Graniczna Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Świnoujściu zgodnie z ustawą z dnia 14 marca 1985 r. o Państwowej Inspekcji Sanitarnej (t.j. Dz. U. z 2021 r. poz. 195) od 01.01.2003 r., prowadząc działalność jako zakład opieki zdrowotnej, a od 1 lipca 2011 r. jako podmiot działalności leczniczej, podlega Głównemu Inspektorowi Sanitarnemu i realizuje zadania nałożone na organ Państwowej Inspekcji Sanitarnej – Państwowego Granicznego Inspektora Sanitarnego. W związku z przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej, granice Polski stały się granicami Unii Europejskiej i od tej chwili graniczne stacje strzegą również granic wspólnotowych. Równoczesne otwarcie granic i rozwój transportu międzynarodowego (głównie lotniczego), a także groźba użycia czynników zakaźnych w celach terrorystycznych sprawiły, że coraz więcej chorób stało się realnym zagrożeniem dla zdrowia publicznego w wymiarze ponadnarodowym. Państwowa Inspekcja Sanitarna przeprowadza graniczną kontrolę sanitarną, której celem jest utrzymanie bariery sanitarno-epidemiologicznej kraju poprzez niedopuszczenie do wprowadzenia na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i Unii Europejskiej żywności oraz materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością, których jakość zdrowotna nie odpowiada obowiązującym przepisom i może stanowić zagrożenie dla zdrowia i życia ludzi. Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 19 lipca 2002 r. w sprawie wykazu granicznych stacji sanitarno-epidemiologicznych. (Dz. U. z 2002 r. poz. 1124 z późn. zm.) stanowi, że PGIS w Świnoujściu był właściwy dla miasta na prawach powiatu - Świnoujścia, miasta na prawach powiatu - Koszalina oraz powiatów: białogardzkiego, goleniowskiego, gryfickiego, kamieńskiego, kołobrzeskiego, koszalińskiego, sławieńskiego oraz świdwińskiego w województwie zachodniopomorskim. Graniczna Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Świnoujściu przejęła Portową Stację Sanitarno-Epidemiologiczną w Świnoujściu, właściwą dla morskich wód wewnętrznych i terytorialnych oraz portów i przystani w następujących miastach i miejscowościach: Chłopy, Darłowo, Dziwnów, Dźwirzyno, Dąbki, Jarosławiec, Kamień Pomorski, Karsibór, Kołobrzeg, Lubin, Mielno, Międzyzdroje, Mrzeżyno, Niechorze, Przytór, Rewal, Sierosław, Świnoujście, Unieście, Ustronie Morskie, Wapnica, Wolin, Stepnica. GSSE w Świnoujściu przestała istnieć z końcem 2022 r.