1. Przywileje (dokumenty, zapisy fundacyjne, kopiariusze przywilejów) 1584-1888 (sygn. 29/546/1-7) 2. Organizacja (statuty, ordynacje, wizytacje władz duchownych i świeckich, instrukcje dla urzędników) 1711-1957 (sygn. 29/546/8-42) 3. Działalność (protokoły z posiedzeń, uchwały, zaproszenia na zebrania, spisy członków, wybory urzędników, sprawozdania z działalności, nominacje urzędników, skargi na urzędników i dochodzenia dyscyplinarne, prokurator Arcybractwa) 1584-1960 (sygn. 29/546/43-130, 1821) 4. Uroczystości (jubileusze Arcybractwa, uroczystości 300-lecia śmierci Piotra Skargi, obchody narodowe i państwowe, nekrologi członków Arcybractwa, laurki, organizacja i działalność „tanich kuchni”) 1824-1956 (sygn. 29/546/131-139, 141-152, 1822-1824) 5. Gospodarka finansowa (bilanse i preliminarze, sprawozdawczość i kontrola finansowa, majątek Arcybractwa, papiery wartościowe, księgowość, księgi kasowe, spisy osób otrzymujących wsparcie i jałmużny) 1584-1960 (sygn. 29/546/153-837, 1801, 1803, 1804, 1812-1820, 1825, 1826, 1857-1859) 6. Bank Pobożny (normalia, sprawozdawczość, rejestry dochodów i wydatków, legaty, księgi zastawów i wykupów, rewizje „komór fantowych”, licytacje zastawów nie wykupionych) 1587-1959 (sygn. 29/546/838-922, 1802, 1807-1811, 1865) 7. Dom rezydencjonalny (ul. Sienna 5) i kamienice brackie (dowody własności, sprawy podatkowe, inwentarz kamienicy, projekty remontów, księgi meldunkowe mieszkańców, wypożyczanie „sali portretowej”, Towarzystwo ks. Piotra Skargi, Czytelnia Katolicka i Związek Sodalicji Mariańskich) 1556-1959 (sygn. 29/546/923-944) 8. Zapisy na nabożeństwa (fundusze zabezpieczone na nieruchomościach fundusz na muzykę) 1667-1934 (sygn. 29/546/945-952) 9. Zapisy jałmużnicze (kapitały i fundusze zabezpieczone na nieruchomościach, zapisy osób prywatnych i instytucji, rozdawnictwo jałmużny z poszczególnych fundacji) 1619-1949 (sygn. 29/546/953-1220, 1806, 1827-1854) 10. Zapisy na posagi (fundacje na rzecz funduszu posagowego i rozdawnictwo posagów) 1602-1938 (sygn. 29/546/1221-1261, 1805) 11. Zapisy na szpitale i opiekę nad grobowcami (testament Jana Tarły i fundusz na szpitale krakowskie, dochody i wydatki związane z utrzymaniem szpitali, spisy grobów oddanych pod opiekę Arcybractwa) 1750-1960 (sygn. 29/546/1262-1277) 12. Zapisy na podrzutki i sieroty (zapisy i fundusze, wydatki na ochronki dla dzieci) 1815-1952 (sygn. 29/546/1278-1287) 13. Zapisy na różne cele dobroczynne (fundusz Łopacińskiego na opiekę nad więźniami, fundusze na szkoły, naprawę kościołów, nagrody za „Czyny pożyteczne”, dla dziadków kościelnych itp.) 1754-1939 (sygn. 29/546/1288-1332) 14. Dom fundacji Anny Helclowej (Rynek 36/ul. Sławkowska 1) (podatki, plany przebudowy na cele mieszkalne i handlowe, książki meldunkowe) 1870-1949 (sygn. 29/546/1375-1406, 1855) 15. Fundusz rzemieślniczy (zapisy na rzecz czeladzi rzemieślniczej, stypendia i subwencje dla rzemieślników) 1828-1940 (sygn. 29/546/1407-1424) 16. Dom przy ul. Floriańskiej 19 (inwentarz, reparacje, najem mieszkań, projekt kanalizacji) 1876-1952 (sygn. 29/546/1425-1431) 17. Dom przy ul. Potockiego 11 (podatki, asekuracja, projekt instalacji wodociągowej i kanalizacyjnej, wynajem na cele szkoły i urzędu pocztowego) 1888-1960 (sygn. 29/546/1432-1447) 18. Inne domy Arcybractwa (zapisy, plany remontów, spis sprzętów poniemieckich oddanych Urzędowi Likwidacyjnemu) 1909-1959 (sygn. 29/546/1448-1459) 19. Fundusze przepadłe lub nie wykonane (zapisy nie zrealizowane lub nie przyjęte przez Arcybractwo) 1575-1919 (sygn. 29/546/1482-1496) 20. Hipoteki (domy na których zabezpieczone są kapitały Arcybractwa oraz udzielone pożyczki, spisy wierzycieli) 1815-1939 (sygn. 29/546/1497-1691, 1861) 21. Wsparcia i czynności Rady Arcybractwa (podania o wsparcia i jałmużny, wsparcia dla