A. Wydział Ogólny. 1. Normatywy władz nadrzędnych 1945-1950 (sygn. ISKr 1-4). 2. Normatywy własne 1945-1950 (sygn. ISKr 5). 3. Sprawy organizacyjne Izby skarbowej w Krakowie i podległych jej urzędów 1945-1950 (sygn. ISKr 6). 4. Sprawy personalne związane z reorganizacja Izby skarbowej w Krakowie i podległych jej urzędów 1950 (sygn. ISKr 7). 5. Wykazy ulic i adresy krakowskich urzędów skarbowych (sygn. ISKr 8). 6. Wykazy cyfrowe pracowników skarbowych w urzędach skarbowych 1945 (sygn. ISKr 9). 7. Wykazy imienne pracowników Izby i podległych urzędów skarbowych 1945 (sygn. ISKr 11- 58). 8. Komisje egzaminacyjne dla Izby skarbowej dla kandydatów na stanowiska w państwowej służbie skarbowej 1945-1947 (sygn. ISKr 59). 9. Kursy szkoleniowe dla urzędników 1947 (sygn. ISKr 60-61). 10. Odznaczenia pracowników skarbowych 1947 (sygn. ISKr 62). 11. Uwagi Dyrektora Izby skarbowej dot. zarządzanego okręgu 1946 (sygn. ISKr 63). 1. Referat Dyscyplinarny. 12. Komisje dyscyplinarne ds. pracowniczych 1945-1947 (sygn. ISKr 64). 13. Akta dochodzeniowe przeciwko pracownikom 1945-1950 (sygn. ISKr 65-79). B. Wydział II Podatków. II. Oddział Administracyjny. 14. Normatywy władz naczelnych 1945-1950 (sygn. ISKr 80-86). 15. Normatywy własne 1945-1950 (sygn. ISKr 87-99). 16. Protokoły obrad Zjazdu Naczelników wydziałów Izb skarbowych, Naczelników Urzędów Rewizyjnych, Dyrektorów Banków odbytego w 1947 r. (sygn. ISKr 100). 17. Protokoły z konferencji odbytych w Urzędzie Rewizyjnym w Krakowie 1946-1948 (sygn. ISKr 101). 18. Akta inspekcji urzędów skarbowych i agend Izby skarbowej w sprawach podatkowych 1946-1950 (sygn. ISKr 102). 19. Akta dot. wykonania zarządzeń polustracyjnych przez urzędy skarbowe 1946 (sygn. ISKr 103). 20. Akta dot. doraźnej kontroli ksiąg handlowych dla celów ustalenia zaliczek miesięcznych 1946 (sygn. ISKr 104). 21. Akta dot. działalności Biura Informacyjnego w wydziale II 1945-1949 (sygn. ISKr 105). 22. Zestawienia wyników czynności rewizyjnych buchalterów 1945-1946 (sygn.. ISKr 106). 23. Preliminarze budżetowe oraz sprawozdania Wojewódzkiego Związku Samorządowego krakowskiego na rok 1946 (sygn. ISKr 108). 24. Sprawozdania z wykonania budżetu Powiatowych Związków Samorządowych 1950 (sygn. ISKr 109-128). 25. Opisy gospodarcze okręgów Izb Skarbowych 1946-1949 (sygn. ISKr 129-147). III. Oddział podatków dochodowego i obrotowego. 26. Normatywy , statuty dot. podatków 1945-1949 (sygn. ISKr 148-153). 27. Sprawozdania z akcji ściągania nadzwyczajnych podatków 1946-1948 (sygn. ISKr 154-155). 28. Sprawy ustalenia przedpłat i zaliczek na podatki 1948-1949 (sygn. ISKr 156-157). IV. Oddział podatków realnych. 29. Statuty dot. opłat administracyjnych, podatków i dopłat specjalnych 1948-1949 (sygn. ISKr 158-163. 30. Sprawy przekazania zaległości w podatku przemysłowym 1946 (sygn. ISKr 164). 31. Korespondencja w sprawach podatkowych, zakładów, przedsiębiorstw i osób prywatnych (sygn. ISKr 165). V. Oddział Bilansowy. 32. Sprawy przyznania ulg podatkowych osobom prywatnym, umorzenia podatków repatriantom 1945-1947 (sygn. ISKr 166-167). VI. Oddział Egzekucyjny. 33. Akta dot. nadużyć podatkowych w związku z działalnością Polskiego Biura Podróży „Orbis” 1946-1947 (sygn. ISKr 168). C. Wydział III Rachunkowo-Kasowy. VII.Oddział Administracyjny. 34.Normatywy władz nadrzędnych i własne 1945-1947 (sygn. ISKr 169-171). VIII. Oddział Kontroli Rachunkowości. 35. Zestawienia sumaryczne- zamknięć ksiąg bierczy miast i gmin 1950 (sygn. ISKr 172-173). IX. Oddział Dochodów Budżetowych. 36. Sprawozdanie o dochodach budżetowych urzędu akcyzowego 1946 (sygn. ISKr 174). D.Wydział IV Akcyz i Monopolów. X. Oddział Administracyjny. 37. Normatywy Ministerstwa skarbu i własne 1946-1947 (sygn. ISKr 175-176). 38. Sprawy obsady stanowisk pracowników akcyzowych 1947-1950 (sygn. ISKr 177). 39. Szkolenie urzędników 1948-1949 (sygn. ISKr 178). 40. Sprawozdania miesięczne z działalności Wydziału IV i urzędów akcyzowych 1945 (sygn. ISKr 179-180). 41. Wykazy czynności urzędów skarbowych, akcyz i monopoli 1945 (sygn. ISKr 181). 42. Lustracje i inspekcje 1945,1947 (sygn. ISKr 182). 43. Ewidencja urzędowych pieczęci skarbowych, narzędzi kontrolnych i mierniczych 1947-1949 (sygn. ISKr 183-184). XI. Oddział Akcyzowo-Monopolowy. 