Spuścizna stanowi niewielki, ocalały ze zniszczeń wojennych fragment papierów pozostawionych przez Józefa Siemieńskiego. Spośród prac naukowych na czoło wysuwa się angielski tekst pracy "Międzynarodowe spadkobranie archiwów" oraz fragmenty tłumaczenia na język polski, fragment "Cambridge History of Poland" pod tytułem "Przemiany ustrojowe, polityczne i społeczne w ciągu wieków XV i XVI" oraz fragmenty rozprawy o sejmikach. W spuściźnie znajduje się również tekst referatu wygłoszonego w trakcie obrad XIII Międzynarodowego Kongresu Nauk Historycznych w Zurychu w 1938 roku zatytułowany "Respect des fonds. Application internationale", a także tekst nie dokończonego artykułu "Polskie zbiory rękopisów przed wojną, podczas wojny i po wojnie". Wśród materiałów warsztatowych znajduje się między innymi fragment diariusza senatu w czasie sejmu 1592 roku (wypis z akt byłego Archiwum Tyszkiewiczów z Birż). W grupie materiałów związanych z działalnością zawodową i dydaktyczną przeważają akta z okresu urzędowania Józefa Siemieńskiego w Archiwum Głównym Akt Dawnych: znajduje się tu program prac Archiwum Głównego Akt Dawnych w 1939 roku, charakterystyka pracowników naukowych Archiwum Głównego Akt Dawnych, notatki dotyczące planu prac w archiwach państwowych oraz memoriał w sprawie urzędników służby naukowej. W grupie materiałów biograficznych znajdują się fotografie, notatki Jadwigi Karwasińskiej dotyczące bibliografii prac, wykładów, odczytów i wystaw, uwagi Józefa Siemieńskiego o seminarium Oswalda Balzera. W spuściźnie zachowała się nieliczna korespondencja Józefa Siemieńskiego: listy do Jadwigi Karwasińskiej oraz dyrektora Komisji Oceny Książek Historycznych, ponadto listy od Heleny Piskowskiej, Stanisława Ptaszyckiego, Antoniego Martela oraz delegacji Rzeczypospolitej Polskiej w Specjalnej Komisji Mieszanej w Moskwie. Wśród materiałów osób obcych znajdują się notatki, referat i korespondencja profesor Jadwigi Karwasińskiej dotyczące działalności naukowej i twórczości rękopiśmiennej Józefa Siemieńskiego. W grupie załączników znajdują się między innymi publikacje Józefa Siemieńskiego lub dedykowane mu prace.

Docent Uniwersytetu Warszawskiego, profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego, dyrektor Archiwum Głównego Akt Dawnych, członek Polskiej Akademii Umiejetności, Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, działacz Polskiego Towarzystwa Historycznego