Pełna historia Szpitala sięga XVIII wieku. W 1732 r., francuski ksiądz misjonarz ze Zgromadzenia św. Wincentego a Paulo – Gabriel Piotr Baudouin (spolszczone nazwisko Boduen) założył na Krakowskim Przedmieściu Dom Podrzutków, który w dalszych latach został przeniesiony do owej siedziby na placu Wareckim, a w 1758 r., na mocy dekretu króla Augusta III, przekształcony w Szpital Generalny Dzieciątka Jezus. Szpital miał stanowić instytucję centralną dla miasta, pełniącą funkcje lecznicze i opiekuńcze dla ubogich chorych, ciężarnych kobiet, kalek, starców, obłąkanych, żebraków i podrzutków. Szpital pozostawał pod nadzorem misjonarzy, zaś ksiądz Boduen mianowany został pierwszym, dożywotnim rektorem Szpitala. Szybki rozwój Warszawy i niedobór łóżek szpitalnych spowodowały decyzję o budowie nowego szpitala. Obiekt zaprojektował architekt warszawski – Józef Pius Dziekoński i w latach 1897-1901, na terenie ówczesnego tzw. folwarku Świętokrzyskiego (obszaru oddalonego wówczas od centrum miasta) zbudowano Szpital w obecnej siedzibie. Oddany do użytku w 1901 r. nowy Szpital Dzieciątka Jezus składał się z 22 budynków, dysponował 727 łóżkami dla chorych dorosłych oraz dzieci, był największym i najbardziej nowoczesnym zakładem leczniczym w Polsce, w pełni spełniającym wymagania ówczesnych standardów europejskich. Na terenie Szpitala znalazły siedzibę 4 Kliniki Uniwersyteckie oraz Instytut Anatomo-patologiczny, będące miejscem szkolenia studentów medycyny. W skład Szpitala wchodziły także: 3 pawilony terapeutyczne, 2 pawilony chirurgiczne, pawilon ginekologiczno-internistyczny, budynki stanowiące zaplecze administracyjno-gospodarcze Szpitala a także kaplica katolicka i cerkiew prawosławna. Naprzeciw tego kompleksu, przy pl. Starynkiewicza mieścił się Instytut Położniczy, a w przylegających budynkach przy ul. Nowogrodzkiej – Domy Wychowawcze dla małych i starszych dzieci oraz barak izolacyjny dla dzieci chorych na choroby zakaźne. W 1907 r. zarząd nad Szpitalem przejął Magistrat miasta Warszawy, a opieką nad chorymi i sprawami gospodarczymi Szpitala zajmowały się głównie Siostry Szarytki. W okresie I wojny światowej i w latach bezpośrednio powojennych, pomimo trudności ekonomicznych i kadrowych, Szpital Dzieciątka Jezus działał ofiarnie na rzecz społeczeństwa, co utrwaliło jego wysoką rangę w życiu społecznym i medycznym nie tylko mieszkańców Warszawy ale i Polski. Okres międzywojenny charakteryzował rozkwit medycyny klinicznej w Szpitalu Dzieciątka Jezus, zwłaszcza takich dziedzin jak choroby wewnętrzne, chirurgia, neurologia. Szpital był siedzibą 5 Klinik Uniwersyteckich oraz 11 oddziałów specjalistycznych, dysponował bardzo nowoczesnym zapleczem radiologicznym i laboratoryjnym. W latach międzywojennych wybudowano przy ul. Oczki Ambulatorium Szpitalne wraz z Zakładem Przyrodoleczniczym. W 1939 roku Szpital dysponował 1023 łóżkami. Okres II wojny światowej przyniósł Szpitalowi Dzieciątka Jezus olbrzymie straty ludzkie i materialne. Zginęło kilkuset chorych i kilkudziesięciu pracowników Szpitala, uszkodzony został każdy szpitalny pawilon, a niemal całkowitemu zniszczeniu uległ budynek administracyjny. W czasie wojny Szpital zapisał chlubną kartę w dziejach Ruchu Oporu, dawał schronienie ukrywającym się bojownikom Polski Podziemnej, pomagał prześladowanej ludności żydowskiej. Na terenie Szpitala odbywało się tajne nauczanie studentów medycyny w ramach tzw. Szkoły Zaorskiego. W czasie okupacji hitlerowskiej, szczególnie w okresie poprzedzającym wybuch Powstania Warszawskiego, Szpital intensywnie szkolił personel medyczny, gromadził broń, leki i materiały opatrunkowe dla potrzeb Polski Walczącej. W sierpniu 1944 r. chorzy i personel Szpitala zostali przymusowo ewakuowani do Milanówka, Grodziska i Piastowa. W tym czasie okupant wywoził sprzęt, aparaturę i wszelkie dobra materialne Szpitala. Po wyzwoleniu Warszawy, olbrzymim wysiłkiem organizacyjnym dyrekcji i pracowników Szpitala oraz ogromnymi nakładami finansowymi z kraju i z zagranicy, już w lipcu 1945 roku doprowadzono do uruchomienia 300 łóżek szpitalnych, natomiast w 1946 r. czynnych już było 1200 łóżek dla osób dorosłych oraz 40 łóżek noworodkowych. Szpital stał się siedzibą sześciu Klinik Uniwersyteckich, kierowanych przez znanych w kraju i za granicą wybitnych profesorów. Byli to: prof. W.Orłowski, prof. A.Biernacki (interniści), prof. T.Butkiewicz (chirurg), prof. A.Czyżewicz (ginekolog), prof. A.Dobrzański (laryngolog), prof. W.Melanowski (okulista), prof. A.Opalski (neurolog). Kierownictwo Centralnego Instytutu Urazowego