Departament Prezydialny: Wydział Ogólny - normatywy, kontrola systemu pieniężnego, programy, recenzje, korespondencja, 1949-1952, sygn. 1-42, 3130-3131; Wydział Kontroli Wewnętrznej - kontrola Banku Inwestycyjnego 1948-1950, sygn. 43; Wydział Prawny - normatywy dotyczące postępowania karnego przeciw pracownikom państwowym 1949-1953, sygn. 44-47. Departament II - plany i sprawozdania własne i delegatur 1949-1952, sygn. 48-55; Wydział 1 -akta kontroli Kancelarii Cywilnej Prezydenta RP, Prezydium Rady Ministrów, Komitetu Ekonomicznego Ministrów 1949-1952, sygn. 56-90; Wydział 2 -akta kontroli Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego i Centralnego Urzędu Szkolenia Zawodowego 1949-1952, sygn. 91-120); Wydział 3 - akta kontroli Ministerstwa Obrony Narodowej, Powszechnej Organizacji „Służba Polsce”, Urzędu Kultury Fizycznej, Rady do Spraw Młodzieży i Kultury Fizycznej, Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, 1948-1953, sygn. 121-145, 3132; Wydział 4. - akta kontroli Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego 1948-1950, sygn. 147-153. Departament III – plany i sprawozdania Departamentu i delegatur, uwagi o zamknięciu rachunków państwa za lata 1947-1949, 1947-1949, sygn. 154-162; Wydział 1. - akta kontroli Kancelarii Sejmu, Kancelarii Rady Państwa, Komisji Specjalnej do Walki z Nadużyciami i Szkodnictwem Gospodarczym 1949-1953, sygn. 163-196; Wydział 2. - akta kontroli Ministerstwa Spraw Zagranicznych 1948-1952, sygn. 197-207); Wydział 3. - akta kontroli Ministerstwa Sprawiedliwości 1949-1952, sygn. 208-261; Wydział 4. - akta kontroli Ministerstwa Administracji Publicznej 1948-1953, sygn. 262-292; Wydział 5. - akta kontroli wewnętrznej, społecznej i nad samorządami 1948-1953, sygn. 293-463. Departament IV – plany i sprawozdania Departamentu i delegatur 1948-1953,sygn. 464-468; Wydział 1. - akta kontroli Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych 1949-1953, sygn. 469-779); Wydział 2. - akta kontroli Ministerstwa Leśnictwa 1949-1953, sygn. 780-950) Departament V - plany i sprawozdania Departamentu i delegatur 1949-1952,sygn. 951-959; Wydział 1. - akta kontro-li Ministerstwa Oświaty 1949-1952, sygn. 960-1085; Wydział 2. - akta kontroli Ministerstwa Kultury i Sztuki 1949-1953, sygn. 1086-1199; Wydział 3.- akta kontroli Ministerstwa Zdrowia, 1949-1953, sygn. 1200-1299; Wydział 4. - akta kontroli Ministerstwa Pracy i Opieki Społecznej, 1949-1953, sygn.1300-1355; Wydział 5.- akta kontroli organizacji społecznych dotowanych przez państwo, 1949-1953, sygn. 1365-1389, 3133-3134; Departament VI –plany pracy, sprawozdania z działalności departamentu i raporty z przebiegu kontroli 1949-1952, sygn. 1390-1400; Wydział 1. -akta kontroli Ministerstwa Komunikacji i Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowej w Szczecinie, 1948-1953, sygn. 1401-1487, 3135-3136; Wydział 2.- akta kontroli Ministerstwa Poczt i Telegrafów 1949-1953, sygn.. 1488-1549; Wydział 3. - akta kontroli Ministerstwa Żeglugi 1949-1953, sygn. 1550-1604; Wydział 4.- akta kontroli Ministerstwa Budownictwa i podległych zjednoczeń, 1949-1953, sygn. 1605-1727, 3137-3138; Departament VII – plany i sprawozdania Departamentu, plan kontroli NIK na rok 1952, 1949-1952, sygn. 1728-1742; Wydział 1. - akta kontroli Ministerstwa Górnictwa i Energetyki i Kopalni Soi w Wapnie, 1949-1953, sygn. 1743-1837, 3139; Wydział 2. -akta kontroli Ministerstwa Przemysłu Ciężkiego 1949-1953, sygn.1838-2022; Wydział 3.- akta kontroli Ministerstwa Przemysłu Lekkiego i podległych zjednoczeń, 1949-1953, sygn. 2023-2325, 3140; Wydział 4. - akta kontroli Ministerstwa Przemysłu Rolnego i Spożywczego 1949-1953, sygn. 2326-2428 Departament VIII - plany i sprawozdania Departamentu i delegatur 1949-1953,sygn. 2429-2453); Wydział 1.-akta kontroli Ministerstwa Handlu Wewnętrznego i podległych central, 1949-1953, sygn. 2454-2838, 3141; Wydział 2.-akta kontroli Ministerstwa Handlu Zagranicznego 1949-1953, sygn. 2839-2893). Departament IX - plany i sprawozdania Departamentu i delegatur, plan kontroli NIK na rok 1952, 1949-1953, sygn. 2894-2908; Wydział 1. -akta kontroli Ministerstwa Skarbu 1949-1953, sygn.. 2909-2998; Wydział 2. -akta kontroli banków 1949-1953, sygn. 2999-3042 Biuro Studiów, Planowania i Sprawozdawczości: Wydział Planowania i Sprawozdawczości 1949-1952, sygn. 3043-3094 3129; Wydział Organizacyjny 1951, 1952, sygn. 3095-3113; Wydział Ekonomiczny: 1951, 1952, sygn. 3114-3116 Biuro Finansowo-Gospodarcze: Wydział Administracyjno-Gospodarczy 1950-1952, sygn. 3121-3124 Biuro Ekonomiczno –Podawcze 1949, sygn. 3125 Varia: sprawozdania 1950, sygn. 3126-3128. Sygnatury złożone: 1a,b, 60a, 70a, 71a, 115a, 124a, 129a, 132a,b, 151a, 496a, 838a, 923a, 1417a, 3087a, 1549a, 1918a.

Początki działalności kontroli państwowej sięgają 1944r., kiedy to w ustawie z 11 września o organizacji i zakresie działania rad narodowych zapisano, iż do momentu powołania wyspecjalizowanej instytucji kontroli jej kompetencje przejmie Biuro Kontroli przy Prezydium Krajowej Rady Narodowej (od 1947r. Biuro to doraźnie podlegało Radzie Państwa). Najwyższa Izba Kontroli powołana została do życia na mocy zapisów ustawy z 9 marca 1949r. o kontroli państwowej. Formalnie ustawa gwarantowała Izbie niezależność od organów władzy wykonawczej, w rzeczywistości jednak nadal podporządkowana była Radzie Państwa. Do zadań Izby należało: wykonywanie planowej i dorywczej kontroli państwowej polegającej na badaniu z punktu widzenia zgodności z wytycznymi polityki państwowej oraz planami gospodarczymi, a także pod kątem finansowym, gospodarczym, organizacyjnym i administracyjnym działalności naczelnych władz i instytucji administracji państwowej i gospodarki narodowej, ponadto nadzorowanie i koordynowanie działalności kontroli wewnętrznej (resortowej). Zapisy ustawy z 22 listopada 1952r. zniosły Izbę, powołując w jej miejsce Ministerstwo Kontroli Państwowej.