Zespół zawiera m. in.: inwentarz spuścizny J. Lekszyckiego, spis akt Biblioteki Raczyńskich z XIX-XX w., regesty dokumentów TPN, spisy map i planów, dyplomów, miast, rękopisów, parafii katolickich, akt z różnych kościołów i klasztorów, szkół i gimnazjów, cechowych, spuścizn, korespondencji, majątków ziemskich, gmin wiejskich, spisy akt różnych urzędów i instytucji, organizacji społecznych, związków i stowarzyszeń, Urzędu Likwidacyjnego w Poznaniu, do wybrakowania, dzieł bibliotecznych o tematyce religijnej, ustawy i rozporządzenia władz okupacyjnych niemieckich, informatory o materiałach archiwalnych innych instytucji oraz spisy różnych pieczęci.

Po wybuchu II wojny światowej, w pierwszych dniach września 1939 r. dyrekcja Archiwum Państwowego w Poznaniu przeprowadziła, przygotowaną wcześniej, ewakuację najcenniejszego zasobu na wschód. Jednak pociąg wiozący archiwalia został zbombardowany i zawrócony przez Niemców do Poznania. Dnia 10 IX 1939 r. Archiwum Państwowe w Poznaniu zostało przejęte przez niemieckie władze okupacyjne i przemianowane na Archiwum Rzeszy dla Kraju Warty w Poznaniu (Reichsarchiv Wartheland Posen). Zakresem swych kompetencji obejmowało cały Obwód Rzeszy Kraj Warty (Reichsgau Wartheland). Administracyjnie podlegało Namiestnikowi Rzeszy (Reichsstatthalter), Arturowi Greiserowi, a merytorycznie Dyrektorowi Archiwów w Berlinie. Dyrektorem Reichsarchiv Posen został dr Hermann Gollub z Wrocławia. W 1941 r. stanowisko to objął dr Erich Sandow, a w 1942 r. dr Erich Weise. Dyrektor K. Kaczmarczyk został wysiedlony do Generalnego Gubernatorstwa, natomiast archiwistów polskich pochodzących z Wielkopolski pozostawiono w służbie pod nadzorem niemieckiego kierownictwa. Przez cały okres okupacji hitlerowskiej niemiecki zarząd Reichsarchiv Posen gromadził w Poznaniu akta z całego terytorium przedwojennej Polski przyłączonego do Rzeszy Niemieckiej (Kraj Warty obejmował także Łódź). Archiwum przejmowało i nadmiernie brakowało akta polskich urzędów administracji państwowej i samorządowej szczebla wojewódzkiego i powiatowego, akta szkolne, akta organizacji politycznych i społecznych, cechów rzemieślniczych, a także archiwalia osób i rodzin szlacheckich: Chłapowskich, Skórzewskich, Mycielskich i wielu innych, z majątków ziemskich skonfiskowanych przez okupanta. Przejęło także akta Archiwum Kapitulnego i Konsystorza Arcybiskupiego w Poznaniu, zasób Archiwum Diecezjalnego we Włocławku, akta parafii i dekanatów z terenów przyłączonych do Rzeszy i wiele innych. Przewieziono do archiwum także akta grodów kaliskiego, konińskiego, kruszwickiego, łęczyckiego i wieluńskiego, przechowywane w Warszawie, a także wiele akt wytworzonych poza historyczną Wielkopolską. Natomiast z zasobu Reichsarchiv Posen wydzielono akta miasta Poznania wytworzone przed 1793 r. i utworzono dla nich odrębne Archiwum Miejskie (Stadtarchiv) w budynku dawnego lombardu przy ul. Sierocej. W latach 1942-44, w obawie przed zbliżającym się frontem, najstarsze i najcenniejsze materiały archiwalne zostały przez władze niemieckie wywiezione do Niemiec lub ukryte na terenach podległych Rzeszy. W końcu stycznia 1945 r. budynek archiwum, dawny zamek królów polskich i starostów generalnych Wielkopolski, znalazł się na linii frontu, stanowiąc wraz z innymi gmachami państwowymi III Rzeszy punkt oporu przeciw nacierającej Armii Czerwonej. Skutkiem tego spłonął, a wraz z nim zagładzie uległo ponad 320 tys. j.a. akt miast i cechów wielkopolskich, akt urzędów z okresu Księstwa Warszawskiego i wiele innych materiałów z końca XVIII i z XIX-XX w., a wśród nich akta własne Staatsarchiv Posen z lat 1869-1919 i Archiwum Państwowego w Poznaniu z lat 1919-39, nie licząc dokumentów, map, tłoków pieczętnych i fotografii. [oprac. Z. Wojciechowska]