Zespół stanowi częściowy obraz funkcjonowania parafii pw. Św. Jakuba w Toruniu, głównie na przestrzeni XIX i XX wieku. Archiwaliom w trakcie inwentaryzacji i systematyzacji akta podzielono między jedenaście następujących serii: 1) Władza kościelna i państwowa (sygn. 1-17); 2) Duchowieństwo, personel kościelny i zarząd parafii (sygn. 18-38); 3) Duszpasterstwo i Służba Boża (sygn. 39-145); 4) Kościoły i budynki parafialne (sygn. 146-196); 5) Fundacje i legaty (sygn. 197-391); 6) Cmentarz (sygn. 392-425); 7) Sprawy gospodarczo-finansowe (sygn. 426-741); 8) Akta procesowe i sądowe (sygn. 742-759); 9) Szpital (sygn. 760-765); 10) Szkolnictwo parafialne (sygn. 766-774); 11) Bractwa i stowarzyszenia religijne (sygn. 775-804); 12) Kancelaria parafialna (syg. 805-814). Pierwsza seria Władza kościelna i państwowa zawiera zachowane zarządzenia, okólniki, instrukcje oraz korespondencję parafii z kościelną władza zwierzchnia, a także administracją państwową. Kolejna część Duchowieństwo, personel kościelny i zarząd parafii składa się z archiwaliów z treściami dotyczącymi duchownych oraz personelu zatrudnionego w parafii, a także protokołów rady kościelnej. Trzecia seria Duszpasterstwo i Służba Boża podzielona została na cztery podserie: 1) Księgi metrykalne; 2) Sakramenty; 3) Spisy parafian oraz 4) Inne formy duszpasterstwa. W pierwszej znajdują się wszystkie zachowane do dziś księgi chrztów, ślubów, zgonów, I Komunii i bierzmowań. W kolejnej m.in. zaświadczenia o chrzcie, zawarciu małżeństwa oraz karty zgonu. Na trzecią podserię składają się spisy parafian. Ostatnia podseria zawiera różnorodną dokumentację obrazującą prace duszpasterskie od nabożeństw kościelnych, przez intencje mszalne po ogłoszenia parafialne. Seria czwarta- Kościoły i budynki parafialne zawiera archiwalia dotyczące budowy, rozbudowy oraz remontów kościelnych budynków w parafii oraz dokumentacji finansowej związanej z tymi inwestycjami. Kolejna, piąta część Fundacje i legaty zawiera jednostki, których treść dotyczy uposażenia parafii: dokonanych fundacji, czynszów oddanych w dzierżawę działek, kapitałów i hipotek. Źródła dotyczące cmentarzy parafialnych znajdują się w serii szóstej pn. Cmentarze, w której wydzielono dwie podserie. Pierwsza poświęcona sprawom gospodarczo- administracyjnym, druga zaś kasie cmentarnej. Najbardziej obszerna jest seria Sprawy gospodarczo-finansowe, w niej znalazły się wszystkie rachunki parafii, inwentarze, księgi dochodów i wydatków, karty hipoteczne, dzierżawy czy listy płatników podatku kościelnego. Dokumentacja procesów, w których parafia była jedną ze stron oraz wyroki sądów znalazły się w serii ósmej Sprawy gospodarczo-finansowe. Kolejna seria akt szpitala (przytułku dla ubogich) znajduje się w osobnej dziewiątej serii i zawiera listy pacjentów, zarządzenia władz zwierzchnich i państwowych, statut szpitala oraz liczną dokumentację finansową. Część Szkolnictwo parafialne składa się z archiwaliów traktujących o szkołach w parafii: są to listy uczniów, dokumenty poszczególnych szkół, zarządzenia władz zwierzchnich, plany zajęć. Następnie seria Bractwa i stowarzyszenia religijne obejmuje tę dokumentację, która pozostała po licznych stowarzyszeniach religijnych działających w toruńskiej parafii nowomiejskiej. Na ostatnią, dwunastą serię Kancelaria parafialna składa się dokumentacja wytworzona w wyniku działalności kancelarii parafii pw. Św. Jakuba w Toruniu.

