Muzeum ma siedzibę w Opolu i w Łambinowicach. W Opolu znajduje się Dyrekcja oraz Dział Naukowy, Archiwum, Dział Finansowy, Dział Administracyjno-Gospodarczy oraz Sekcja Komunikacji i Wizerunku. W Łambinowicach: Dział Zbiorów i Konserwacji oraz Dział Edukacji i Wystaw.

Muzeum powstało w sierpniu 1964 r. jako oddział Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu pod nazwą Muzeum Martyrologii Jeńców Wojennych w Łambinowicach. Decyzją Ministerstwa Kultury i Sztuki z sierpnia 1965 r. zostało wyłączone spośród muzeów okręgu opolskiego i podniesione do rangi muzeum państwowego o zasięgu krajowym, podporządkowane Zarządowi Muzeów i ochrony Zabytków w Ministerstwie Kultury i Sztuki w Warszawie. Decyzja ta została wprowadzona w życie 1 stycznia 1966 r., tj. po mianowaniu na stanowisko dyrektora muzeum Stefana O. Popiołka. We wrześniu 1973 r. na wniosek Rady Muzealnej Minister Kultury i Sztuki znowelizował statut i zmienił nazwę muzeum na Muzeum Martyrologii i Walki Jeńców Wojennych w Łambinowicach. Od 1984 do 2017 nosiło nazwę Centralne Muzeum Jeńców Wojennych w Łambinowicach-Opolu. 1 stycznia 1999 r., w wyniku reformy administracyjnej kraju, muzeum zostało podporządkowane władzom samorządowym województwa opolskiego. Organizatorem muzeum było Województwo Opolskie. Ogólny nadzór nad muzeum sprawował Minister Kultury, a bezpośredni – Zarząd Województwa Opolskiego. W 2017 r. muzeum otrzymało nowy statut. Nastąpiła zmiana nazwy na: Centralne Muzeum Jeńców Wojennych. Organizatorami są: Województwo Opolskie oraz Minister właściwy do spraw kultury i ochrony dziedzictwa narodowego. Muzeum wpisane jest do Państwowego Rejestru Muzeów prowadzonego przez Ministra Kultury i jest uprawnione do używania nazwy „muzeum rejestrowane”. Wpisane też jest do rejestru samorządowych instytucji kultury prowadzonego przez Zarząd Województwa Opolskiego i posiada osobowość prawną.

Do zakresu działania Muzeum należy gromadzenie, przechowywanie, konserwacja, naukowe opracowywanie i udostępnianie zbiorów, badania naukowe i popularyzacja problematyki dwóch systemów jenieckich - niemieckiego i radzieckiego w latach II wojny światowej, przede wszystkim losów polskich jeńców wojennych w tych systemach, a także polskich żołnierzy internowanych w krajach neutralnych. Ważne miejsce w tej działalności zajmują dzieje obozów jenieckich Lamsdorf i obozu pracy w Łambinowicach. Prac Muzeum nie ogranicza cezura lat 1939–1945. Na zasób archiwalny Centralnego Muzeum Jeńców Wojennych składają się dokumenty dotyczące jeńców wojennych (głównie polskich), przetrzymywanych w latach II wojny światowej w obozach jenieckich na terenie III Rzeszy, a także ZSRR i w obozach dla internowanych.