1 września 1874 r. (data za Przeglądem Tygodniowym 1874 nr 36) pani Izabela Smolikowska założyła w Warszawie prywatną, początkowo 4-klasową pensję dla dziewcząt. Rok założenia szkoły to dziesięć lat po stłumieniu powstania styczniowego - okres, w którym wedle zamierzeń zaborców szkoła miała być narzędziem rusyfikacji polskiej młodzieży. Pensja mieściła się w kamienicy czynszowej przy ul. Marszałkowskiej 122 (róg ul. Zgoda i Sienkiewicza). Prowadzono zajęcia z zakresu religii, moralności, języka polskiego, francuskiego, niemieckiego, literatury, kaligrafii, historii Polski i wielu innych przedmiotów. Potajemnie nauczano prawdziwej historii Polski i literatury polskiej. Od roku 1896 szkoła stała się własnością Pauliny Hewelke, która jako pierwsza w Warszawie założyła na swej pensji pracownię fizyczną i chemiczną. Od 1907 r. pensja miała siedem klas, w 1916 r. była już szkołą 8-klasową. W pierwszym roku po uzyskaniu niepodległości pensja uzyskuje status szkoły państwowej oraz otrzymuje imię naszej Patronki i numer IX jako pierwsze żeńskie gimnazjum w Warszawie (numery I-VIII zarezerwowane były dla szkół męskich). I tak od roku 1919 Państwowe Gimnazjum i Liceum im. Klementyny z Tańskich Hoffmanowej funkcjonuje do roku 1933 pod dyrekcją pani Heleny Goski, potem do roku 1944 pod dyrekcją dr Władysławy Hoszowskiej. Szkoła nie przerwała działalności w okresie okupacji hitlerowskiej. Na tajnych kompletach w prywatnych mieszkaniach pod różnymi szyldami - jako Ognisko Świetlicowe, Szkoła Gospodarstwa Domowego, Szkoły Modniarsko-Czapniczej przerabiano zakazany przez okupanta program liceum ogólnokształcącego i wydawano matury. Działała także w konspiracji, istniejąca od 1914 roku drużyna harcerska. Po zakończeniu wojny, w zburzonej Warszawie, szkoła podjęła pracę w gmachu przy ulicy Polnej 46a, skąd w roku 1961 została przeniesiona do swej obecnej siedziby przy ulicy Emilii Plater 29. W tym samym roku szkoła – dotąd żeńska – stała się koedukacyjna. Z dniem 1 września 2002 roku Uchwałą Nr 1810/LXXVI/2002 Rady Gminy Warszawa-Centrum liceum o 4-letnim cyklu kształcenia na podbudowie ośmioletniej szkoły podstawowej zostało przekształcone w liceum o 3-letnim cyklu kształcenia na podbudowie gimnazjum. W roku 2005 klasy trzecie zdawały maturę zgodnie z nowym regulaminem. Z dniem 1 września 2013 roku Uchwałą Rady Miasta Nr L/1455/2013 IX Liceum Ogólnokształcące im. Klementyny Hoffmanowej utworzyło razem z sąsiadującym Gimnazjum Nr 43 im. Wojska Polskiego Zespół Szkół nr 125. Pełniącą obowiązki dyrektora szkoły została Zofia Pietrzak. W marcu kolejnego roku szkoła została przeniesiona do nowej siedziby przy ul. Hożej 88 w Warszawie.