Akta TNK uporządkowano w l. 1954–1956. W 2015 r. zakończono prace nad nową wersją inwentarza zespołu. Równolegle trwały prace, mające na celu zabezpieczenie akt poprzez zabiegi konserwatorskie oraz digitalizację (l. 2008–2016). W efekcie stworzono 17 705 reprodukcji cyfrowych dokumentów TNK. Z okazji jubileuszu 200-lecia Towarzystwa w 2015 r. całość skanów została udostępniona i obecnie można z niej korzystać za pośrednictwem strony https://inwentarz.tnk.krakow.pl. W skład zespołu akt TNK wchodzą: I. Akta ogólne: Statuty TNK (TNK 1–TNK 4); Protokoły posiedzeń ogólnych prywatnych i publicznych oraz Komitetu TNK (TNK 5–TNK 12); Sprawozdania, rozprawy na posiedzenia Towarzystwa (TNK 13–TNK 24); Listy członków TNK (TNK 24–TNK 27); Korespondencja Prezesa Towarzystwa Naukowego Krakowskiego (TNK 28–TNK 87); Akta majątkowe i finansowe Towarzystwa, w tym: Protokoły i akta dotyczące budowy domu Towarzystwa (TNK 88–TNK 96); Inwentarze (TNK 97–TNK 98); Akta finansowe (TNK 99–TNK 113). II. Akta wydziału, komitetów, oddziałów i komisji: Akta Komisji Językowej (TNK 193–TNK 194); Akta Komisji Historycznej (TNK 191–TNK 192); Akta Komisji Balneologicznej (TNK 157–TNK 176); Akta Komisji Fizjograficznej (TNK 177–TNK 180); Akta Komisji Meteorologicznej (TNK 181–TNK 188); Akta Oddziału Nauk Moralnych (TNK 189–TNK 190); Protokoły Komitetu Spólnego (TNK 117); Akta Oddziału Sztuk Pięknych (TNK 118); Protokoły Komisji Ortograficznej (TNK 195); Akta Oddziału Archeologii i Sztuk pięknych (TNK 119–TNK 153); Akta Oddziału Nauk Przyrodniczych i Ścisłych (TNK 154–TNK 156); Akta Wydziału rozszerzania oświaty w narodzie (TNK 114–TNK 116).

Towarzystwo Naukowo Krakowskie utworzone w roku 1815 działało do 1872 r., to jest do chwili przekształcenia go w Akademię Umiejętności. W pierwszym okresie było ściśle związane z Uniwersytetem, a więź tę uwidoczniono w nazwie, która brzmiała: Towarzystwo Naukowe z Uniwersytetem Krakowskim złączone (Societas Litteraria Universitatis Cracoviensis). Towarzystwo postawiło sobie cel przyczynienia się „do pomnożenia wszelkich nauk, rozszerzenia światła, rozkrzewienia sztuki, przemysłu i kunsztów w narodzie”. W pierwszym okresie podzielone zostało na sześć wydziałów: teologii, prawa, medycyny, matematyki, literatury, gospodarstwa i wiadomości technicznych oraz wszelkich kunsztów; lecz odbywało jedynie posiedzenia wspólne, na których odczytywano rozprawy, nie prowadząc dyskusji. Trzon Towarzystwa stanowili czynni oraz emerytowani profesorowie Uniwersytetu, nadto do Towarzystwa wchodzili „obywatele uczeni” oraz członkowie honorowi. Tytuł czynnego członka przysługiwał miejscowym, zamiejscowi nosili nazwę członków korespondentów. Działalnością Towarzystwa kierował Komitet, złożony z prezesa Towarzystwa (każdorazowo rektor Uniwersytetu), wiceprezesa, sekretarza i ośmiu członków pochodzących z wyboru. Źródłem dochodów Towarzystwa były składki członkowskie, opłaty od dyplomów, fundusze ze sprzedaży „Rocznika” i dary, niezbyt zresztą hojne. Brak było Towarzystwu stałych, poważniejszych dochodów, umożliwiających rozwinięcie szerszej działalności, toteż czynności ograniczały się w zasadzie do referowania rozpraw, które publikowano w „Roczniku” – organie Towarzystwa. Dopiero statut wprowadzony w 1848 r., a przygotowany przez Józefa Majera, zasadniczo zmienił organizację Towarzystwa. Stworzono dwa wydziały: Akademiczny, zajmujący się pracami badawczo-wydawniczymi, i Rozszerzania Oświaty. Pierwszy dzielił się na trzy oddziały: Umiejętności Moralnych, Nauk Przyrodzonych i Ścisłych (od 1856 r. Nauk Przyrodniczych i Ścisłych) oraz Sztuk Pięknych, zreorganizowany później (1856) jako Oddział Sztuk i Archeologii. Drugi pełnił nadzór i opiekę nad szkolnictwem ludowym, m.in. wydając podręczniki, wspierając biblioteki szkolne. Nowa organizacja pociągnęła za sobą inną strukturę władz. Dwoma wydziałami kierowały Komitety Wydziałowe, złożone z zastępcy prezesa i sześciu członków. Oddziały nie posiadały osobnych władz. Działalność wydziałów koordynował Komitet Spólny, złożony z prezesa, dwóch jego zastępców, dwóch członków z dwóch wydziałów oraz sekretarza Towarzystwa. Zarząd Towarzystwa składał się z prezesa, dwóch jego zastępców, członków trzech komitetów (Spólnego i dwóch wydziałowych), sekretarzy wydziałowych i sekretarza ogólnego i wybierany był w