Opracowany zespół archiwalny stanowi częściowy obraz funkcjonowania parafii pw. Św. Jana Chrzciciela i Św. Jana Ewangelisty w Toruniu, głównie XVIII, a XIX stuleciem. Archiwalia w trakcie inwentaryzacji i systematyzacji podzielono między czternaście następujących serii: 1) Władza kościelna i państwowa (sygn. P/97/1-P/97/58); 2) Duchowieństwo, personel kościelny i zarząd parafii (sygn. P/97/59-P/97/110); 3) Duszpasterstwo i Służba Boża (sygn. P/97/111-P/97/269); 4) Kościoły i budynki parafialne (sygn. P/97/270-P/97/369); 5) Fundacje i legaty (sygn. P/97/370-P/97/380); 6) Grunty i ziemie parafialne (sygn. P/97/381-P/97/637); 7) Cmentarz (sygn. P/97/638-P/97/648); 8) Sprawy gospodarczo-finansowe (sygn. P/97/649-P/97/1055); 9) Akta procesowe i sądowe (sygn. P/97/1056-P/97/1095); 10) Szkolnictwo parafialne (sygn. P/97/1096-P/97/1123); 11) Bractwa i stowarzyszenia religijne (sygn. P/97/1124-P/97/1244); 12) Zakony (sygn. P/97/1245-P/97/1280); 13) Kancelaria parafialna (syg. P/97/1281-P/97/1287); 14) Fotografie (sygn. P/97/1288-P/97/1292). Pierwsza seria Władza kościelna i państwowa podzielona została na cztery podserie szczegółowe, w których na początku umieszczono m.in.: zarządzenia, przywileje i korespondencję z władzą kościelną. Druga podseria zawiera podobne materiały, lecz odnoszące się do władzy świeckiej. Wszelkiego rodzaju odpisy i pozostała korespondencja wchodzą w skład trzeciej podserii, a ostatnią stanowi dokumentacja wizytacyjna. Kolejna część pn. Duchowieństwo, personel kościelny i zarząd parafii składa się z archiwaliów podzielonych jak w nazwie na materiały dotyczące duchownych, w kolejnej części personelu świeckiego, a ostatnia podseria zawiera materiały traktujące o zarządzie wspólnotą. W całej serii znajdziemy liczną korespondencję, umowy oraz akta wyprodukowane przez organy zarządzające parafią. Trzecia seria Duszpasterstwo i Służba Boża podzielona została na cztery podserie: 1) Księgi metrykalne; 2) Sakramenty; 3) Spisy parafian oraz 4) Nabożeństwa i inne formy duszpasterstwa. W pierwszej znajdują się wszystkie zachowane do dziś księgi metrykalne główne: chrztów, ślubów, zgonów oraz poboczne: I Komunii i bierzmowań. W kolejnej m.in. zaświadczenia o chrzcie, zapowiedzi, karty zgonu oraz dokumentację wypominek. Na trzecią podserię składają się spisy i kartoteki parafian. Ostatnia podseria zawiera różnorodną dokumentację obrazującą prace duszpasterskie od nabożeństw kościelnych, przez intencje mszalne po ogłoszenia parafialne. Seria czwarta- Kościoły i budynki parafialne została podzielona na trzy podserie: 1) Kościół parafialny; 2) Pozostałe kościoły oraz 3) Budynki parafialne. Pierwsza z nich zawiera archiwalia dotyczące budowy, rozbudowy oraz remontów budynku świątyni parafialnej, w drugiej znajdziemy archiwalia pozostałych kościołów, a więc kościoła Św. Wawrzyńca w Toruniu i świątyni w Grzybnie. Materiały dotyczące budynków w parafii oraz dokumentacja finansowa związana z tymi inwestycjami weszły w skład ostatniej podserii. Kolejna, piąta część Fundacje i legaty zawiera jednostki, których treść dotyczy uposażenia parafii: dokonanych fundacji, czynszów oddanych w dzierżawę