mieszczącego się na terenie Szpitala objął prof. A.Gruca. W 1950 r. Szpital Dzieciątka Jezus stał się jednostką podległą Akademii Medycznej w Warszawie (utworzonej w miejsce Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego). Od tej chwili, działając pod nazwą Państwowy Szpital Kliniczny Nr 1, stał się ważną bazą nauczania przedmiotów klinicznych dla studentów Akademii Medycznej oraz szkolenia specjalistycznego lekarzy, pielęgniarek i położnych. Ożywiona działalność kliniczna i naukowa prowadzona pod kierunkiem wybitnych specjalistów polskiej medycyny, zaowocowała rozwojem wielu dziedzin medycyny, takich jak nowoczesna interna, kardiologia, ortopedia, urologia, okulistyka, laryngologia, ginekologia i położnictwo, neurologia i neurochirurgia, dermatologia, chirurgia naczyń obwodowych, układu wrotnego i naczyń limfatycznych, anestezjologia, chirurgia szczękowa. Tutaj zrodziła się polska transplantologia. Szpital stał się wysokospecjalistycznym zakładem służy zdrowia dysponującym nowoczesnymi metodami diagnostyki i leczenia, obsługującym chorych nie tylko z Warszawy, ale z terenu całej Polski i z zagranicy. W uznaniu wkładu Szpitala w sprawowanie opieki medycznej nad mieszkańcami Warszawy, w 1982 r. Rada Narodowa m.st.Warszawy nadała PSK Nr 1 złotą odznakę „Za zasługi dla Warszawy”. W ramach reorganizacji związanej z uruchomieniem Centralnego Szpitala Klinicznego Akademii Medycznej przy ul. Banacha, w latach 1975-1986 przeniesiono tam dotychczas działające w PSK Nr 1 Kliniki: Laryngologiczną, Neurochirurgiczną, Neurologiczną, Kliniki Chorób Wewnętrznych i Kliniki Chirurgiczne. Ich miejsce zajęły Kliniki Instytutu Stomatologii. W 1990 r. podjęto działania na rzecz przywrócenia Szpitalowi nazwy „Dzieciątka Jezus”. Starania te uwieńczone zostały sukcesem w 1992 roku. Śródmiejska lokalizacja Szpitala oraz jego wysokospecjalistyczne zaplecze medyczne z największą Kliniką Ortopedyczną w Polsce spowodowały, że uznano Szpital za Centrum Leczenia Obrażeń, mogące w oparciu o istniejące kliniki oferować kompleksowe usługi w dziedzinie leczenia urazów i innych stanów zagrożenia życia. W grudniu 1998 r., na mocy rozporządzenia Ministra Zdrowia, Szpital otrzymał nazwę Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej, Szpital Kliniczny Dzieciątka Jezus – Centrum Leczenia Obrażeń. Z dniem 01 maja 2006 r. Dyrektora Szpitala zarządzeniem wprowadził obowiązek całodobowych ostrych dyżurów w Klinice Ortopedii i Traumatologii Narządu Ruchu oraz w Klinice Okulistyki. Od 01 stycznia 2008r. rozpoczęto wdrażanie Szpitalnego Systemu Informatycznego InfoMedica, służącego kompleksowej, elektronicznej rejestracji i obsłudze pacjentów w Klinikach, Poradniach i Gabinetach. Wprowadzenie przez Narodowy Fundusz Zdrowia nowego sposobu rozliczania pacjentów wymusiło na szpitalach ograniczenia w sposobie przyjmowania pacjentów z innych placówek leczniczych, celem hospitalizacji. Od tej chwili każdorazowe przyjęcie pacjenta z innego szpitala musi być poprzedzone zgodą Dyrektora Szpitala, zobligowanego do występowania do NFZ z prośba o zgodę na sfinansowanie specjalistycznego leczenia. Efektem tych działań stała się zwiększona ilość skarg i wniosków pacjentów, co w konsekwencji wymusiło powołanie z dniem 04 lutego 2009r Szpitalnego Rzecznika Praw Pacjenta. W grudniu 2009r., na mocy porozumienia podpisanego 16 lipca 2009r nastąpiło przyłączenie do struktur Szpitalnych Lecznicy Centrum Lecznictwa Ogólnego i Geriatrii w Warszawie. Wobec rozwoju polskiej transplantologii i mając na względzie coraz większe zapotrzebowanie na dokonywanie przeszczepów narządów 14 maja 2010r zarządzeniem Dyrektora Szpitala powołany został Ośrodek Kwalifikujący do przeszczepiania. Na podstawie uchwały Senatu Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego z dnia 30 stycznia 2012 r. oraz w oparciu o postanowienie Sądu Rejonowego m. st. Warszawy Wydział Gospodarczy z dniem 1 marca 2012 r. nazwa Szpitala Klinicznego Dzieciątka Jezus – Centrum Leczenia Obrażeń uległa zmianie. Nowa nazwa brzmi: Szpital Kliniczny Dzieciątka Jezus. Z dniem 31 grudnia 2013r. decyzją Rady Społecznej oraz Senatu Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, ze struktur Szpitala wydzielona została Klinika Położnictwa i Ginekologii i przekształcona w Uniwersyteckie Centrum Zdrowia Kobiety i Noworodka Sp. z o.o. Aktualnie, mimo wzrastającej liczby przypadków chorobowych i urazowych, związanych m.in. ze starzeniem się społeczeństwa, Szpital Kliniczny Dzieciątka Jezus dysponuje 526 łóżkami. Jest to o 201 łóżek mniej niż w początkach działalności.