tajnym głosowaniu na okres jednego roku. Prezesem, jak dotąd, zostawał każdorazowy rektor Uniwersytetu. Posiedzenia oddziałowe odtąd ożywiły działalność Towarzystwa, tym bardziej, iż wprowadzono dyskusję nad referowanymi rozprawami. Zasiłek rządowy uzyskany w 1840 r. podniesiono do sumy 1200 złp. Nową epokę w rozwoju Towarzystwa otworzył statut z 1856 r., zrywający związek Towarzystwa z Uniwersytetem. Towarzystwo przybrało nazwę „C.K. Towarzystwo Naukowe Krakowskie”. Nowy statut dał Towarzystwu lepszą organizację, co nie pozostało bez wpływu na rozwój dalszej jego działalności. Zniesiono Wydział Rozszerzania Oświaty, zachowując jedynie prace naukowo-badawcze. Oddziały (Umiejętności Moralnych, Nauk Przyrodniczych i Ścisłych oraz Sztuk i Archeologii) miały osobne władze, wyłaniające w miarę rozwoju prac i badań specjalne komisje stałe. Zarząd Towarzystwa wybierany na rok stanowili: prezes, sekretarz, trzech prezesów w oddziałach, trzech sekretarzy oddziałowych, podskarbi. Do Zarządu Towarzystwa wchodziło ponadto trzech członków – przedstawicieli oddziałów. Słabą stroną pozostały nadal nikłe fundusze; źródła dochodów nie uległy bowiem zmianie i podstawę ich stanowił dalej szczupły zasiłek rządowy, składki i opłaty członkowskie oraz dochód z wydawnictw. Zaczęły jednakże napływać dary składane przez społeczeństwo, tak pieniężne, jak w postaci książek i eksponatów muzealnych. Mimo ograniczeń finansowych Towarzystwo rozwijało ożywioną działalność. W Oddziale Umiejętności Moralnych powstały w l. 1858–1870 komisje: Bibliograficzna, Językowa, Historyczna i Ortograficzna. W Oddziale Archeologii i Sztuk – Komisja Wyrazów Artystycznych i Komisja Dziejów Sztuki w Polsce. Najczynniejszy był Oddział Nauk Przyrodniczych i Ścisłych, gdzie powstały – mogące się wykazać poważnym dorobkiem – komisje: Balneologiczna (1858 r.), Redakcyjna „Tygodnika Lekarskiego” (1862 r.) i Komisja Fizjograficzna (1865 r.). Do 1872 r. Towarzystwo nawiązało kontakty (wymiana wydawnictw) z 40 towarzystwami i akademiami w Europie i Ameryce. Do 1840 r. Towarzystwo prowadziło wspólną kancelarię z Uniwersytetem, zakładając jedynie odrębne księgi protokołów oraz buchalteryjne. Po 1840 r. kancelarię Towarzystwa prowadził sekretarz, z chwilą zaś zakończenia kadencji oddawał ją następcy. Zachowały się dwa spisy akt Towarzystwa sporządzone przy takich okazjach: jeden z 1840 r. (dziś w zespole TNK), drugi z 1847 (dziś w Archiwum UJ). Natomiast z późniejszych lat brak spisów, które by mogły pomóc w dokładnym określeniu zawartości zespołu i ustaleniu strat. Głównym zrębem materiałów znajdujących się w Archiwum Towarzystwa są akta i księgi prowadzone przez sekretarzy ogólnych Towarzystwa, tzn. protokoły posiedzeń publicznych i prywatnych z lat 1816–1872, korespondencja z l. 1840–1872 oraz akta buchalterii i kasy. Zdekompletowane są archiwalia oddziałów i komisji, które znajdowały się w rękach poszczególnych sekretarzy i mimo wyraźnych postanowień statutu zalecających przekazywanie akt do Archiwum nie zawsze tam docierały. Nie zachowały się jednak spisy akt Towarzystwa z lat jego rozwoju, kiedy funkcjonowały już oddziały i komisje, tak iż nie można dokładnie określić strat. Największe braki występują przypuszczalnie w l. 1848–1852. W 1860 r. uporządkowano akta Towarzystwa i wybrakowano przy tej sposobności dawne rachunki. Nie zachowały się jednak wykazy wybrakowanych materiałów; nie wiadomo też, czy w późniejszym okresie przeprowadzano prace porządkowe. W 1873 r. wyłączono część akt dotyczących organizacji Akademii Umiejętności z l. 1871–1872, włączając ją do akt Akademii. W 1934 r. przy porządkowaniu akt kancelaryjnych Akademii znaleziono akta Towarzystwa Naukowego i uporządkowano je, nie sporządzając jednak przy tym żadnego spisu. Zespół, poza kilkoma rękopisami prac, nie zawiera materiałów działalności badawczej i wydawniczej TNK. Zob. D. Rederowa: Inwentarz Archiwum Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, Kraków 1959; D. Rederowa, K. Stachowska, Ośrodek naukowy krakowski w świetle materiałów Towarzystwa Naukowego Krakowskiego 1841–1871 (Wyb. źródeł), „Rocznik Biblioteki PAN w Krakowie” R. II: 1956; Z. Jabłoński, Zarys dziejów Towarzystwa Naukowego Krakowskiego (1815–1872), Kraków 1967; D. Rederowa, Z dziejów Towarzystwa Naukowego Krakowskiego 1815–1872, Kraków 1998.