działek, kapitałów i hipotek. Seria szósta odnosi się do Gruntów i ziemi parafialnej, znajdziemy w niej podserie dotyczące właściwych gruntów parafialnych, czynszów z ziemi oraz osobno majątku w Siemoniu. Źródła dotyczące cmentarzy parafialnych znajdują się w serii siódmej pn. Cmentarze, w której wydzielono dwie podserie. Pierwsza poświęcona sprawom gospodarczo- administracyjnym, druga zaś kasie cmentarnej. Seria ósma pn. Sprawy gospodarczo-finansowe, jest najbardziej obszerna. Znalazły się tu wszystkie rachunki parafii, inwentarze, księgi dochodów i wydatków, karty hipoteczne, dzierżawy czy listy płatników podatku kościelnego. Dokumentacja procesów, w których parafia była jedną ze stron oraz wyroki sądów znalazły się w serii dziewiątej Akta procesowe i sądowe. Seria Szkolnictwo parafialne składa się z archiwaliów traktujących o szkołach w parafii: są to listy uczniów, zarządzenia władz zwierzchnich, plany zajęć, a także liczne akta inspektoratu szkolnego. Następnie seria Bractwa i stowarzyszenia religijne obejmuje tę dokumentację, która pozostała po licznych stowarzyszeniach religijnych działających w toruńskiej parafii staromiejskiej, wśród nich należy wyliczyć najstarsze bractwo Torunia: Bożego Ciała, czy konfraternie Św. Barbary, Św. Wincentego, Św. Józefa, bractwa trzeźwości, sterników czy tragarzy. W serii poświęconej zakonom znajdziemy archiwalia dotyczące Jezuitów czy sióstr Elżbietanek. Na trzynastą serię Kancelaria parafialna składa się dokumentacja traktująca o działalności kancelarii parafii pw. Św. Jana Chrzciciela i Św. Jana Ewangelisty w Toruniu. Ostatnia seria zawiera zachowaną dokumentację fotograficzną.

Parafię powołano do życia przywilejem miejskim dla Torunia i Chełmna 28 grudnia 1233 roku (lub, jak twierdził M. Löwener, w 1232 r.) wydanym przez wielkiego mistrza krajowego Zakonu Krzyżackiego Hermanna Balka. Kościół parafialny poprzez przywilej z 1233 roku oraz 1251 roku uzyskał 4 łany ziemi niedaleko miasta i 40 łanów ziemi, którą w późniejszym czasie miano powierzyć parafii. W 1236 roku nastąpiła translokacja miasta Torunia. Wraz z nim przeniesiono również parafię, która obejmowała obszar miasta. W 1251 roku nastąpiło odnowienie przywileju lokacyjnego, którego dokonał wielki mistrz Eberhard von Seyne. Dzięki temu przywilejowi zbudowano kościół parafialny na dawnym placu centralnym miasta. Powstanie świątyni ówczesnym miejscu poświadcza dokument z 1255 roku. Pierwsze dokładne informacje o wezwaniu pochodzą z dokumentu z 25 stycznia 1305 roku, wskazują na wezwanie świętego Jana, dopiero dokument z 1361 roku dokładnie określa patrona kościoła, którym jest święty Jan Chrzciciel. W XVI wieku zaczęto podawać przy wezwaniu kościoła oprócz świętego Jana Chrzciciela, świętego Jana Ewangelistę. Od początku istnienia parafii patronat nad nią sprawowali krzyżacy, dzięki czemu Zakon obsadzał na stanowiskach kościelnych swoich duchownych. Proboszczami zostawali kapłani krzyżaccy. Duchowni wykorzystywani byli do służby dyplomatycznej. Obecni byli przy procesach, spłatach pożyczek i odszkodowań, a także zawieraniu pokojów. Funkcje duszpasterskie w kościele parafialnym pełnili zazwyczaj