1. Organizacja, sygn. 1-6; (1955-1970) 2. Planowanie, sprawozdawczość, statystyka, sygn. 7-13; (1955-1975 [1976]) 3. Skargi i wnioski, sygn. 14 – 15; (1957-1972) 4. Ogólna biurowość, sygn. 16 – 17; (1955-1964) 5. Kontrola, sygn. 18 – 19; (1955-1973) 6. Ochrona pracy, sygn. 20 – 21; (1962-1972) 7. Szkolenie, sygn. 22 – 23; (1958-1975) 8. Sprawy socjalne, bytowe i ubezpieczenia społeczne pracowników, sygn. 24; (1974) 9. Dyscyplina pracy, sygn. 25; (1962) 10. Środki trwałe, sygn. 26 – 29; (1955-1974) 11. Przedmioty nietrwałe, materiały i pomoce, sygn. 30 – 33; (1955-1975 [1976]) 12. Transport i łączność, sygn. 34 – 35; (1957-1960) 13. Ochrona zakładu pracy, sygn. 36 – 37; (1961-1972) 14. Przekazywanie środków pieniężnych i sprawy obrotu pieniężnego, sygn. 38; (1962) 15. Rozliczenia, sygn. 39; (1957-1962) 16. Inwentaryzacja, sygn. 40; (1963-1970) 17. Nadzór nad dokumentacją w zakładach pracy, sygn. 41 – 44; (1958-1974) 18. Ewidencja narastających zespołów archiwalnych, 45-270; ([1953] 1955-1975) 19. Nadzór nad przekazywaniem materiałów archiwalnych na makulaturę, sygn. 271; (1956-1966) 20. Rewindykacja, windykacja i ekstradycja, sygn. 272; (1963) 21. Przyjmowanie materiałów archiwalnych z instytucji krajowych i przekazywanie do tych instytucji, sygn. 273 – 275; (1955-1972) 22. Scalanie i rozmieszczanie państwowego zasobu archiwalnego, sygn. 276 – 277; (1959-1975) 23. Metodyka pracy, sygn. 278; (1955-1960) 24. Ewidencja własnego zasobu archiwalnego, sygn. 279-299; (1958-1975) 25. Ewidencja zasobu nie podlegającego nadzorowi Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych, sygn. 300; (1964-1974) 26. Inwentaryzacja tematyczna, sygn. 301; (1975) 27. Życie naukowe, sygn. 302; (1964-1974) 28. Zasady udostępniania, sygn. 303 – 304; (1958-1974) 29. Informacje o zasobie archiwalnym, sygn. 305; (1968-1971) 30. Udostępnianie materiałów archiwalnych we własnych pracowniach naukowych, sygn. 306; (1964-1975) 31. Kwerendy, sygn. 307-323; (1955-1975 [1976]) 32. Wystawy i pokazy, sygn. 324 – 326; (1956-1965) 33. Inne formy popularyzacji, sygn. 327 – 329; (1955-1973) 34. Wydawnictwa seryjne, sygn. 330-331. (1958-1963)

Po wejściu w życie Dekretu z dnia 29 marca 1951 r. o archiwach państwowych oraz wydaniu odpowiednich przepisów wykonawczych przystąpiono w całym kraju do tworzenia jednolitej sieci archiwów państwowych. Najniższym szczeblem tego systemu były powiatowe archiwa państwowe, podległe wojewódzkim archiwom państwowym. Na terenie ówczesnego województwa zielonogórskiego proces ten przebiegał wyjątkowo opornie. W lipcu 1952 r. utworzone zostało Powiatowe Archiwum Państwowe w Szprotawie a 13 lutego 1953 r. ukazało się zarządzenie Prezesa Rady Ministrów o powołaniu Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Zielonej Górze . Obie te jednostki, wraz z istniejącym od 1950 r. w Gorzowie oddziałem powiatowym Archiwum Państwowego w Poznaniu, przemianowanym w 1952 r. na Powiatowe Archiwum Państwowe w Gorzowie Wielkopolskim stanowiły zaczątek sieci archiwalnej na Ziemi Lubuskiej. Niemal natychmiast okazało się, że stojące przed archiwami państwowymi zadania, związane przede wszystkim z koniecznością przejmowania kolejnych zespołów akt (wytworzonych zarówno przed jak i po 1945 r.) oraz zapewnienia odpowiednich warunków przechowywania akt już posiadanych, przekraczają możliwości tak szczupłej struktury. Pod koniec 1954 r. podjęto więc działania zmierzające do utworzenia kolejnych powiatowych archiwów państwowych. Podstawowy problem, polegający na uzyskaniu odpowiednich obiektów udało się rozwiązać dopiero w maju 1955 r. wraz z przejęciem dotychczasowej siedziby Posterunku Milicji Obywatelskiej w Międzyrzeczu. Nowa placówka pod nazwą: Powiatowe Archiwum Państwowe w Międzyrzeczu rozpoczęła swoją działalność 16 maja 1955 r. Siedziba archiwum mieściła się w budynku pod numerem 15 na Rynku i składała z czterech