a., 53,2%). Istotną, choć niewielką częścią zasobu są także dokumenty pergaminowe i papierowe zawierające papieskie przywileje i odpusty udzielane krakowskiemu klasztorowi (16 j.a., 8,6%). Licznie reprezentowaną grupę stanowią natomiast akta luźne zawierające przede wszystkim korespondencję, dyspensy i licencje, teksty rozważań i modlitw, wiersze i pieśni religijne, teksty przedstawień teatralnych, sentencji oraz notatki osobiste zakonnic (61 j.a., 33,1%). W zespole występują ponadto pojedyncze poszyty, a zachowane na obwolutach i wypustkach niektórych z nich opisy wskazują na próbę opracowania tej części akt na przełomie XIX i XX wieku. (8 j.a., 4,3%). W skład zespołu akt klasztoru św. Marcina wchodzi ponadto rysunek jego zabudowań i ogrodu (1 j.a., 0,5%) oraz jednostka obejmująca materiały obcego pochodzenia (1 j.a., 0,5%). Większość dokumentów tworzących omawiany zespół spisana została w języku polskim oraz łacińskim, pojedyncze natomiast dokumenty (zwłaszcza najstarsza część korespondencji krakowskich mniszek z klasztorami we Włoszech i Niderlandach - w językach włoskim oraz niderlandzkim.

Klasztor karmelitanek bosych w Krakowie przy ul. Grodzkiej był pierwszą w Polsce fundacją zreformowanego w XVI wieku przez św. Teresę z Avila (Teresa Sánchez de Cepeda y Ahumada) i św. Jana od Krzyża (Juan de Yepes y Alvarez), Zakonu Najświętszej Maryi Panny z Góry Karmel. Karmelitanki bose przybyły do Krakowa z Niderlandów w dniu 26 maja 1612 r. na skutek zabiegów karmelitów bosych osiadłych w Krakowie już w 1605 r. oraz dzięki wsparciu finansowemu nawróconej z kalwinizmu Beaty Konstancji z Myszkowskich Bużeńskiej (1565-1627), wdowy po staroście brzeźnickim i dobczyckim Piotrze Bużeńskim (1559-1583), która w 1618 r. sama także wstąpiła do ufundowanego przez siebie klasztoru. Na fundację do Krakowa przybyły trzy Niderlandki: Maria od Trójcy Świętej (z klasztoru w Brukseli), Małgorzata de Maulde (Małgorzata od Jezusa, 1586-1656), Christine van de Putte (Krystyna od św. Michała,1579-1628), Fryzyjka - Katarzyna Sitcis (Katarzyna od św. Józefa, zm. 1645) oraz Angielka - Teresa Ward (Teresa od Jezusa, zm. po 1648). Oprócz Krystyny od św. Michała i Katarzyny od św. Józefa pozostałe zakonnice w latach 1614-1617 powróciły do macierzystych klasztorów w Niderlandach. Krakowski konwent szybko powiększał się o polskie kandydatki i w liczbie ok. 17 zakonnic mieszkał w latach 1612-1618 w zakupionej przez Konstancję z Myszkowskich Bużeńską kamienicy położonej naprzeciwko drewnianego kościoła św. Marcina. Z biegiem czasu mniszki otrzymały przy ulicy Grodzkiej dwór księżnej Anny ze Stemberku Ostrogskiej, dwór Pieniążkowej i Wawrzyńca Gembickiego, arcybiskupa gnieźnieńskiego, oraz stary kościół św. Marcina, przy którym znajdowała się fundacja kard. Bernarda Maciejowskiego dla księży emerytów. Po przeprowadzeniu wszelkich transakcji – przy pomocy Mikołaja Zebrzydowskiego – z kapitułami diecezji gnieźnieńskiej i krakowskiej, karmelitanki w dniu 7 sierpnia 1618 roku wprowadziły się do uzyskanej nieruchomości. Pod kierunkiem Giovanniego Trevano, architekta królewskiego, od 2 maja 1620 do 26 września 1621 roku wzniesiono nowy klasztor, a następnie w latach 1638-1644 w miejsce drewnianego kościoła św. Marcina zbudowana została murowana świątynia pod wezwaniem św. Marcina i św. Józefa, zaprojektowana przez Włocha, nadwornego architekta Zygmunta III Wazy - Jana Trevano, a konsekrowana przez biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego w dniu 24 kwietnia 1644 r. Kościół wybudowano z posagu s. Teresy Marii od św. Józefa, na świecie Marii Klary von Wittelsbach, księżniczki bawarskiej, która wstąpiła do tego klasztoru w 1634 roku. Krakowski klasztor św. Marcina przyczynił się do powstania kolejnych sześciu fundacji na terenie Rzeczypospolitej: w Lublinie (1624 r.), Wilnie (1638 r.), Lwowie (1642 r.), Warszawie (1649 r.), Poznaniu (1665 r.) oraz drugiego klasztoru w Krakowie (1725 r.). Klasztory karmelitanek bosych były w pełni autonomiczne. Na czele wspólnoty stała przeorysza wybierana przez kapitułę na trzyletnią kadencję i wspomagana przez podprzeoryszę, mistrzynię nowicjatu, klawarię i szafarkę (zakonnice odpowiedzialne za bieżące sprawy finansowe) oraz zelatorki (czuwały nad uchybieniami). Początkowo wszystkie klasztory karmelitańskie na ziemiach polskich, zarówno męskie, jak i żeńskie, należały do włoskiej Kongregacji pod wezwaniem św. Eliasza, natomiast od 1617 r. tworzyły już własną Kongregację polską pod wezwaniem św. Ducha. Nad funkcjonowaniem całej Kongregacji czuwał prowincjał, który co najmniej raz w trakcie swojej trzyletniej kadencji wizytował każdy klasztor. W trakcie wizytacji badał całokształt życia klasztornego w kontekście zachowania praw, karności zakonnej oraz administracji domu. Kontrolował ponadto wszelkie urzędowe księgi w klasztorze, uwierzytelniając je własnym podpisem i pieczęcią. Karmelitanki bose prowadziły życie w całości poświęcone ascezie i kontemplacji, toteż w należącym do ich klasztoru kościele św. Marcina nie organizowano duszpasterstwa zwyczajnego, nie działały przy nim także bractwa religijne. W XVII wieku rytm życia krakowskiego konwentu często zakłócany był natomiast przez wojny i epidemie, w czasie których konwent szukał schronienia w majątkach biskupa krakowskiego, klasztorach karmelitów bosych oraz w siedzibach dobrodziejów klasztoru. W czasie najazdu szwedzkiego w 1655 r. krakowski klasztor i kościół św. Marcina uległy częściowemu zniszczeniu, zaś wspólnota zakonna aż do 1657 r. przebywała w klasztorze karmelitanek bosych w czeskiej Pradze. W dniu 9 października 1787 r. decyzją administratora diecezji krakowskiej, a zarazem prymasa Polski Michała Jerzego Poniatowskiego, klasztor przy ulicy Grodzkiej został zlikwidowany, a dwadzieścia przebywających w nim zakonnic przeniesiono do drugiego krakowskiego klasztoru św. Teresy od Jezusa i św. Jana od Krzyża, położonego w ówczesnej dzielnicy Wesoła (obecnie ul. Kopernika).