klerycy niższego szczebla, wiązało się to z częstymi wyjazdami proboszczów. Dzięki wysokiemu dochodowi możliwe było utrzymanie licznej grupy duchownych. Dbaniem o kościół zajmowała się rada miejska. Mianowała ona osoby, które zajmowały się dochodami kościoła, finansami na remonty oraz byli odpowiedzialni za opłaty dla grabarzy. Funkcje te zazwyczaj otrzymywali burmistrzowie miasta. Kościół parafialny był miejscem, w którym uroczyście witano polskich władców, w roku 1410 Władysława Jagiełłę, 1454 r. Kazimierza Jagiellończyka, 45 lat później Jana Olbrachta, Zygmunta Starego, Stefana Batorego, w 1659 r. Jana Kazimierza, a w 1677 Jana Sobieskiego. W uroczystościach brali udział duchowieństwo, przedstawiciele Rady Miasta, oraz mieszkańcy miasta. Po wojnie trzynastoletniej zakończonej II pokojem toruńskim w 1466 roku, Zakon utracił swój patronat nad kościołem. Wraz z nadanym przywilejem przez króla polskiego Kazimierza Jagiellończyka 26 sierpnia 1457 roku patronat nad kościołem parafialnym objął król, natomiast Rada Miejska mogła obsadzać stanowiska kościelne w Toruniu. Niecałe pięćdziesiąt lat później w 1505 r. następca Kazimierza Jagiellończyka, Aleksander w przywileju oddał w ręce miasta patronat, od tego czasu król i rajcy miasta naprzemiennie wybierali kandydatów na proboszcza kościoła parafialnego. W 1600 r. Zygmunt III zarządził oddanie patronatu nad kościołem w ręce jezuitów toruńskich, a w 1768 r. zarządzeniem sejmu opiekę nad świątynią powierzono królowi i radzie miasta. Wraz z początkiem wieku XVI do Torunia dotarły informacje o reformach Marcina Lutra. Przywilej z 28 grudnia 1558 roku pozwalał na swobodne wyznawanie wiary, zarówno katolickiej jak i protestanckiej. Odtąd w kościele farnym odprawiano mszę w obu obrządkach. Z czasem luteranie chcieli przejąć na własność kościół świętego Jana Chrzciciela i świętego Jana Ewangelisty, jednak dzięki królowi, biskupom oraz proboszczom na mocy wyroku sądu z 1569 roku zwrócono świątynie w ręce katolików. Odzyskanie kościoła przypieczętowało sprowadzenie jezuitów przez biskupów chełmińskich Piotra Kostki oraz jego następcy Piotra Tylickiego. W późniejszych latach pojawiły się spory o patronat nad kościołem świętojańskim pomiędzy sprowadzonym przez biskupów zakonem, a Radą Miejską. Konflikt ten trwał do 1749 roku. Kasata zakonu nastąpiła w 1773 r., a opiekę nad świątynią przejęli księża diecezjalni. Wskutek II rozbioru Polski władze pruskie objęły patronatem kościół świętojański, stąd miały też prawo do obsadzania stanowisk kościelnych. Msze zaczęto odprawiać w dwóch językach: niemieckim i polskim. Proboszczowie parafii niechętnie odprawiali msze w obcym języku, początkowo odprawiano je co tydzień, a w 1875 roku zrezygnowano z nich, tłumacząc to małą ilością parafian niemieckich. Na początku XX wieku wznowiono odprawianie kazań w języku niemieckim, miało to miejsce w niedziele i święta. W roku 1935 papież Pius XI mianował, na mocy wydanego breve, kościół na bazylikę mniejszą. W dniu 7 września 1939 roku rozpoczęła się okupacja niemiecka Torunia. Miesiąc później wszyscy księża z parafii farnej zostali aresztowani i osadzeni w więzieniu. Po kilku dniach