1. Akta dotyczące miasta Krakowa (ustrój miasta, organizacja Magistratu, urzędnicy miejscy, instrukcje kancelaryjne, opłaty miejskie) 1809-1815 (sygn. 29/72/1, 2, 5). 2. Akta dotyczące szpitali, klasztorów itp. (szpitale krakowskie, Arcybractwo Miłosierdzia, organizacja handlu w Krakowie, jarmarki, kopalnie węgla w Jaworznie) 1810-1814 (sygn. 29/72/3, 4, 6). 3. Wydział Administracyjny (Fasc. 21 - processa o granice, łąki i lasy, Fasc. 32 - pensje i wszystkie inne księży tyczące się obiekta, Fasc. 38-fundusz religijny, dziesięciny skarbowe, domy narodowe, Fasc. 44 - szkoły narodowe) 1812-1814 (sygn. 29/72/7). 4. Wydział Ekonomiczny (Fasc. 3-dobra narodowe, Fasc. 5-domy skarbowe, Fasc. 23-miejskich dochodów zalicytowanie, Fasc. 25-budowle, burkowanie, ozdobienie i oświecenie miasta) 1810-1815 (sygn. 29/72/8). 5. Wydział Skarbowy (Fasc. 12-o podatkach, Fasc. 13-allewiacje (zniżki podatkowe), Fasc. 17 - tabaka, Fasc. 20 - złoto, srebro, góry ołowiane, kruszce, huty, Fasc. 22-fabryka siarczana, saletra, prochownia) 1810-1815 (sygn. 29/72/9). 6. Wydział Policyjny (Fasc. 1-policja, Fasc. 2-oficjaliści, straż policyjne, umundurowanie, Fasc. 8 - kupcy, handel, towary, kramy, tandety, jarmarki, Fasc. 21 - teatr, bale, muzykanci, Fasc. 25 - cmentarze, nagrobki, zezwolenia na pochowanie) 1810-1813 (sygn. 29/72/10). 7. Księgi kancelaryjne (dzienniki podawcze prefektury, podprefektur, dystryktów) 1809-1818 (sygn. 29/72/11-18). 8. Podprefektura krakowska (dostawy dla wojska (liberunki) 1812-1815 (sygn. 29/72/18-19). 9. Varia (członkowie Rady Miejskiej, statystyka departamentu krakowskiego, budowa kanału przy ul. Biskupiej w Krakowie, normalia i okólniki rządu Księstwa Warszawskiego) 1807-1815 (sygn. 29/72/20-22).