Sekretariat Ministra: protokoły posiedzeń Kierownictwa, materiały na posiedzenia, decyzje, zarządzenia Ministra Transportu, regulaminy organizacyjne, współpraca, instrukcje, sprawozdania z służbowych wyjazdów zagranicznych, korespondencja, 2006-2007, [2008], sygn. 1-70; Sekretarz Stanu: materiały z posiedzeń komisji międzyresortowych, 2006-2007, sygn. 71-72; Gabinet Polityczny: współpraca z sejmowymi, senackimi komisjami, z Kancelarią Prezydenta, Kancelarią Prezesa Rady Ministrów z ministerstwami i centralnymi urzędami, 2006-2007, sygn. 74-80; Biuro Dyrektora Generalnego: upoważnienia, pełnomocnictwa, zarządzenia, współpraca z ministerstwami i centralnymi urzędami, nabywanie i zbywanie nieruchomości, uznawanie kwalifikacji obywateli Unii Europejskiej w ramach swobodnego przepływu osób, [1998-2005] 2006-2007, sygn. 81-106; Biuro Administracyjne: zarządzenia, analizy, sprawozdania, nadzór właścicielski nad procesami likwidacyjnymi przedsiębiorstw, 2006-2007, sygn. 107-115; Biuro Audytu Wewnętrznego: współpraca z ministerstwami i centralnymi urzędami, odznaki honorowe, nabywanie i zbywanie nieruchomości przez Ministerstwo Transportu, techniki i procedury audytu wewnętrznego [2005] 2006-2007, sygn. 116-123; Biuro Informacji i Promocji: współpraca z mediami, 2006-2007, sygn. 124-127; Biuro Ochrony Informacji Niejawnych: budowa systemów, programów, stron internetowych, współpraca z ministerstwami i centralnym urzędami, 2006-2007, sygn. 128-129; Departament Budżetu i Finansowania: decyzje Ministra, projekty rozporządzeń, plany, programy, fundusze strukturalne, skargi i wnioski, współpraca z komisjami senackimi i sejmowymi, z ministerstwami i centralnymi urzędami, kontrole, [1994-2005] 2006-2007, sygn. 130-163, 1864-1871; Departament Inwestycji i Analiz Ekonomicznych: plany jednostek nadzorowanych, sprawozdania, planowanie budżetu, współpraca, kontrole, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, 2006-2007, sygn. 164-169, 1855-1863; Departament Planowania Strategicznego i Polityki Transportowej: upoważnienia, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, wnioski o autoryzację, opinie, oceny, decyzje, 2006-2007, sygn. 170-176; Departament Prawny: decyzje, komunikaty, obwieszczenia, rozporządzenia Ministra, projekty rozporządzeń, projektu uchwał Rady Ministrów, programy prac, dostosowanie polskich przepisów do europejskiego prawa wspólnotowego, opiniowanie, [2005] 2006-2007 [2008], sygn. 177-354, 1875-1898, 1912; Departament Kontroli, Skarg i Wniosków: plany kontroli, protokoły kontroli, informacje, wystąpienia pokontrolne, [2005] 2006-2007 [2008], sygn. 355-394, 1899; Departament Współpracy z Zagranicą i Organizacji Międzynarodowych: umowy, porozumienia, udział w posiedzeniach grup roboczych za granicą i w kraju, 2006-2007, sygn. 395-470, 1872-1874; Departament Rządowego Programu Budowy Dróg i Autostrad: organizacja jednostek podległych i nadzorowanych, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, współpraca, polityka regionalna, ekspertyzy, 2006-2007, sygn, 472-500, 1506-1507; Departament Dróg i Transportu Drogowego: decyzje, rozporządzenia Ministra, sprawozdania, skargi i wnioski, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, współpraca, polityka regionalna w zakresie rozwoju infrastruktury, odstępstwa od warunków technicznych, finansowanie dróg z rezerwy budżetowej, 2006-2007, sygn. 501-716; Departament Kolei i Transportu Kolejowego: decyzje, rozporządzenia Ministra, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, strategi rozwoju, odstępstwa od warunków technicznych, nadzór właścicielski nad rozporządzaniem składnikami mienia PKP S.A., PKP PLK S.A., transport kolejowy, wnioski, współpraca, 2006-2007, sygn. 717-950, 1501-1505; Departament Transportu Lotniczego: strategia rozwoju, korespondencja, Rada Ochrony i Ułatwień Lotnictwa Cywilnego - sprawozdanie z posiedzenia, , plan posiedzeń, skład; informacje, 2006-2007, sygn. 951-981,1508-1511; Departament Poczty: projekt ustawy, rozporządzenia Ministra, interpretacja przepisów prawnych, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, współpraca, umowy wielostronne, kontrole, plany techniczne, [2003-2005] 2006-2007, sygn. 982-1017; Departament Telekomunikacji: rozporządzenia Ministra, odpowiedzi na interpelacje i zapytania poselskie, współpraca, [2004-2005] 2006-2007, sygn. 1018-1029; Departament Spraw Obronnych: kontrole, realizacja budżetu, 2007, sygn. 1030-1031; Gospodarstwo Pomocnicze: decyzje Ministra, regulamin, pieczęcie urzędowe, plan finansowy, sprawozdania, 2006, sygn. 1032-1038; Państwowa Komisja Badania wypadków Lotniczych: raptory z wypadów, [2003-2005] 2006-2007, sygn. 1039-1500; Departament Funduszu Spójności: projekty zgłoszone i niezrealizowane, sprawozdawczość finansowa, podręczniki procedur, współpraca z Komitetem Europejskim Rady Ministrów, [2003-2005] 2006-2007, sygn. 1512-1854; Sekretariat Krajowej Rady Bezpieczeństwa Ruchu Drogowego: konferencje, spotkania, narady, akty normatywne, interpretacja przepisów prawnych, ewidencja skarg i wniosków, współpraca z mediami, 2007, sygn. 1900-1911.

sygn. 1501-1912 poddane fumigacji w 2021 r.