wolność odzyskali tylko dwoje duchownych, dzięki czemu wznowiono działalność liturgiczną. Wielu z aresztowanych kapłanów została przewieziona do obozów koncentracyjnych. Władze okupacyjne zakazały odprawiania mszy w języku polskim oraz znacząco ograniczyli obchodzenie świąt. Majątek kościelny został skonfiskowany. Wnętrze świątyni zostało zrabowane i zniszczone. Zrujnowano bibliotekę, a także skradziono z kancelarii parafialnej księgi metrykalne. Wraz z dniem 1 lutego 1945 roku zakończyła się okupacja niemiecka. Do parafii świętojańskiej w ówczesnym okresie należało bardzo mało wiernych. Liczby parafian sięgały od 6 000 do 10 000, gdzie w innych kościołach liczono od 11 000 do 24 000. Miało to związek z brakiem możliwości powiększenia się parafii, ponieważ była ściśle związana ze Starym Miastem. Kolejnym powodem było powstanie w późniejszych latach nowej parafii pod wezwaniem św. Michała Archanioła, która odebrała farze 3 000 wiernych. Posiadany przez parafię majątek w Siemoniu został zawłaszczony przez Armię Czerwoną. Dzięki staraniom księdza Arkadiusza Lissa, administratora kościoła, odzyskano majątek. Niestety Rosjanie zostawili posiadłość w znacznie gorszym stanie. Zdewastowano cały majątek kościelny. W 1946 ziemia została wydzierżawiona, a 4 lata później zarekwirowana przez państwo. W efekcie czego parafia znacząco zubożała. Dnia 21 kwietnia 1953 roku złożono ślubowanie wierności PRL i władzom przez proboszcza fary. Parafia świętego Jana Chrzciciela i świętego Jana Ewangelisty była miejscem związanym z ważnymi wydarzeniami chrześcijańskimi. W 1961 roku do kościoła świętojańskiego przybyła kopia Obrazu Jasnogórskiego, rok później zorganizowano czuwanie soborowe, w 1973 do parafii przybył delegat papieża Pawła VI- biskup Agostino Casaroli. 22 i 23 lipca 1982 roku miało miejsce odwiedzenie bazyliki przez kopię obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. W 1985 roku przypadła uroczystość 50-lecia nadania świątyni tytułu bazyliki, a w 1999 miała miejsce wizyta Jana Pawła II. W dniu 25 marca 1992 zmieniono dotychczasową strukturę administracyjną Kościoła katolickiego poprzez wydanie bulli „Totus Tuus Poloniae populus”. Odtąd kościół znajdował się na terenie dekanatu Toruń I oraz został mianowany na katedrę. Przy kościele funkcjonują liczne ruchy i organizacje: Caritas, Chór Chłopięco-Męski, Żywy Różaniec, Confratenia „Tuba Dei”, Maltańska służba Medyczna, Gwardia Katedralna, Wspólnota Krwi Jezusa, a także Klub Seniora. Cmentarz parafii świętego Jana Chrzciciela i świętego Jana Ewangelisty znajduje się przy kościele oraz na ulicy Gałczyńskiego w północno-wschodniej części. Do 1797 roku pochówków dokonywano również w podziemiach kościoła. Ulice należące do parafii to: Bankowa, Bulwar Filadelfijski, Bydgoska (33 i 38), Chełmińska, Ciasna, Ducha Świętego, Fosa Staromiejska, Świętego Jana, Kopernika, Ks. Kujota (3-7), Łazienna, Matejki (3-9), Mostowa, Most Pauliński, Ogród Botaniczny, Panny Marii, Piekary, Plac Rapackiego, Plac Teatralny, Pod Krzywą Wieżą, Podmurna, Ks. J. Popiełuszki, Rabiańska, Różana, Rybaki (7-45), Rynek Staromiejski, Stroma, Szczytna, Szeroka, Szewska, Żeglarska.