Przyjmuje się, że parafia pod wezwaniem świętego Jakuba w Nowym Mieście Toruniu powstała w roku 1304, wskazują na to XVIII-wieczne akta wizytacyjne, data ta utrwaliła się w tradycji. Pierwszy kościół parafialny powstał wraz z utworzeniem parafii. W 1309 roku rozpoczęła się budowa murowanej świątyni, pod którą kamień węgielny położył Herman, który piastował funkcję biskupa chełmińskiego. Patronat nad tą parafią sprawował zakon krzyżacki. Między rokiem 1335-1341 kościół św. Jakuba został przekazany klasztorowi żeńskiemu cysterek przez wielkiego mistrza krzyżackiego Dietricha von Altenburga. Postanowienie to zostało potwierdzone przez Ludolfa Königa w 1345 roku. Zmiana nastąpiła w roku 1456, kiedy klasztor benedyktynek przekazał opiekę nad świątynią radzie toruńskiej. W 1557 roku wraz z rozwojem protestantyzmu w Toruniu kościół przeszedł w ręce protestantów, jednakże po 110 latach wrócił do benedyktynek. Ostatnia zmiana patronatu nad świątynią nastąpiła w roku 1833, kiedy to benedyktynki w ramach przeprowadzanych kasat klasztorów zostały przymuszone do opuszczenia Torunia, odtąd opiekę sprawował spowiednik mniszek ksiądz Antoni Rosczynialski. Na początku I połowy XIX wieku przeprowadzono liczne renowacje kościoła św. Jakuba, naprawiono okna, posadzki, schody i sklepienia. W 1933 r. powstało parafialne przedszkole Dzieciątka Jezus. W czasie II wojny światowej zginęło wielu ludzi oraz księży z parafii św. Jakuba. W październiku 1939 r. zostało aresztowanych, a później zamordowanych w obozie koncentracyjnym Dachau, dwóch wikariuszy parafii ks. Teofil Falkowski, ks. Aleksander Rutecki oraz ks. Otto Glock, który po kilku dniach został zwolniony z aresztowania. Aresztowania uniknął ksiądz Alfons Weltrowski, który objął obowiązki w parafii, co pozwalało na dalsze funkcjonowanie kościoła. Gestapo zarekwirowało bibliotekę benedyktynek oraz księgi metrykalne parafii. W 1940 roku administrację nad parafią przejął ks. F. Manthey, w 1942 r. do kościoła przeniesiono ks. E. Englera, a od 1944 do 1945 roku administratorem parafii został ks. Jan Mykowski. Proboszczami w św. Jakubie byli: Ks. Szymon de Luterberg, 1399; Ks. Mikołaj Mockow, 1405-1411; Ks. Jan [Tannenberg], 1412-1429; Ks. Mikołaj, 1429; Ks. Mikołaj z Lubieszyc, 1447; Ks. Michał z Nieżywięcia, 1450; Ks. Szymon Dimiecki, 1670; Ks. Jan Domarewicz, penitencjarz, 1673-1707; Ks. Fabian Franciszek Cichorski, 1709-1709; Ks. Andrzej Józef Stoliński, 1709-1710; Ignacy Chylewski, 1784-1795; Wojciech Piechowski, 1798-1810; Karol Zastrau, 1827; Antoni Roszczynialski,1832-1835; Augustyn Rompf, 1837; Piotr Pruss, 1837-1838; Augustyn Hildebrandt, 1838- 1841; Antoni Franciszek Benedykt Hunt, 1842-1854; Augustyn Franciszek Lulkowski, 1854-1856; Tadeusz Ferdynand Łebiński, 1857; Fryderyk Kastner,1858-1867; Hugon Paweł Wierciński, 1867-1898; Józef Odrowski, 1899-1909; Ludwik Roch Rogacki, 1910-1918; Stanisław Pełka,1919-1928; Leon Kozłowski, 1928- 1939; Alfons Weltrowski,1946-1946; Jan Szych, 1946-1947; Konrad Moszkowski, 947-1949; Włodzimierz Ławrynowicz, 1949-1955; Feliks Windorpski, 1955-1983; Jerzy Jan Więckowiak, 1983-1988; Andrzej Kazimierz Wawrzyniak, 1988-2010; Wojciech Karol Kiedrowicz, 2010- obecnie. Cmentarz parafii p.w. Świętego Jakuba Apostoła znajduje się przy ulicy Antczaka. Został założony w 1838 r. Przy kościele utworzyły się liczne bractwa i stowarzyszenia. Bractwo Szkaplerza świętego (22 czerwca 1672r.), Bractwo Różańca św. (7 czerwca 1871 r.), Bractwo św. Józefa (8 sierpnia 1692 r.), Bractwo Serca Jezusowego i Apostolstwo Modlitwy, Dzieło Rozkrzewienia Wiary (5 lipca 1927 r.), Stowarzyszenie Młodzieży Męskiej p.w. św. Alojzego (10 września 1914 r.), Stowarzyszenie Młodzieży Żeńskiej ( 11 stycznia 1855 r.), Dzieło św. Dziecięctwa Jezus (1922 r.), Żywy różaniec, Ruch „Światło-Życie”, duszpasterstwo głuchoniemych dla Torunia, Diecezjalny Oddział Towarzystwa Przyjaciół KUL. W XIX w. parafia pod wezwaniem św. Jakuba wchodziła w skład parafii należących do dekanatu toruńskiego. Podobnie jak kościół świętych Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty, parafia św. Jakuba w roku 1982 została przydzielona dekanatu toruńskiego I. Do parafii należą ulice: Antczaka, Browarna, Chłopickiego, Dąbrowskiego, Dobrzyńska, Dominikańska, Droga Trzeposka, Gołębia, Gregorkiewicza, Jana Olbrachta (1-5 i 2-6), Jęczmienna, Kazimierza Jagiellończyka, Konopackich, Królowej Jadwigi, Lubicka, Małe Garbary, Międzymurze, Pająkowskiego, Piastowska, Piernikarska, Plac 18 Stycznia, Plac Św. Katarzyny, Podchorążych, Poniatowskiego, Prądzyńskie, Prosta, Przedzamcze, Pułaskiego, Rynek Nowomiejski, Sobieskiego, Sowińskiego, Strumykowa, Studzienna, Sukiennicza, Sułkowskiego, Szosa Lubicka (1-53 i 2-84), Szpitalna, Szumana, Ścieżka Szkolna, Ślusarska, Św. Jakuba, Św. Katarzyny, Targowa, Traugutta, Wały Sikorskiego, Warszawska, Waryńskiego, Wielkie Garbary, Winnica, Wola Zamkowa, Wysoka, Zaułek Prosowy, Żółkiewskiego.