44. Korespondencja w sprawach monopolu spirytusowego 1945-1948 (sygn. ISKr 185-186). 45. Wykazy przedsiębiorstw gastronomicznych, punktów sprzedaży alkoholi i wydanych zezwoleń na sprzedaż alkoholu 1946-1947 (sygn. ISKr 187). 46. Sprawozdania dot. nasycenia rynku w wyroby PMS, ustalenie cen spirytusu , sprawy sprzedaży i przydziału spirytusu, nielegalnego wyrobu wódek 1946-1948 (sygn. ISKr 188-195). 47. Sprawy gorzelnictwa , korespondencja, sprawozdania miesięczne, kontyngenty, kalkulacja cen 1946-1948 (sygn. ISKr 1196-202). 48. Korespondencja w sprawach wyrobu artykułów tytoniowych, browarów, soli 1945-1948 (sygn. ISKr 202-207). 49. Sprawy spożycia sacharyny 1945 (sygn. ISKr 208). 50. Sprawy pobierania podatków od olejów mineralnych 1945 (sygn. ISKr 209). 51. Akta dot. nowelizacji przepisów dot. środków słodzących 1945 (sygn. ISKr 210). 52. Sprawy artykułów perfumeryjno-kosmetycznych: wyrób, zezwolenia, wzory etykiet 1945-1949 (sygn. ISKr 211-213). 53. Akta dot. cen artykułów akcyzowo-monopolowych 1947 (sygn. ISKr 214). XII. Oddział Karny Skarbowy. 54. Wykazy spraw karno-skarbowych, przestępstw zaistniałych w monopolu tytoniowym 1945 (sygn. ISKr 215-216). 55. Fundusz na walkę z przestępczością 1945 (sygn. ISKr 217). 56. Doniesienia karne i walka z przestępczością, sprawy dobrowolny poddanie się karze 1945 (sygn. ISKr 218). XIII. Wydział V Opłat stemplowych. 57. Normatywy władz nadrzędnych i własne 1945-1950 (sygn. ISKr 220-221). XIV. Varia. 58. Akta dot. działalności Związków zawodowych i towarzystw zrzeszających urzędników oddziału krakowskiego 1945-1948 (sygn. ISKr 222-223).

Podstawą prawną działalności Izby Skarbowej w Krakowie był dekret Rady Ministrów z 1.04.1945 r. o ustroju władz administracji skarbowej oraz skarbowych organów wykonawczych, zmieniony następnie dekretem Rady Ministrów z 27.06.1946 r. Dekrety ustalały, że naczelne kierownictwo i nadzór nad administracją skarbową należeć będą do Ministerstwa Skarbu, zaś organami administracji skarbowej podległymi Ministerstwu będą izby skarbowe, komisje odwoławcze przy izbach skarbowych oraz dyrekcje – jako władze II instancji. Izbom skarbowym podporządkowano urzędy skarbowe, urzędy rewizyjne oraz urzędy akcyzowe jako władze I instancji. Rozporządzenie Ministra Skarbu z 23.02.1939 r. o organizacji zakresie działania izb skarbowych i podległych im urzędów i organów wykonawczych ustalało strukturę organizacyjną Izb Skarbowej, na której czele stał dyrektor, któremu podlegali naczelnicy wydziałów, a tym z kolei podlegali kierownicy oddziałów. Izba Skarbowa posiadała następujące wydziały: I Ogólny, II Podatków, III Rachunkowo-Kasowy, IV Akcyz i Monopolów, V Opłat stemplowych. Wydziały zajmowały się sprawami administracji, orzecznictwa i nadzoru w zakresie podległych sobie dziedzin, odpowiednio podatków, służby rachunkowo-kasowej, opłat stemplowych oraz podatków spadkowego. Izba Skarbowa w Krakowie w okresie swego istnienia przeszła kilka zmian organizacyjnych. W marcu 1945 r. na podstawie okólnika Ministra Skarbu zorganizowano w izbach wydziały VI-te zajmujące się sprawami emerytur i rent oraz innych świadczeń płatnych przez Skarb Państwa. Z kolei zarządzeniem Ministerstwa Skarbu z 25.04.1945 r. utworzono w Krakowie Urząd Rewizyjny, który zakresem działań objął dotychczasową działalność Oddziału Bilansowego w Wydziale II Podatków (z wyjątkiem agend nadzorczych i odwoławczych). Przy izbach skarbowych działały ponadto komisje odwoławcze, zorganizowane na mocy rozporządzenia Ministra skarbu z 18.01.1947 r. Komisje powoływano na 3 lata, a zajmowała się rozstrzyganiem odwołań osób fizycznych. Ostatniej reorganizacji izb dokonano w pocz. 1950 r. Powstały wówczas następujące wydziały: Budżetowy, Dochodów Państwowych, Karno-Skarbowy oraz jednoosobowy Oddział Inwestycyjny. W tym samym czasie rozwiązano Komisje Rewizyjne oraz Wydział Akcyz i Monopoli (w związku z likwidacja służby akcyzowej). Izba Skarbowa w Krakowie zakończyła swą działalność pod koniec czerwca 1950 r. z chwilą powstania Wydziału Finansowego Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie, powołanego do życia uchwałą Rady Ministrów z 17.04.1950 r. Nowopowstały Wydział Finansowy przejął wszystkie uprawnienia zlikwidowanej Izby Skarbowej w Krakowie.