pomieszczeń o łącznej pow. 70 m2 na parterze oraz jednego pomieszczenia o powierzchni 45 m2 w piwnicy. Formalną decyzję o powołaniu Powiatowego Archiwum Państwowego w Międzyrzeczu stanowiło zarządzenie Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z 8 sierpnia 1955 r. wydane z mocą obowiązującą od 1 czerwca 1955 r. Stanowisko kierownika powierzono radcy do spraw archiwalnych Marcelemu Brychcemu. Funkcję tę pełnił on aż do momentu likwidacji powiatowych archiwów państwowych w 1975 r. Swoją działalnością międzyrzeckie archiwum objęło w momencie powstania teren czterech powiatów: Międzyrzecz, Rzepin, Sulęcin i Świebodzin. Ostatecznie taki stan rzeczy usankcjonowano zarządzeniem Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych w marcu 1956 r. W pierwszych miesiącach funkcjonowania międzyrzeckie archiwum skupiło się przede wszystkim na gromadzeniu a następnie na porządkowaniu akt z terenu. Do końca 1955 r. przejętych zostało 7 zespołów akt, liczących ogółem 190,70 mb., w tym: akta Sądu Grodzkiego w Drezdenku (120,00 mb.), akta Sądu Grodzkiego w Międzyrzeczu (34,00 mb.), akta Sądu Grodzkiego w Trzcielu (12,00 mb.) oraz akta gminnych rad narodowych z terenu całego województwa. Do końca 1959 r. międzyrzeckie archiwum zgromadziło ponad 510,00 mb. akt i w zasadzie wyczerpało swoje możliwości magazynowe. Sytuacji nie poprawiło zmniejszenie zasięgu terytorialnego i przekazanie terenu powiatu Świebodzin utworzonemu z dniem 1 czerwca 1959 r. Powiatowemu Archiwum Państwowemu w Sulechowie. Już wiosną 1957 r. kierownictwo Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Zielonej Górze zwróciło się do Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Międzyrzeczu z prośbą o przekazanie Powiatowemu Archiwum Państwowemu dalszych pomieszczeń w zajmowanym dotychczas budynku. Ponieważ starania te nie odniosły skutku, rozpoczęto poszukiwania nowej siedziby w innych miejscowościach na terenie powiatu. W pierwszej połowie 1958 r. pojawiła się możliwość przejęcia części pałacu w Dąbrówce Wielkopolskiej. Okazało się jednak, że koszty adaptacji zabytkowego obiektu przekraczają możliwości finansowe Wojewódzkiego Archiwum Państwowego. Ostatecznie w początkach 1959 r. zrezygnowano z planów przeprowadzki do Dąbrówki Wielkopolskiej. Jednocześnie podjęto działania w celu przejęcia zajmowanego dotychczas przez Państwowe Gospodarstwo Rolne pałacu w Wilkowie koło Świebodzina. 2 marca 1960 r. Wydział Rolnictwa i Leśnictwa Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Zielonej Górze wydał zarządzenie o przekazaniu tego obiektu razem z działką Wydziałowi Rolnictwa i Leśnictwa Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Świebodzinie. Przejęcie pałacu w wieczyste użytkowanie przez Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Zielonej Górze nastąpiło w dniu 23 marca 1960 r. Już następnego dnia Naczelny Dyrektor Archiwów Państwowych wydał zarządzenie o przeniesieniu siedziby i zmianie nazwy Powiatowego Archiwum Państwowego w Międzyrzeczu . Z dniem 1 kwietnia 1960 r. archiwum otrzymało nazwę: Powiatowe Archiwum Państwowe w Świebodzinie z siedzibą w Wilkowie. Jednocześnie kolejnej zmianie uległ jego zasięg terytorialny. Po 10 miesiącach archiwum „odzyskało” bowiem teren powiatu świebodzińskiego. Jesienią 1961 r. po raz kolejny zmieniono zasięg terytorialny archiwum , podporządkowując mu powiaty: świebodziński, słubicki i krośnieński. Ustawa o dwustopniowym podziale administracyjnym z maja 1975 r. zreorganizowała sieć archiwów państwowych. Likwidacji uległy wszystkie powiatowe archiwa państwowe. Część z nich przekształcono w lutym 1976 r. w oddziały archiwów wojewódzkich. Pozostałe (w tym również archiwum wilkowskie) zostały zdegradowane do roli zamiejscowych magazynów, pozbawionych wszelkiej samodzielności oraz uprawnień do sprawowania nadzoru nad archiwami zakładowymi czy wydawania zezwoleń na brakowanie akt.