Papieski Instytut Studiów Kościelnych zajmuje się rejestracją, gromadzeniem, zabezpieczeniem, opracowywaniem i udostępnianiem materiałów z zakresu działalności Kościoła w Polsce oraz na terenach jego oddziaływania w ciągu wieków. Interesuje się również innymi materiałami dotyczącymi historii Polski. Organizatorem tej instytucji z ramienia kard. Stefana Wyszyńskiego, Prymasa Polski, był jezuita Eugeniusz Reczek (1917-1971), współorganizator i pierwszy kierownik działającego przy Katolickim Uniwersytecie Lubelskim Ośrodka Archiwów, Bibliotek i Muzeów Kościelnych.

W ramach prac wyżej wymienionego Ośrodka, ks. Reczek wyjechał pod koniec 1957 r. za granicę celem zorientowania się w możliwościach i formach prowadzenia tego typu działalności. Głównym obiektem jego zainteresowań były archiwalia polskie lub dotyczące Polski znajdujące się w różnych zbiorach zagranicznych, zwłaszcza w archiwach i bibliotekach Stolicy Apostolskiej. Zapoznał się też z organizacją podobnych instytucji w Europie Zachodniej i Stanach Zjednoczonych. Wkrótce rozpoczął systematyczną kwerendę w Archiwum Watykańskim i w Bibliotece Watykańskiej.

W wyniku wstępnej umowy z grudnia 1962 r. jezuici z Prowincji Wielkopolsko-Mazowieckiej podjęli się zorganizowania w Rzymie stałej placówki, której Ksiądz Prymas miał zapewnić pomoc finansową. Przez pierwsze lata Instytut miał swoją siedzibę w centrum starożytnego Rzymu, przy via Mecenate 37, zaś od 1974 r. mieści się on przy Piazza Cairoli 117.

Podstawowym zadaniem nowego ośrodka były systematyczne poszukiwania i rejestracja wspomnianej dokumentacji oraz możliwie szybkie udostępnianie jej naukowcom w kraju. Oprócz poszukiwań archiwalnych, nie mniej pilną sprawą okazała się kwestia informowania obcokrajowców o sytuacji Kościoła w Polsce, pomoc osobom studiującym w Rzymie i coraz liczniej przybywającym tu stypendystom, tak duchownym jak i świeckim. Tak doszło do zorganizowania biblioteki i swego rodzaju polskiego ośrodka kulturalnego w Wiecznym Mieście. W krótkim czasie ks. Reczek zgromadził znaczne zbiory biblioteczne, otworzył czytelnię, rozpoczął organizowanie regularnych konferencji, prelekcji, odczytów i wystaw oraz utworzył własne wydawnictwo (ukazało się w nim ponad 100 pozycji). Wreszcie nawiązał kontakty z innymi polskimi placówkami poza krajem oraz z pochodzącymi z innych państw instytucjami o podobnym profilu.

Po śmierci ks. Reczka (1971) kierownictwo Instytutu objął ks. Hieronim Fokciński, jezuita (1937-2018).

Współpraca z instytucjami naukowymi (zwłaszcza historycznymi, bibliotekami i archiwami) w kraju, początkowo bardzo utrudniana przez panujący system polityczny, poprawiła się wydatnie po ustaniu wcześniejszych przeszkód. Dzięki temu w ostatnich latach Instytut podjął szereg nowych inicjatyw przy współpracy z polskimi instytucjami państwowymi.

Realizując swoje zadania statutowe Instytut służy przede wszystkim informacją o dokumentach dotyczących Polski i Polaków, oraz udostępnia reprodukcje niektórych z nich, głównie w postaci mikrofilmów. Wielokrotnie służył też badaczom indywidualnym i instytucjom zwracającym się bezpośrednio bądź korespondencyjnie w różnych kwerendach.

Dużą wagę przywiązywano zawsze do współpracy ze środowiskami niepolskimi i do obsługi obcokrajowców nieznających często języka polskiego, ale z różnych racji interesujących się Polską i Kościołem w naszym kraju. Po wyborze Polaka na Stolicę Apostolską na długi czas był to dominujący rys działalności.

W Warszawie, przy ul. Rakowieckiej 61, przy jezuickim Collegium Bobolanum, od roku 1976 czynny jest punkt konsultacyjny Instytutu. Spełnia on podobne zadania służąc informacją zawartą w bogatych repertoriach, udostępniając reprodukcje źródeł archiwalnych (głównie mikrofilmów i fotokopii) oraz pośrednicząc w nawiązywaniu kontaktów i w różnorodnych formach wymiany.