Gabinet Ministra: Wydział Prezydialny: protokóły posiedzeń kolegium i konferencji, sprawozdania, 1946 - 1960, sygn. 39/33-34, 1/1-51, 36/1-21; Wydział Prawny: statuty, schematy organizacyjne, protokóły z posiedzeń i konferencji, plany, sprawozdania, zarządzenia, 1944-1960, sygn. 39/1-32, 2/1-25; Wydział Organizacyjny: rewindykacja polskiego mienia - wykazy, korespondencja, 1946, 1949, sygn. 39/35-36; Wydział Zagraniczny: pomoc zagraniczna, udział w międzynarodowych organizacjach i fundacjach – sprawozdania, zarządzenia, konwencje,1946, 1947, 1956-1960, sygn. 39/37-45, 4/1-9; Wydział (Biuro) Kontroli (Zespół Inspektorów Resortowych): plany, protokóły, sprawozdania, 1948, 1949, 1950-1958, 1950, sygn. 39/47-59, 3/1-17, 18/1-31; Rada Naukowa: protokóły posiedzeń, plany, opracowania, sprawozdania akademii medycznych, 1949-1957, sygn. 5/1-54; Departament Kadr: protokóły posiedzeń, spisy, 1945-1960, sygn. 39/60, 17/1-8; Departament (Profilaktyki i) Lecznictwa (Medycyny Społecznej): statuty, zarządzenia, sprawozdania, protokóły z posiedzeń, protokóły i dokumentacja, przekazywanych nieruchomości, 1945-1958, sygn. 39/61-100, 27/1,2, 28/1,2, 32/1-4; Departament Statystyki Medycznej: straty wojenne, stan szpitali – sprawozdania, wydawnictwa własne, 1945-1949, 1958-1960, sygn. 39/132-142, 35/1-7, 38/1-8; Departament Planowania (Planowania i Budżetu, i (Planowania i Finansów): plany, bilanse, sprawozdania, 1946-1959, sygn. 39/101-105, 7/1-3, 8/1-3, 9/1-8, 10/1, 11/1-24, 13/1-8, 14/1,2; Departament Przedsiębiorstw: zaopatrzenie lecznictwa, przejmowanie obiektów - protokóły, bilanse, dokumentacja obiektów, 1947-1950, sygn. 39/107-115, 33/1-5, 34/1-7; Departament Matki i Dziecka: przejmowanie obiektów, poradnie, zjazdy i konferencje – protokóły, statuty, referaty, zarządzenia, 1947-1954, sygn. 39/116-131, 30/1,2, 31/1-3; Departament Zaopatrzenia (i Farmacji, Biuro Koordynacji ds. Gospodarki Lekami i Sprzętem): rejestracja lekarstw, uprawnienia dla aptek, 1945-1948, 1951, sygn. 39/143-144, 19/1-21, 20/1-3; Departament Ogólny – Wydział Gospodarczy: dokumentacja techniczna budynków, 1945, 1950, sygn. 6/1-3; Departament Inwestycji: plany, sprawozdania, dokumentacja techniczna, 1948-1960, sygn. 15/1-34, 16/1-9; Departament Szkolnictwa (Wyższego) i Nauki, Zarząd Wyższych (Średnich) Szkół Medycznych: protokóły posiedzeń, sprawozdania, programy, wizytacje, 1950-1960, sygn. 221/1-18, 25/1-30, 26/1-18; Departament Szkolnictwa i Nauki - Wydział Ogólno-Administracyjny: akta osobowe, 1944-1978 sygn. 41/180-417 Departament Sanitarno-Epidemiologiczny: zezwolenia na produkcję lekarstw i środków odkażających, wyposażenie aptek, 1947-1959, sygn. 22/1-4, 23/1-9; Departament Lecznictwa - Wydział Szpitali Wydzielonych: akta osobowe, 1953-1976, sygn. 41/1-179 Inwentarz kartkowy roboczy /dopływ wewnętrzny z PKPG/: Schematy organizacyjne, plany, sprawozdania, opracowania, cenniki, 1949-1956, sygn. 40/1-48; Zarząd Zaopatrzenia Materiałowo-Technicznego: plany, 1955-1956, sygn. 42/1-7

Akta ze spisu 41/1-417 zostały poddane fumigacji w 2021 r.