Akta z pierwszego okresu działalności /1904-1915/ więzienia nie zachowały się. Z następnych okresów /1916-1918, 1919-1939, 1940-1944/ zachowały się głównie akta osobowe więźniów oraz ok. 510 akt ogólnych i akt ewidencyjnych /skorowidze osobowe, księgi więźniów śledczych i karnych/. Akta więźniów politycznych nie zostały przekazane do Archiwum Państwowego. Dlatego zachodzi konieczność uzupełnienia inwentarza zespołu informacją o przechowywanych aktach tego zespołu poza Archiwum. Zachowane akta osobowe dotyczę więźniów karnych i śledczych odbywających kary za przestępstwa takie jak: naruszenie przepisów prawa wojennego /pierwsze lata z okresu dwudziestolecia międzywojennego/, szpiegostwo, posiadanie broni, przemyt, kradzieże, fałszerstwa, rabunki, gwałty, nielegalny handel, opór władzy, podpalenie, przemyt, morderstwa i sutenerstwa. Poszczególne teczki osobowe zawierają znaczną ilość dokumentów dotyczących osoby wiezionej /informacja o sprawie karnej, w której odbywa więzień karę, odpisy aktów oskarżenia i wyroku, karty zdrowia więźnia, akta zgonów w przypadku śmierci odbywającego karę, korespondencje/. Akta osobowe więźniów ze wzglądu na znaczny stopień zachowania mają dużą wartość w badaniach historycznych, socjologicznych itp. Akta ogólne zawieraj materiały organizacyjne, które mogą być pomocne przy opracowaniach dotyczących więziennictwa, a przede wszystkim Więzienia Mokotowskiego. Opracowując rozdział I wstępu w znacznej mierze oparto sic na aktach zespołu. Zespół „Więzienie Karne Warszawa Mokotów” jest jedynym dobrze zachowanym tego typu zespołem przechowywanym w archiwach państwowych.

Dnia 26 września 1902 r. w Mokotowie pod Warszawą, przy drodze Rakowieckiej, miało miejsce położenia kamienia węgielnego pod budowę więzienia poprawczego. Otwarcie więzienia mokotowskiego nastąpiło w dniu 24 listopada 1904 r. Pierwszy okres działalności więzienia mokotowskiego zakończył wybuch I wojny światowej i opuszczenie Warszawy przez władze carskie w połowie 1915 r. Dokumentacja z tego okresu nie zachowała się. Następny okres działalności więzienia przypada na czas pierwszej okupacji niemieckiej w Warszawie. W sierpniu 1915 r. wojska niemieckie ustanowiły nowe władze. Powstała wówczas Cesarsko-Niemiecka Dyrekcja Więzienna sprawująca nadzór nad więzieniem mokotowskim, które otrzymało nazwę: Strafgefangnis zu Mokotów. Na czele więzienia stał naczelnik. W roku 1916 obszar Warszawy został zwiększony, a droga Rakowiecka przy której znajdowało się więzienie, włączona w nowa granice. Od tego momentu więzienie ma nową nazwę: Gefangnis Warschau-Mokotów. Generał Gubernator Hans von Bessemer rozporządzeniem wykonawczym z dnia 11 sierpnia 1917 r. oddał wymiar sprawiedliwości, z wyjątkiem spraw, które z mocy prawa międzynarodowego przysługiwały mocarstwu okupacyjnemu, urzędom polskim. Nadzór zwierzchni, ogólny, nad wymiarem sprawiedliwości w Generał Gubernatorstwie Warszawskim sprawował generał Gubernator. Spod właściwości urzędów wymiaru sprawiedliwości wyłączono więziennictwo. Przejęcie więzienia od byłych władz okupacyjnych przez władze polskie nastąpiło z dniem 1 września 1918 r. W Ministerstwie Sprawiedliwości utworzono sekcję więzienną. Dnia 7 lutego 1919 r. wydano dekret dotyczący organizacji Okręgowych Dyrekcji Więziennych. Utworzono wówczas pięć dyrekcji. Dwie z nich działały w Warszawie. Były to Dyrekcja Warszawska oraz Dyrekcja w Mokotowie. Dyrekcja Warszawska obejmowała swoim zasięgiem więzienia w warszawskim okręgu sądowym (z wyjątkiem miasta i powiatu warszawskiego), płockim, mławskim, włocławskim i łowickim. Dyrekcja w Mokotowie sprawowała nadzór nad więzieniami w Warszawie i powiecie warszawskim, w okręgach sądowych łomżyńskim i siedleckim. Dyrekcja w Mokotowie została zlikwidowana na mocy rozporządzenia a dnia 23 maja 1919 r. jej kompetencje przejęła Dyrekcja warszawska. Od maja 1919 r. więzienie mokotowskie podlegało Warszawskiej Okręgowej Dyrekcji Więziennej i funkcjonowało pod nazwą „Więzienie Karne w Mokotowie”. Rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 7 marca 1928 r. została wprowadzona nowa organizacja więziennictwa w Polsce. Funkcjonujące w Polsce więzienia w zależności od liczby więźniów w nich przebywających i wysokości odbywanej kary zostały podzielone na 3 klasy. Więzienie karne w Mokotowie zostało zaliczone, na podstawie rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 czerwca 1928 r., do klasy pierwszej, tzn. przewidywano, iż przebywać tam będzie ponad 450 więźniów, a najniższy wymiar kary wynosić będzie 3 lata. Po wkroczeniu okupanta do Warszawy więzienie przejęły władze wojskowe. One też prowadziły ewidencję więźniów osadzonych na polecenie właściwej władzy do dnia 17 I 1940 r. Więzienie podlegało wówczas Zarządowi Zakładów Karnych i nosiło nazwę (do połowy 1942 r.) Gefängnis Warschau, a następnie Deutsche Strafanstalt Warschau. Zachowane akta nie zawierają informacji o działalności więzienia po 1 VIII 1944 r.