W Urzędzie funkcjonował bezdziennikowy system kancelaryjny oparty na jednolitym rzeczowym wykazie akt. Wykaz Akt dla Izb i Urzędów Skarbowych – załącznik nr 1 do instrukcji nr 3/OR Ministra Finansów z dnia 10 lutego 1987, Jednolity Rzeczowy Wykaz Akt - załącznik nr 1 do zarządzenia Ministra Finansów nr 34 z dnia 30 października 2003.

Powstanie Urzędu Skarbowego Kraków Prądnik określa: par. 9 ust. 1 Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 24 marca 1992 r. w sprawie struktury organizacyjnej Izb i Urzędów Skarbowych. Na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 1982 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib urzędów skarbowych i izb skarbowych (Dz.U. 1983 nr 3 poz. 22): Właściwość rzeczową Urzędu Skarbowego Kraków Prądnik określa Ustawa o urzędach i izbach skarbowych z dnia 21 czerwca 1996 r. art.5 DZ. U. nr.106, poz.489 z 1996r z późn. zmianami. Do zadań urzędów skarbowych należy: ustalanie lub określanie i pobór podatków oraz niepodatkowych należności budżetowych, jak również innych należności na podstawie odrębnych przepisów, z wyjątkiem podatków i należności budżetowych, których ustalanie lub określanie i pobór należy do innych organów; rejestrowanie podatników oraz przyjmowanie deklaracji podatkowych; wykonywanie kontroli podatkowej; podział i przekazywanie, na zasadach określonych w odrębnych przepisach, dochodów budżetowych między budżetem państwa i budżetami gmin; wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych; współpraca z Szefem Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych w zakresie niezbędnym do realizacji jego zadań ustawowych; dysponowanie środkami pieniężnymi zgromadzonymi na rachunkach bankowych urzędu obsługującego naczelnika urzędu skarbowego; wspieranie podatników w prawidłowym wypełnianiu przez nich obowiązków podatkowych; wykonywanie innych zadań określonych w odrębnych przepisach prowadzenie dochodzeń w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe; wykonywanie funkcji oskarżyciela publicznego w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe; wykonywanie kar majątkowych, w zakresie określonym w przepisach Kodeksu karnego wykonawczego oraz Kodeksu karnego skarbowego. Terytorialny zasięg działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik został określony rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (Dz. U. Nr 209 poz. 2027) wydanym na podstawie art. 5 ust. 9c ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych. Zakres terytorialnego zasięgu działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik obejmuje części miasta na prawach powiatu – Kraków pod nazwami: Prądnik Biały, Prądnik Czerwony. Terytorialny zasięg działania Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik wyznacza granica przebiegająca: - z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Stare Miasto: linią kolejową od skrzyżowania z ul. Langiewicza do skrzyżowania z ul. Rakowicką, - z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Śródmieście: od skrzyżowania ul. Dobrego Pasterza z al. Gen. Bora-Komorowskiego, ul. Akacjową do ul. M. Dzielskiego przez tereny zielone, do ogródków działkowych, przez ogródki działkowe do skrzyżowania z al. Jana Pawła II, Parkiem Lotników Polskich, ul. Czyżyńską, ul. Szenwalda do ul. Mogilskiej, ul. Mogilską do skrzyżowania z obwodnicą towarową, obwodnicą towarową do skrzyżowania z Rakowicką,- z Naczelnikiem Urzędu Skarbowego Kraków-Nowa Huta: od skrzyżowania linii kolejowej Kraków–Warszawa z granicą administracyjną miasta w kierunku południowo-wschodnim do przecięcia z ul. Powstańców, ulicami: Reduta, F. Bohomolca, Dobrego Pasterza do al. Gen. Bora-Komorowskiego. Akacjową. Ulice graniczne objęte są terytorialnym zasięgiem działania Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik, z wyjątkiem ul. Mogilskiej, którą obsługuje w całości Naczelnik Urzędu Skarbowego Kraków-Śródmieście.