Jednostka została utworzona 1 maja 2004 roku na mocy ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny (Dz. U. 1997 Nr 23, poz. 117) oraz rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 kwietnia 2004 r. w sprawie utworzenia izb celnych i urzędów celnych oraz określenia ich siedzib (Dz. U. 2004, Nr 82, poz. 747). W strukturze Urzędu Celnego w Krakowie oprócz komórek wewnętrznych znajdowało się również 6 oddziałów celnych (tylko 2 z nich funkcjonowały przez cały okres działalności Urzędu): - Oddział Celny I w Krakowie (od 01.05.2004 r. do 14.05.2015 r.); - Oddział Celny II w Krakowie; - Oddział Celny Port Lotniczy Kraków-Balice; - Oddział Celny w Tarnowie (od 01.05.2004 r. do 31.12.2004 r.) oraz od czasu likwidacji Urzędu Celnego w Nowym Targu dodatkowo jeszcze: - Oddział Celny w Andrychowie (od 15.05.2015 r. do 28.02.2017 r.); - Oddział Celny w Chyżnem (od 15.05.2015 r. do 28.02.2017 r.). Urząd Celny w Krakowie był organem I instancji w sprawach celnych. Powstał w związku z dostosowywaniem polskiej administracji celnej do wymogów Unii Europejskiej. Funkcjonował - w okresie 01.05.2004 – 28.02.2017 r. - w oparciu o trójszczeblową strukturę administracji celnej (urząd celny - izba celna - Ministerstwo Finansów). Powstał – na miejsce zlikwidowanych – istniejących od 1.05.2002 r. do 30.04.2004 r. Urzędu Celnego I w Krakowie oraz Urzędu Celnego II w Krakowie i Urzędu Celnego w Tarnowie. Podlegał Izbie Celnej w Krakowie, w której znalazły się komórki wykonujące zadania pomocnicze (kadry, finanse, informatyzacja, logistyka). Właściwość miejscowa Urzędu Celnego w Krakowie zmieniała się następująco: - w okresie 01.05.2004 r. – 31.12.2004 r. na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 23 kwietnia 2004 r. w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (Dz. U. 2004 nr 94 poz. 911) - właściwość miejscowa Urzędu Celnego w Krakowie rozciągała się na powiaty: bocheński, brzeski, chrzanowski, dąbrowski, krakowski, miechowski, myślenicki, olkuski, oświęcimski, proszowicki, tarnowski, wielicki oraz miasta Kraków i Tarnów; - w okresie 01.01.2005 – 14.05.2015 r. na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 2004 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (Dz. U. 2004 nr 272 poz. 2694) - właściwość miejscowa Urzędu Celnego w Krakowie zmniejszyła się (powiaty: brzeski, dąbrowski i tarnowski oraz miasto Tarnów przejął Urząd Celny w Nowym Sączu, a powiaty oświęcimski i myślenicki przejął Urząd Celny w Nowym Targu) i rozciągała się na powiaty: bocheński, chrzanowski, krakowski, miechowski, olkuski, proszowicki, wielicki oraz miasto Kraków; - w okresie 15.05.2015 – 28.02.2017 r. na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 5 maja 2015 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie właściwości miejscowej organów celnych (Dz. U. 2015 poz. 665) – w związku z likwidacją Urzędu Celnego w Nowym Targu właściwość miejscowa Urzędu Celnego w Krakowie rozciągała się na powiaty: chrzanowski, krakowski, miechowski, myślenicki, nowotarski (z wyłączeniem gmin: Czorsztyn, Krościenko, Łapsze Niżne, Ochotnica Dolna i Szczawnica, które podlegały pod Urząd Celny w Nowym Sączu), olkuski, oświęcimski, proszowicki, suski, tatrzański, wadowicki, wielicki oraz miasto Kraków. Jednostka została zlikwidowana z dniem 1 marca 2017 r. na mocy ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. 2020 poz. 505). Z dniem 1 marca 2017 r. Urząd Celny w Krakowie został zlikwidowany w związku z powstaniem Krajowej Administracji Skarbowej (z połączenia administracji podatkowej, Służby Celnej i kontroli skarbowej). Celem zmiany było m.in. zwiększenie efektywności współpracy wszystkich organów administracji skarbowej, usprawnienie przepływu informacji i w rezultacie zwiększenie skuteczności tych służb w zwalczaniu oszustw podatkowych. Zadania Urzędu Celnego w Krakowie przeszły na rzecz Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie (większość zadań) oraz Urzędu Skarbowego Kraków-Nowa Huta (akcyza) podlegających Izbie Administracji Skarbowej w Krakowie.