instytucji charytatywnych i klasztorów, dla powodzian, dla rekonwalescentów) 1667-1948 (sygn. 29/546/1692-1695) 22. Zebrania braci wizytatorów (protokoły zebrań, kartoteka osób otrzymujących stałe wsparcie oraz wsparcia nadzwyczajne) 1884-1960 (sygn. 29/546/1696-1703, 1856, 1862) 23. Stosunki z innymi organizacjami (sprawozdania i statuty nadsyłane do Arcybractwa, wydawnictwa organizacji charytatywnych, korespondencja z władzami świeckimi i duchownymi) 1814-1957 (sygn. 29/546/1704-1721) 24. „Modrzejówka” (przejęcie akt i agend Towarzystwa Tanich Mieszkań, najem mieszkań, stosunki z parafią św. Szczepana) 1898-1953 (sygn. 29/546/1722-1733, 1863) 25. Kancelaria i Archiwum Arcybractwa (dzienniki podawcze, organizowanie archiwum, spisy i „sumariusze” archiwaliów, repertoria, skorowidze osobowe i rzeczowe, kontrola archiwum) 1809-1960 (sygn. 29/546/1734-1800) 26. Bractwo Pięciu Ran Chrystusa Pana (spisy braci i sióstr, akta erekcyjne, uposażenia, kapitały, składki, kamienice będące własnością Bractwa) 1658-1937 (sygn. 29/546/1333-1374) 27. Archikonfraternia Niepokalanego Poczęcia NMP (spisy członków, protokoły posiedzeń, finanse i księgowość, materiały do historii Archikonfraterni) 1629-1922 (sygn. 29/546/1460-1472, 1474-1481, 1860) 28. Bractwo Królowej Korony Polskiej (księga członków) (sygn. 29/546/1473)

Bractwo Miłosierdzia i Banku Pobożnego w Krakowie powstało z inicjatywy ks. Piotra Skargi, na wzór zreformowanych bractw powstających w XVI w. we Włoszech. Swymi początkami sięga października 1584 r., kiedy to 9 osób spotkało się w domu jezuitów przy kościele św. Barbary. Ustalono wówczas porządek wewnętrzny bractwa oraz zasady jakimi winni kierować się bracia (obowiązywały do 1588 r.). Celem było wspieranie ubogich oraz szerzenie idei dobroczynności. Pomyślny rozwój zachęcił ks. Skargę do założenia w 1587 r. Banku Pobożnego, mającego na celu pożyczanie pieniędzy ubogim bez procentu. W 1588 r. Piotr Skarga rozszerzył statut Bractwa (obowiązywał z małymi zmianami do 1818 r.), który został potwierdzony przez nuncjusza papieskiego (1588), w 1591 r. przez papieża Grzegorza XIV, w 1611 r. przez króla Zygmunta III. Od początku swego istnienia Bractwo Miłosierdzia i Bank Pobożny otrzymywały liczne fundusze przeznaczone na jałmużny, posagi dla ubogich panien (tzw. skrzynka św. Mikołaja), stypendia szkolne oraz działalność religijną. Najazdy Szwedów (1655 r., 1702 r.) spowodowały osłabienie działalności Bractwa, następny kryzys przeżywało Bractwo w II połowie XVIII w. (aż do lat 90-tych). Początek XIX w. przyniósł kolejne zmiany w funkcjonowaniu Bractwa. W myśl Konstytucji Wolnego Miasta Krakowa opiekę nad funduszami przejął Senat Rządzący, co spowodowało konieczność opracowania nowej ordynacji, zatwierdzonej w grudniu 1817 r. Wówczas też zmieniono nazwę na „Archikonfraternia Miłosierdzia i Banku Pobożnego”, którą w 1844 r. przemianowano na obowiązującą już do końca funkcjonowania stowarzyszenia „Arcybractwo Miłosierdzia i Banku Pobożnego”. Po likwidacji Wolnego Miasta Krakowa Arcybractwo podlegało Rządowi Krajowemu, który zażądał zmiany statutu, co ostatecznie zrealizowano w 1877 r., w następnych latach dokonywano kolejnych uzupełnień (1887, 1902, 1907, 1911). Okres po I wojnie światowej przyniósł znaczne zubożenie Arcybractwa i dopiero połączenie się z Towarzystwem Tanich Mieszkań (1939) poprawiło jego sytuację. W czasie okupacji hitlerowskiej Arcybractwo zostało rozwiązane (1940), ale w kwietniu 1941 r., za zgodą Generalnego Gubernatora, Arcybractwo zostało czasowo podporządkowane Radzie Opiekuńczej Miejskiej, później nazwanej Polski Komitet Opieki. Po wojnie, w 1949 r. Arcybractwo zostało zarejestrowane jako dobroczynne stowarzyszenie świeckie, co umożliwiło mu pewne działania, jednak 31.10.1960 r. zostało zlikwidowane.